cytoscape_graph#

cytoscape_graph(data, name='name', ident='id')[source]#

从符合Cytoscape JSON格式的字典创建一个NetworkX图。

Parameters:

datadict: 符合Cytoscape JSON格式的数据字典。
namestring: 映射到cyjs格式中’name’节点元素的字符串。不能与 ident 值相同。
identstring: 映射到cyjs格式中’id’节点元素的字符串。不能与 name 值相同。

Returns:

graphNetworkX图实例: graph 可以是 Graph 、 DiGraph 、 MultiGraph 或 MultiDiGraph 的实例，具体取决于输入数据。

Raises:

NetworkXError: 如果 name 和 ident 属性相同。

See also

cytoscape_data: 将NetworkX图转换为cyjs格式的字典

References

[1]

Cytoscape用户手册: http://manual.cytoscape.org/en/stable/index.html

Examples

>>> data_dict = {
...     "data": [],
...     "directed": False,
...     "multigraph": False,
...     "elements": {
...         "nodes": [
...             {"data": {"id": "0", "value": 0, "name": "0"}},
...             {"data": {"id": "1", "value": 1, "name": "1"}},
...         ],
...         "edges": [{"data": {"source": 0, "target": 1}}],
...     },
... }
>>> G = nx.cytoscape_graph(data_dict)
>>> G.name
''
>>> G.nodes()
NodeView((0, 1))
>>> G.nodes(data=True)[0]
{'id': '0', 'value': 0, 'name': '0'}
>>> G.edges(data=True)
EdgeDataView([(0, 1, {'source': 0, 'target': 1})])