NetworkX 2.5

发布日期：2020年8月22日

支持Python 3.6、3.7和3.8。

NetworkX是一个用于创建、操作和研究复杂网络结构、动态和功能的Python包。

更多信息，请访问我们的 网站 和我们的 示例画廊 。请将评论和问题发送至 networkx-discuss 邮件列表 。

亮点

此版本是经过10个月的工作，由92位贡献者进行了200多次提交的结果。亮点包括：

• 不再支持Python 3.5。

• 添加Pathlib支持以处理文件。

• 提高性能。

• 更新文档和测试。

• 移除为Python 2设计的代码。

新功能：

• lukes_partitioning

• 三角分析函数

• 食物链级别分析函数

• d_separated

• is_regular 和其他正则图度量

• 使用Weisfeiler Lehman方法的graph_hash

• common_neighbor_centrality（CCPA链路预测）

• max_weight_clique

• path_weight 和 is_path

• rescale_layout_dict

• junction_tree

新生成器：

• paley_graph

• interval_graph

新布局：

• multipartite_layout

改进

• 添加治理文档、开发者指南和社区结构

• 实施明确的弃用策略。

• 启动NX Enhancement Proposal（NXEP）系统

• 优化single_source_shortest_path

• 在最短路径例程中改进一致的“weight”规范

• 减少numpy.matrix的使用，这在numpy中是不鼓励的。

• 改进线条颜色

• 更好地处理文档的搜索引擎

• lattice 和 grid_graph 以及 grid_2d_graph 可以使用 dim=tuple

• 修复 kamada_kawai_layout 算法的初始化程序

• moral 和 threshold 函数现在包含在命名空间和文档中

• 绘制时更好地缩放箭头

• 更统一地创建随机龙虾图

• 允许在迭代连接组件时编辑图

• 在将pandas DataFrame转换时更好地处理列

• 允许使用有向图输入进行simrank_similarity

• 确保VoteRank能力为非负

• 加速kernighan_lin_bisection

• 加速检测负权重环

• tree_isomorphism

• rooted_tree_isomorphism

• Gexf边属性“label”可用

API更改

• 在 contracted_nodes 中启用了“copy”标志参数

• 允许部分周期性晶格

• minimum_st_node_cut 的返回值现在始终为集合

• 从 create_py_random_state 中删除了未使用的“has_numpy”参数

• 在绘制空节点和边时修复了返回值

• 允许将边的集合和冻结集作为nx.Graph()的输入

• “weight”可以是astar、directional_dijkstra、all_shortest_path的函数

• 允许为GraphML边写入指定命名键id

• 现在在nx.draw和相关函数中检查所有关键字的有效性

• EdgeDataView的“in”运算符检查节点是否在“nbunch”中

• 从最小权重完全匹配中删除完整性条件

• 在BFS遍历中添加对邻居进行排序的选项

• draw_networkx现在接受numpy数组作为边列表

• relabel_nodes现在可以创建多重边，即使有2个节点映射到同一个节点

• steiner_tree可以与MultiGraph一起使用

• 在view_pygraphviz中添加 show 参数 (#4155)

• 为将chordal_graph_cliques转换为生成器做准备 (#4162)

• GraphML阅读器关键字force_multigraph即使没有多重边也会创建MultiGraph

废弃功能

• [ #3680 ] 废弃 make_str(x) ，使用 str(x) 代替。 废弃 is_string_like(obj) ，使用 isinstance(obj, str) 代替。

• [ #3725 ] 废弃 literal_stringizer 和 literal_destringizer 。

• [ #3983 ] 废弃 reversed 上下文管理器。

• [ #4155 ] 废弃 display_pygraphviz 。

• [ #4162 ] 废弃 chordal_graph_cliques 返回一个集合。

• [ #4161 ] 废弃 betweenness_centrality_source 。

• [ #4161 ] 废弃 edge_betweenness 。

• [ #4161 ] 将 _naive_greedy_modularity_communities 重命名为 naive_greedy_modularity_communities 。

已合并的PR

共提交了256个更改。

• 升级发布版本

• 更新发布流程

• 放弃对Python 3.5的支持

• 修正文档中的拼写错误

• 删除旧的Python 2代码

• 增加更多doctests

• 修复pydot测试

• 不清楚如何测试测试辅助函数

• Pathlib在Py 3.4中引入

• 删除使用sys.version_info检测Python 2的代码

• 使用yield from

• 对测试进行PEP8修复

• 删除未使用的导入

• 使用pytest.importorskip

• PEP8修复

• 删除未使用的导入

• 添加pep8_speaks配置

• 使用itertools accumulate

• 修复问题3610：gexf.py中版本属性的错误

• 忽略W503

• 在没有可选依赖项的情况下运行doctest

• 缺少依赖项时跳过doctests

• 删除sed导入

• 启用测试 (#3678)

• 添加 contracted_nodes 复制标志 (#3646)

• 废弃make_str

• 废弃is_string_like

• 修复PEP8问题

• 启用ThinGraph测试 (#3681)

• 优化_single_shortest_path_length (#3647)

• 修复问题3431：对于make_small_graph的错误输入返回错误 (#3676)

• 避免由于导入而产生重复测试 (#3684)

• 修复拼写错误：Laplacian -> Laplacian (#3689)

• 添加测试

• Lukes算法实现 (#3666)

• 删除解决使用starmap的shim

• 添加回到图库

• 将colormap和颜色限制添加到LineCollection (#3698)

• 修复matplotlib弃用问题 (#3697)

• 调整SciPy CoC

• 更新文档以更准确地描述G.neighbors的速度 (#3699)

• 使用规范的URL以帮助搜索引擎

• 删除重复的许可参数 (#3710)

• 修复几个地方关于异常的文档问题

• 修复更多关于异常的文档问题

• 删除旧的Python 2代码

• 从模块顶部删除样板代码

• 删除多余的编码信息

• 更新示例

• 简化包的文档字符串

• 从非可执行文件中删除shebang

• 添加贡献者

• 对边在(k-2)个三角形中定义的K-支撑进行修正，而不是K个三角形 (#3713)

• 在Python 3.8上启用可选测试

• 修复test_numpy_type以在Python 3.8下通过

• 添加数据文件的链接

• 废弃Python 2/3兼容性代码

• 更新样式

• 分开易于安装和难以安装的可选要求

• 默认安装可选依赖项

• 重构测试

• 子图复制的示例代码：在is_multigraph中添加括号 (#3734)

• 修正拼写错误 (#3735)

• 修复引用链接 (#3741)

• 为清晰的错误消息从setup.py中删除f字符串 < py3.6 (#3738)

• 3511 gml列表支持 (#3649)

• 添加linestyle作为参数 (#3747)

• 链接到示例所需的文件 (#3752)

• 修正一个拼写错误

• 合并拉取请求 #3759 从yohm/patch-1

• 删除未使用的变量以使grid_graph支持dim=tuple (#3760)

• 数独生成器问题3756 (#3757)

• 修复shall_layout中单节点壳的缩放 (#3764)

• 添加三角分析函数 (#3742)

• 改进测试覆盖率

• 更新contribs脚本

• 将%-格式转换为fstring

• 升级到Py36语法

• 更新字符串格式

• 修复scipy的弃用警告

• 更新年份

• 消除已知警告 (#3770)

• 修复asyn_fluidc的文档字符串 (#3779)

• 修复 #3703 (#3784)

• 修复kamada_kawai_layout的初始化器 (networkx #3658) (#3782)

• 次要注释问题 (#3787)

• 将moral和threshold包添加到主命名空间 (#3788)

• 将权重函数添加到bidirectional_dijkstra和astar (#3799)

• 在绘制有向边时正确缩小箭头的源端。#3805 (#3806)

• 部分周期晶格的选项 (networkx #3586) (#3807)

• 防止subgraph_is_monomorphic上的KeyError (#3798)

• 营养级别 #3736 (#3804)

• UnionFind的union没有准确跟踪集合大小 (#3810)

• 删除空格 (#3816)

• 重新考虑龙虾生成器 (#3822)

• 修复拼写错误 (#3838)

• 修复略微混淆含义的拼写错误 (#3840)

• 为问题 #3846 添加修复 (#3848)

• 从create_py_random_state中删除未使用的变量has_numpy (#3852)

• 在绘制空节点和边时修复返回值 #3833 (#3854)

• 使connected_components对组件集合变异安全 (#3859)

• 修复文档字符串中的示例 (#3866)

• 将README.rst网站链接更新为https (#3888)

• 拼写错误 (#3894)

• 使CONTRIBUTING.rst更清晰 (#3895)

• 修复nx.info()的文档以及必要的测试 (#3893)

• 为jit_data函数的json dumps添加默认参数 (#3891)

• 将nx.Digraph更正为nx.DiGraph (#3909)

• 使用Sphinx 3.0.1

• 修复Sphinx弃用

• 在文档中添加标志

• 允许边节点的集合 (#3907)

• 当将’id’转换为int()失败时添加额外信息。 (解决 #3910) (#3916)

• 添加 Paley 图 (#3900)

• 将 Paley 图添加到文档中 (#3927)

• 更新 astar.py (#3947)

• 使用关键字作为位置参数 (#3952)

• 修复文档 (#3959)

• 为 GraphML 写入添加命名键 ID 的选项 (#3960)

• 修复文档 (#3958)

• 在 all_shortest_paths 中正确处理零权重边 (#3783)

• 修复文档中的拼写错误 (#3965)

• 修复：修正 simrank_similarity_numpy 的文档 (#3954)

• 修复 #3930（转换为 pd.DataFrame 时未覆盖源和目标列）的问题 (#3935)

• 为 #3948 添加最短简单路径的权重函数 (#3949)

• 修复 communicability 的定义 (#3973)

• 修复 simrank_similarity 在有向图输入时的问题 (#3961)

• 修复投票能力的削弱 (#3970)

• 实现更快的 Kernighan-Lin 二分算法 (#3858)

• 修复问题 #3926 (#3928)

• 更新 CONTRIBUTORS.rst (#3982)

• 弃用 context_manager 中的 reversed，改用 reversed_view (#3983)

• 更新 CONTRIBUTORS.rst (#3987)

• 为 voterank 增强功能 (#3972)

• 添加 d-分离算法 (#3974)

• 文档：为 find_cycle 添加 see also 部分 (#3999)

• 改进 subgraph_view filter_edge 的文档 (#4010)

• 修复 dag.py 中的异常原因 (#4000)

• 在 to_networkx_graph 中显式处理异常 (#4009)

• 修复 12 个模块中的异常原因和消息 (#4012)

• 修复拼写错误： np.int -> np.int_ (#4013)

• 修复一个拼写错误 (#4017)

• 更改文档 (#3981)

• 为正则图添加算法 (#3925)

• 拼写错误 Hand 应为 Hans (#4025)

• 文档：在 CONTRIBUTING 中添加测试要点 (#4035)

• 更新 Sphinx

• 更新可选/测试依赖项

• 添加治理/价值观/nexp/路线图

• 改进教程中 None 的格式 (#3986)

• 修复文档字符串中的 DiGraph 拼写错误 (#3892)

• 更新到 Py3 文档的链接 (#4042)

• 添加仅清除边的方法 (#3477)

• 修复整个代码库中的异常原因和消息 (#4015)

• 在 draw_networkx 中明确处理关键字参数 (#4033)

• 返回空生成器而不是空列表 (#3967)

• 正确推断 numpy 浮点类型 (#3919)

• 维护：更新 from_graph6_bytes 参数/文档。 (#4034)

• 在文档中添加 URLs/banner/titlebar (#4044)

• 添加负循环检测启发式 (#3879)

• 移除未使用的导入 (#3855)

• 修复 generate_gml(G, stringizer=None) 中的错误 (#3841)

• 当 k < 2 时引发 NetworkXError (#3761)

• 维护：从 alg. conn. 模块中删除 np.matrix

• 维护：从 attribute_ac 中删除 np.matrix

• 维护，测试：为 TestAlgebraicConnectivity 中的方法添加参数化。

• 维护，测试：参数化 buckminsterfullerene 测试。

• 维护，测试：移除未使用的 _methods 类属性

• 维护，测试：参数化 TestSpectralOrdering。

• 排除自/递归边 (#4037)

• WIP：更改 EdgeDataView 的 __contains__ 特性（第二次尝试） (#3845)

• 为多图简单路径索引边 (#3358)

• 增强：添加新的 graph_hashing 功能

• 修复 pandas 弃用问题

• 组织删除已弃用代码

• 更新 Sphinx

• 增强：为 GED 添加 roots 和 timeout (#4026)

• 使画廊更加突出

• 添加 interval_graph 的实现及其单元测试 (#3705)

• 修正了kamada_kawai_layout文档字符串中的拼写错误 (#4059)

• 从最小权重完全匹配中移除完整性条件 (#4057)

• 实现了multipartite_layout (#3815)

• 添加了新的链路预测算法（CCPA） (#4028)

• 在bfs遍历过程中添加了对节点邻居进行排序的选项 (#4029)

• TST: 从测试中移除int64规范 (#4055)

• 运行了pyupgrade –py36plus

• 移除了末尾的空格

• 告诉psf/black忽略特定的np.arrays

• 使用black格式化

• 添加了用于psf/black的pre-commit钩子

• 合并了来自jarrodmillman/black的拉取请求 #4060

• 修正了匹配文档字符串中的一些拼写错误 (#4063)

• 修复了to_scipy_sparse_matrix函数的bug (#3985)

• 更新了最小权重完全匹配的文档 (#4062)

• 添加了最大权重团算法 (#4016)

• 创建networkx对象后清除pygraphviz对象 (#4070)

• 在travis上使用更新的osx (#4075)

• 更新brew后安装Python (#4079)

• 添加到black的链接 (#4078)

• 改进了关于erdos-reyni图生成器别名的文档 (#4074)

• MAINT: 从INSTALL中删除了依赖版本信息 (#4081)

• 简化了顶层目录 (#4087)

• DOC: 修正了laplacianmatrix中的返回类型 (#4090)

• 在文档中添加模块性 (#4096)

• 允许G.remove_edges_from(nx.selfloops_edges(G)) (#4080)

• MAINT: 使用numpy内置函数替代私有函数 (#4094)

• 允许在from_pandas_edgelist中为多重边添加自定义键 (#4076)

• 修正了planar_layout文档字符串 (#4097)

• DOC: 关于numpy.matrix的重新措辞

• MAINT: 内部删除to/from_numpy_matrix

• 合并了来自rossbar/rm_npmatrix的拉取请求 #4093

• 移除版权样板 (#4105)

• 更新贡献者指南 (#4088)

• 添加了计算指定路径成本的函数 (#4069)

• 更新了from_pandas_edgelist的文档字符串 (#4108)

• 在文档中添加了max_weight_clique (#4110)

• 更新了弃用策略 (#4112)

• 改进了模块性计算 (#4103)

• 添加了团队画廊 (#4117)

• CI: 为文档构建设置了circle CI (#4119)

• 构建pdf (#4123)

• DOC: 从教程阅读中提出的建议和改进 (#4121)

• 在travis上启用3.9-dev (#4124)

• 修复了parse_edgelist在多属性情况下的行为 (#4125)

• CI: 临时解决CI latex安装问题 (#4131)

• 更新了draw_networkx以接受numpy数组作为edgelist (#4132)

• 添加了树同构性 (#4067)

• MAINT: 在to_networkx_graph中切换到基于abc的isinstance检查 (#4136)

• 使用dict而不是OrderedDict，因为从Python 3.6开始dict默认是有序的 (#4145)

• MAINT: 修复了parse_edgelist的问题 (#4128)

• 更新了circleci镜像上的apt-get (#4147)

• 添加了rescale_layout_dict以更改布局字典的比例 (#4154)

• 更新依赖项

• 从要求中移除了gdal

• relabel_nodes现在在多重图中保留边 (#4066)

• MAINT,TST: 改进了nx_agraph模块的覆盖率 (#4156)

• 通过后处理使steiner_tree适用于MultiGraphs (#4160)

• 为view_pygraphviz添加了 show 参数 (#4155)

• 为将chordal_graph_cliques准备成生成器 (#4162)

• 文档更新 (#4161)

• 从doctests中删除不必要的nx导入 (#4163)

• 使用显式边ID从graphml中创建MultiGraph #3470 (#3763)

• 更新sphinx依赖 (#4164)

• 在GEXF写入器中添加边标签作为可选属性 (#3347)

• v2.5版本发布说明的初稿 (#4159)

• 指定2.5rc1版本发布

• 升级发布版本号

• 在发布说明中更新弃用内容 (#4166)

• 更新阈值模块中公共函数的文档字符串 (#4167)

• 格式化文档字符串中的Python代码 (#4168)

• 修复文档构建警告中的标记错误 (#4174)

其中包含以下3个合并：

• 修正拼写错误 (#3759)

• 使用psf/black (#4060)

• 维护：替换to_numpy_matrix和from_numpy_matrix的内部使用 (#4093)

贡献者

• Adnan Abdulmuttaleb

• Abhi

• Antoine-H

• Salim BELHADDAD

• Ross Barnowski

• Lukas Bernwald

• Isaac Boates

• Kelly Boothby

• Matthias Bruhns

• Mahmut Bulut

• Rüdiger Busche

• Gaetano Carpinato

• Nikos Chan

• Harold Chan

• Camden Cheek

• Daniel

• Daniel-Davies

• Bastian David

• Christoph Deil

• Tanguy Fardet

• 赵丰 (Zhao Feng)

• Andy Garfield

• Oded Green

• Drew H

• Alex Henrie

• Kang Hong Jin

• Manas Joshi

• Søren Fuglede Jørgensen

• Aabir Abubaker Kar

• Folgert Karsdorp

• Suny Kim

• Don Kirkby

• Katherine Klise

• Steve Kowalik

• Ilia Kurenkov

• Whi Kwon

• Paolo Lammens

• Zachary Lawrence

• Sanghack Lee

• Anton Lodder

• Lukas Lösche

• Eric Ma

• Mackyboy12

• Christoph Martin

• Alex Marvin

• Mattwmaster58

• James McDermott

• Jarrod Millman

• Ibraheem Moosa

• Yohsuke Murase

• Neil

• Harri Nieminen

• Danny Niquette

• Carlos G. Oliver

• Juan Orduz

• Austin Orr

• Pedro Ortale

• Aditya Pal

• PalAditya

• Jose Pinilla

• PranayAnchuri

• Jorge Martín Pérez

• Pradeep Reddy Raamana

• Ram Rachum

• David Radcliffe

• Federico Rosato

• Tom Russell

• Craig Schmidt

• Jonathan Schneider

• Dan Schult

• Mridul Seth

• Karthikeyan Singaravelan

• Songyu-Wang

• Kanishk Tantia

• Jeremias Traub

• James Trimble

• Shashi Tripathi

• Stefan van der Walt

• Jonatan Westholm

• Kazimierz Wojciechowski

• Jangwon Yie

• adnanmuttaleb

• anentropic

• arunwise

• beckedorf

• ernstklrb

• farhanbhoraniya

• fj128

• gseva

• haochenucr

• johnthagen

• kiryph

• muratgu

• ryan-duve

• sauxpa

• tombeek111

• willpeppo