添加新方法、函数和类#

虽然向 SciPy 添加代码在大多数情况下相当直接,但在某些地方并非如此。本文档包含了一些特定情况下的详细信息,这些情况可能一开始并不清楚任务涉及的内容。

添加一个新的统计分布#

几百年来,统计学家、数学家和科学家需要理解、分析和建模数据。这导致了大量的统计分布,其中许多是相互关联的。新类型数据的建模继续催生新的分布,理论考虑应用于新学科也是如此。SciPy 模拟了大约十几个离散分布 离散随机变量 和 100 个连续分布 连续随机变量

要添加一个新的分布,需要一个好的参考。Scipy 通常使用 [JKB] 作为其黄金标准,而 WikipediaDistributions 文章通常提供一些额外的细节和/或图形图表。

如何创建一个新的连续分布#

要向 SciPy 添加连续分布,需要完成几个步骤。(添加离散分布的过程类似)。在下面的说明中,我们将使用虚构的“松鼠”分布。

实施之前#

  1. 检查 Squirrel 是否已经实现——这样可以节省很多精力!

    • 它可能以不同的名称实现。

    • 它可能是用不同的参数化(形状参数)实现的。

    • 它可能是更广泛分布家族的一个特化。

    多个学科发现/重新发现一个分布(或其特化或不同参数化)是非常常见的。SciPy 中存在一些作为其他分布特化的分布。例如,scipy.stats.arcsine 分布是 scipy.stats.beta 分布的特化。这些重复存在的原因主要是(非常!)历史性和广泛使用。目前,SciPy 不支持添加现有分布的新特化/重新参数化,主要是由于这种添加导致的用户混淆增加。

  2. SciPy 的 GitHub 上创建一个 Issue,列出该发行版、参考文献及其包含的原因。

实现#

  1. 找到一个与 Squirrel 相似的现有发行版。将其代码作为 Squirrel 的模板。

  2. 阅读 scipy/stats/_distn_infrastructure.py 中类 rv_continuous 的文档字符串。

  3. 为类 squirrel_gen 编写新代码,并将其插入到 scipy/stats/_continuous_distns.py 中,该文件按分布名称(大致)按字母顺序排列。

  4. 分布是否有无限的支持?如果没有,左端点和/或右端点 a, b 需要在调用 squirrel_gen(name='squirrel', a=?, b=?) 时指定。

  5. 如果支持依赖于形状参数,则需要实现 squirrel_gen._get_support()

  6. 默认继承的 _argcheck() 实现检查形状参数是否为正。创建一个更合适的实现。

  7. 如果 squirrel_gen.ppf() 相对于 squirrel_gen.pdf() 计算成本较高,考虑在调用 squirrel_gen() 时设置 momtype

  8. 如果 squirrel_gen.rvs() 计算成本高,考虑实现一个特定的 squirrel_gen._rvs()

  9. 将名称添加到 scipy/stats/__init__.py 的文档字符串中的列表中。

  10. scipy/stats/_distr_params.py 文件中,将名称和一组良好的示例形状参数添加到 distcont 列表中。这些形状参数用于测试和自动文档生成。

  11. invdistcont 列表中添加名称和一个 _无效_ 的示例形状参数集,同样在 _distr_params.py 中。这些形状参数也用于测试。

  12. 添加一个 TestSquirrel 类和任何特定测试到 scipy/stats/tests/test_distributions.py

  13. 运行并通过(!)测试。

实现之后#

  1. 添加一个教程 doc/source/tutorial/stats/continuous_squirrel.rst

  2. 将其添加到 doc/source/tutorial/stats/continuous.rst 中的连续分布列表中。

  3. 更新 doc/source/tutorial/stats.rst 示例代码中的 连续分布的数量

  4. 成功构建文档。

  5. 提交一个 PR。

参考文献#

[JKB]

Johnson, Kotz, 和 Balakrishnan, “连续单变量分布, 第一卷”, 第二版, John Wiley 和 Sons, 第 173 页 (1994).