pandas 文档字符串指南#

关于文档字符串和标准#

Python 文档字符串是一个用于文档化 Python 模块、类、函数或方法的字符串,这样程序员可以理解它的功能,而无需阅读实现的细节。

此外,从文档字符串自动生成在线(html)文档是一种常见做法。Sphinx 服务于这一目的。

下一个示例展示了docstring的样子:

def add(num1, num2):
    """
    Add up two integer numbers.

    This function simply wraps the ``+`` operator, and does not
    do anything interesting, except for illustrating what
    the docstring of a very simple function looks like.

    Parameters
    ----------
    num1 : int
        First number to add.
    num2 : int
        Second number to add.

    Returns
    -------
    int
        The sum of ``num1`` and ``num2``.

    See Also
    --------
    subtract : Subtract one integer from another.

    Examples
    --------
    >>> add(2, 2)
    4
    >>> add(25, 0)
    25
    >>> add(10, -10)
    0
    """
    return num1 + num2

关于文档字符串存在一些标准,这使得它们更容易阅读,并允许它们轻松导出到其他格式,如html或pdf。

每个 Python 文档字符串应遵循的第一条约定在 PEP-257 中定义。

由于 PEP-257 相当广泛,还存在其他更具体的标准。在 pandas 的情况下,遵循 NumPy 文档字符串约定。这些约定在本文件中有解释:

numpydoc 是一个支持 NumPy 文档字符串约定的 Sphinx 扩展。

该标准使用 reStructuredText (reST)。reStructuredText 是一种标记语言,允许在纯文本文件中编码样式。关于 reStructuredText 的文档可以在以下位置找到:

pandas 有一些帮助工具用于在相关类之间共享文档字符串,参见 共享文档字符串

本文档的其余部分将总结上述所有指南,并提供特定于pandas项目的附加约定。

编写一个文档字符串#

一般规则#

文档字符串必须用三个双引号定义。文档字符串前后不应留有空白行。文本从开引号的下一行开始。闭引号有自己的一行(这意味着它们不在最后一句话的末尾)。

在极少数情况下,reST 样式如粗体文本或斜体会用于文档字符串中,但常见的是使用内联代码,这些代码用反引号括起来。以下被视为内联代码:

  • 参数的名称

  • Python 代码、模块、函数、内置函数、类型、字面量…(例如 oslistnumpy.absdatetime.dateTrue

  • 一个 pandas 类(形式为 :class:`pandas.Series`

  • 一个 pandas 方法(形式为 :meth:`pandas.Series.sum`

  • 一个 pandas 函数(形式为 :func:`pandas.to_datetime`

备注

要仅显示链接的类、方法或函数的最后一个组件,请在其前面加上 ~。例如,:class:`~pandas.Series` 将链接到 pandas.Series 但仅显示最后一部分 Series 作为链接文本。详情请参见 Sphinx 交叉引用语法

好:

def add_values(arr):
    """
    Add the values in ``arr``.

    This is equivalent to Python ``sum`` of :meth:`pandas.Series.sum`.

    Some sections are omitted here for simplicity.
    """
    return sum(arr)

错误:

def func():

    """Some function.

    With several mistakes in the docstring.

    It has a blank line after the signature ``def func():``.

    The text 'Some function' should go in the line after the
    opening quotes of the docstring, not in the same line.

    There is a blank line between the docstring and the first line
    of code ``foo = 1``.

    The closing quotes should be in the next line, not in this one."""

    foo = 1
    bar = 2
    return foo + bar

第1节:简要总结#

简短的总结是用一句话简洁地表达函数的功能。

简短的摘要必须以大写字母开头,以句号结尾,并且适合单行。它需要表达对象的功能,而不提供详细信息。对于函数和方法,简短的摘要必须以不定式动词开头。

好:

def astype(dtype):
    """
    Cast Series type.

    This section will provide further details.
    """
    pass

错误:

def astype(dtype):
    """
    Casts Series type.

    Verb in third-person of the present simple, should be infinitive.
    """
    pass
def astype(dtype):
    """
    Method to cast Series type.

    Does not start with verb.
    """
    pass
def astype(dtype):
    """
    Cast Series type

    Missing dot at the end.
    """
    pass
def astype(dtype):
    """
    Cast Series type from its current type to the new type defined in
    the parameter dtype.

    Summary is too verbose and doesn't fit in a single line.
    """
    pass

第2节:扩展摘要#

扩展摘要提供了关于函数功能的详细信息。它不应涉及参数的细节,或讨论实现注记,这些内容应在其他部分讨论。

在简短摘要和扩展摘要之间留有一个空行。扩展摘要中的每个段落都以句号结尾。

扩展摘要应提供有关该函数为何有用及其使用场景的详细信息,如果不过于通用的话。

def unstack():
    """
    Pivot a row index to columns.

    When using a MultiIndex, a level can be pivoted so each value in
    the index becomes a column. This is especially useful when a subindex
    is repeated for the main index, and data is easier to visualize as a
    pivot table.

    The index level will be automatically removed from the index when added
    as columns.
    """
    pass

第3节:参数#

本节将添加参数的详细信息。本节标题为“参数”,后面跟着一行在单词“参数”每个字母下加连字符的行。在节标题前留一个空白行,但不在其后,也不在“参数”这个词和带连字符的行之间。

在标题之后,签名中的每个参数都必须记录,包括 *args**kwargs,但不包括 self

参数通过它们的名称定义,后面跟一个空格、一个冒号、另一个空格和类型(或多种类型)。注意名称和冒号之间的空格是重要的。类型没有为 *args**kwargs 定义,但必须为所有其他参数定义。在参数定义之后,需要有一行带有参数描述的行,该行是缩进的,并且可以有多行。描述必须以大写字母开头,并以句号结束。

对于带有默认值的关键字参数,默认值将在类型的末尾用逗号列出。在这种情况下,类型的确切形式将是“int, default 0”。在某些情况下,解释默认参数的含义可能是有用的,这可以在逗号后添加“int, default -1, meaning all cpus”。

在默认值为 None 的情况下,这意味着该值将不会被使用。与其写 "str, default None",更倾向于写 "str, optional"。当 None 是一个被使用的值时,我们会保留形式 “str, default None”。例如,在 df.to_csv(compression=None) 中,None 不是一个被使用的值,而是意味着压缩是可选的,如果不提供则不使用压缩。在这种情况下我们会使用 "str, optional"。只有在像 func(value=None) 这样的情况,并且 None 以与 0foo 相同的方式被使用时,我们才会指定 “str, int or None, default None”。

好:

class Series:
    def plot(self, kind, color='blue', **kwargs):
        """
        Generate a plot.

        Render the data in the Series as a matplotlib plot of the
        specified kind.

        Parameters
        ----------
        kind : str
            Kind of matplotlib plot.
        color : str, default 'blue'
            Color name or rgb code.
        **kwargs
            These parameters will be passed to the matplotlib plotting
            function.
        """
        pass

错误:

class Series:
    def plot(self, kind, **kwargs):
        """
        Generate a plot.

        Render the data in the Series as a matplotlib plot of the
        specified kind.

        Note the blank line between the parameters title and the first
        parameter. Also, note that after the name of the parameter ``kind``
        and before the colon, a space is missing.

        Also, note that the parameter descriptions do not start with a
        capital letter, and do not finish with a dot.

        Finally, the ``**kwargs`` parameter is missing.

        Parameters
        ----------

        kind: str
            kind of matplotlib plot
        """
        pass

参数类型#

在指定参数类型时,可以直接使用 Python 内置数据类型(首选 Python 类型而不是更详细的字符串、整数、布尔等):

  • int

  • float

  • str

  • bool

对于复杂类型,定义子类型。对于 dicttuple ,由于存在多种类型,我们使用括号来帮助阅读类型(dict 用花括号,tuple 用普通括号):

  • list of int

  • dict of {str : int}

  • tuple of (str, int, int)

  • 元组 (str,)

  • set of str

如果只有一组允许的值,请将它们列在大括号中并用逗号(后跟一个空格)分隔。如果这些值是有序的并且有顺序,请按此顺序列出它们。否则,如果有默认值,请先列出默认值:

  • {0, 10, 25}

  • {‘simple’, ‘advanced’}

  • {‘低’, ‘中’, ‘高’}

  • {‘猫’, ‘狗’, ‘鸟’}

如果类型在 Python 模块中定义,则必须指定模块:

  • datetime.date

  • datetime.datetime

  • decimal.Decimal

如果类型在一个包中,模块也必须被指定:

  • numpy.ndarray

  • scipy.sparse.coo_matrix

如果类型是 pandas 类型,也需要指定 pandas,除了 Series 和 DataFrame 之外:

  • 系列

  • DataFrame

  • pandas.Index

  • pandas.Categorical

  • pandas.arrays.SparseArray

如果确切的类型不相关,但必须与 NumPy 数组兼容,可以指定 array-like。如果接受任何可迭代类型,可以使用 iterable:

  • array-like

  • iterable

如果接受多种类型,请用逗号分隔它们,除了最后两种类型,它们需要用单词 ‘或’ 分隔:

  • int 或 float

  • float, decimal.Decimal 或 None

  • str 或 str 列表

如果 None 是接受的值之一,它总是需要列在最后。

对于轴,惯例是使用类似的东西:

  • axis : {0 或 ‘index’, 1 或 ‘columns’, None}, 默认 None

第4节:返回或产生#

如果该方法返回一个值,它将在此部分中记录。同样,如果该方法产生其输出。

章节的标题将以与“参数”相同的方式定义。名称可以是“返回”或“生成”,后面跟一行与前一个单词字母数相同的连字符。

返回值的文档也类似于参数。但在这种情况下,除非方法返回或生成多个值(值的元组),否则不会提供名称。

“Returns” 和 “Yields” 的类型与 “Parameters” 的类型相同。此外,描述必须以句号结尾。

例如,使用单个值:

def sample():
    """
    Generate and return a random number.

    The value is sampled from a continuous uniform distribution between
    0 and 1.

    Returns
    -------
    float
        Random number generated.
    """
    return np.random.random()

有多个值时:

import string

def random_letters():
    """
    Generate and return a sequence of random letters.

    The length of the returned string is also random, and is also
    returned.

    Returns
    -------
    length : int
        Length of the returned string.
    letters : str
        String of random letters.
    """
    length = np.random.randint(1, 10)
    letters = ''.join(np.random.choice(string.ascii_lowercase)
                      for i in range(length))
    return length, letters

如果该方法产生其值:

def sample_values():
    """
    Generate an infinite sequence of random numbers.

    The values are sampled from a continuous uniform distribution between
    0 and 1.

    Yields
    ------
    float
        Random number generated.
    """
    while True:
        yield np.random.random()

第5节:另请参见#

本节用于让用户了解与正在记录的功能相关的 pandas 功能。在极少数情况下,如果根本找不到相关的方法或函数,则可以跳过本节。

一个明显的例子是 head()tail() 方法。由于 tail() 的作用与 head() 相同,但位于 SeriesDataFrame 的末尾而不是开头,因此让用户了解这一点是很好的。

为了直观地了解可以被认为是相关的,这里有一些例子:

  • lociloc,它们做同样的事情,但在一种情况下提供索引,在另一种情况下提供位置

  • maxmin,因为它们做相反的事情

  • iterrowsitertuplesitems,因为用户很容易在寻找遍历列的方法时,最终找到遍历行的方法,反之亦然。

  • fillnadropna,这两种方法都用于处理缺失值

  • read_csvto_csv,因为它们是互补的

  • mergejoin,因为一个是另一个的泛化

  • astypepandas.to_datetime,因为用户可能会阅读 astype 的文档以了解如何转换为日期,而实现这一点的方法是使用 pandas.to_datetime

  • wherenumpy.where 相关,因为它的功能基于它

在决定什么是相关的时候,你应该主要使用你的常识,并思考什么对阅读文档的用户有用,特别是那些经验较少的用户。

当涉及到其他库(主要是 numpy)时,首先使用模块的名称(不是像 np 这样的别名)。如果函数在一个不是主模块的模块中,比如 scipy.sparse,列出完整的模块(例如 scipy.sparse.coo_matrix)。

本节有一个标题,”参见”(注意大写的S和A),后面是带有连字符的行,前面有一空行。

在标题之后,我们将为每个相关的方法或函数添加一行,后面跟一个空格、一个冒号、另一个空格和一个简短的描述,说明这个方法或函数的作用、为什么在这个上下文中相关,以及文档化函数与被引用函数之间的关键区别。描述也必须以句号结尾。

请注意,在“Returns”和“Yields”中,描述位于类型之后的行上。然而,在这一节中,它位于同一行,中间用冒号分隔。如果描述不适合同一行,它可以继续到其他行,这些行必须进一步缩进。

例如:

class Series:
    def head(self):
        """
        Return the first 5 elements of the Series.

        This function is mainly useful to preview the values of the
        Series without displaying the whole of it.

        Returns
        -------
        Series
            Subset of the original series with the 5 first values.

        See Also
        --------
        Series.tail : Return the last 5 elements of the Series.
        Series.iloc : Return a slice of the elements in the Series,
            which can also be used to return the first or last n.
        """
        return self.iloc[:5]

第6节:注释#

这是一个可选部分,用于记录关于算法实现或函数行为技术方面的注释。

除非你熟悉该算法的实现,或者在为该函数编写示例时发现了某些反直觉的行为,否则可以随意跳过。

本节遵循与扩展摘要部分相同的格式。

第7节:示例#

这是文档字符串中最重要的一部分,尽管它位于最后,因为通常人们通过例子比通过准确的解释更好地理解概念。

文档字符串中的示例,除了说明函数或方法的用法外,必须是有效的Python代码,能够以确定性的方式返回给定的输出,并且可以被用户复制和运行。

示例以 Python 终端会话的形式呈现。>>> 用于表示代码。... 用于表示从前一行继续的代码。输出紧跟在生成输出的代码的最后一行之后(中间没有空行)。描述示例的注释可以在它们之前和之后添加空行。

展示示例的方式如下:

  1. 导入所需的库(除了 numpypandas

  2. 创建示例所需的数据

  3. 展示一个非常基础的例子,这个例子展示了最常见的使用情况

  4. 添加带有解释的示例,说明如何使用参数来扩展功能

一个简单的例子可能是:

class Series:

    def head(self, n=5):
        """
        Return the first elements of the Series.

        This function is mainly useful to preview the values of the
        Series without displaying all of it.

        Parameters
        ----------
        n : int
            Number of values to return.

        Return
        ------
        pandas.Series
            Subset of the original series with the n first values.

        See Also
        --------
        tail : Return the last n elements of the Series.

        Examples
        --------
        >>> ser = pd.Series(['Ant', 'Bear', 'Cow', 'Dog', 'Falcon',
        ...                'Lion', 'Monkey', 'Rabbit', 'Zebra'])
        >>> ser.head()
        0   Ant
        1   Bear
        2   Cow
        3   Dog
        4   Falcon
        dtype: object

        With the ``n`` parameter, we can change the number of returned rows:

        >>> ser.head(n=3)
        0   Ant
        1   Bear
        2   Cow
        dtype: object
        """
        return self.iloc[:n]

示例应尽可能简洁。在函数复杂性需要长示例的情况下,建议使用带有粗体标题的块。使用双星号 ** 使文本加粗,如 **这个示例**

示例的约定#

示例中的代码总是假设从以下两行开始,这两行未显示:

import numpy as np
import pandas as pd

在示例中使用的任何其他模块必须显式导入,每行一个(如 PEP 8#imports 中所推荐)并避免使用别名。避免过多的导入,但如果需要,标准库的导入放在首位,其次是第三方库(如 matplotlib)。

当用单个 Series 举例时,使用名称 ser,如果是用单个 DataFrame 举例,使用名称 df。对于索引,首选名称是 idx。如果使用一组同质的 SeriesDataFrame,将它们命名为 ser1, ser2, ser3… 或 df1, df2, df3… 如果数据不是同质的,并且需要多个结构,将它们命名为有意义的名称,例如 df_maindf_to_join

示例中使用的数据应尽可能紧凑。建议的行数约为4行,但要使其成为对特定示例有意义的数字。例如,在 head 方法中,它需要大于5,以显示使用默认值的示例。如果计算 mean,我们可以使用类似 [1, 2, 3] 的数据,这样很容易看出返回的值是平均值。

对于更复杂的示例(例如分组),避免使用未经解释的数据,如带有列A、B、C、D的随机数矩阵… 而应使用有意义的示例,这使得更容易理解概念。除非示例要求,否则使用动物名称,以保持示例的一致性。以及它们的数值属性。

调用方法时,关键字参数 head(n=3) 优于位置参数 head(3)

好:

class Series:

    def mean(self):
        """
        Compute the mean of the input.

        Examples
        --------
        >>> ser = pd.Series([1, 2, 3])
        >>> ser.mean()
        2
        """
        pass


    def fillna(self, value):
        """
        Replace missing values by ``value``.

        Examples
        --------
        >>> ser = pd.Series([1, np.nan, 3])
        >>> ser.fillna(0)
        [1, 0, 3]
        """
        pass

    def groupby_mean(self):
        """
        Group by index and return mean.

        Examples
        --------
        >>> ser = pd.Series([380., 370., 24., 26],
        ...               name='max_speed',
        ...               index=['falcon', 'falcon', 'parrot', 'parrot'])
        >>> ser.groupby_mean()
        index
        falcon    375.0
        parrot     25.0
        Name: max_speed, dtype: float64
        """
        pass

    def contains(self, pattern, case_sensitive=True, na=numpy.nan):
        """
        Return whether each value contains ``pattern``.

        In this case, we are illustrating how to use sections, even
        if the example is simple enough and does not require them.

        Examples
        --------
        >>> ser = pd.Series('Antelope', 'Lion', 'Zebra', np.nan)
        >>> ser.contains(pattern='a')
        0    False
        1    False
        2     True
        3      NaN
        dtype: bool

        **Case sensitivity**

        With ``case_sensitive`` set to ``False`` we can match ``a`` with both
        ``a`` and ``A``:

        >>> s.contains(pattern='a', case_sensitive=False)
        0     True
        1    False
        2     True
        3      NaN
        dtype: bool

        **Missing values**

        We can fill missing values in the output using the ``na`` parameter:

        >>> ser.contains(pattern='a', na=False)
        0    False
        1    False
        2     True
        3    False
        dtype: bool
        """
        pass

错误:

def method(foo=None, bar=None):
    """
    A sample DataFrame method.

    Do not import NumPy and pandas.

    Try to use meaningful data, when it makes the example easier
    to understand.

    Try to avoid positional arguments like in ``df.method(1)``. They
    can be all right if previously defined with a meaningful name,
    like in ``present_value(interest_rate)``, but avoid them otherwise.

    When presenting the behavior with different parameters, do not place
    all the calls one next to the other. Instead, add a short sentence
    explaining what the example shows.

    Examples
    --------
    >>> import numpy as np
    >>> import pandas as pd
    >>> df = pd.DataFrame(np.random.randn(3, 3),
    ...                   columns=('a', 'b', 'c'))
    >>> df.method(1)
    21
    >>> df.method(bar=14)
    123
    """
    pass

关于使您的示例通过 doctests 的提示#

在验证脚本中通过doctests的示例有时可能会很棘手。以下是一些需要注意的点:

  • 导入所有需要的库(除了 pandas 和 NumPy,这些已经作为 import pandas as pdimport numpy as np 导入)并定义你在示例中使用的所有变量。

  • 尽量避免使用随机数据。然而,在某些情况下,随机数据可能是可以接受的,例如,如果您正在记录的函数涉及概率分布,或者使函数结果有意义所需的数据量太大,以至于手动创建非常麻烦。在这些情况下,始终使用固定的随机种子,以使生成的示例可预测。例如:

    >>> np.random.seed(42)
    >>> df = pd.DataFrame({'normal': np.random.normal(100, 5, 20)})
    
  • 如果你有一个多行代码片段,你需要在续行上使用 ‘…’::

    >>> df = pd.DataFrame([[1, 2, 3], [4, 5, 6]], index=['a', 'b', 'c'],
    ...                   columns=['A', 'B'])
    
  • 如果你想展示一个引发异常的案例,你可以这样做:

    >>> pd.to_datetime(["712-01-01"])
    Traceback (most recent call last):
    OutOfBoundsDatetime: Out of bounds nanosecond timestamp: 712-01-01 00:00:00
    

    包含“Traceback (most recent call last):”是必要的,但对于实际错误,只需错误名称就足够了。

  • 如果结果的一小部分可以变化(例如对象表示中的哈希),你可以使用 ... 来表示这部分。

    如果你想展示 s.plot() 返回一个 matplotlib AxesSubplot 对象,这将导致 doctest 失败

    >>> s.plot()
    <matplotlib.axes._subplots.AxesSubplot at 0x7efd0c0b0690>
    

    然而,你可以这样做(注意需要添加的注释)

    >>> s.plot()  
    <matplotlib.axes._subplots.AxesSubplot at ...>
    

示例中的图表#

在 pandas 中有一些方法返回图表。为了在文档中呈现由示例生成的图表,存在 .. plot:: 指令。

要使用它,请将以下代码放在“示例”标题之后,如下所示。构建文档时,图表将自动生成。

class Series:
    def plot(self):
        """
        Generate a plot with the ``Series`` data.

        Examples
        --------

        .. plot::
            :context: close-figs

            >>> ser = pd.Series([1, 2, 3])
            >>> ser.plot()
        """
        pass

共享文档字符串#

pandas 有一个在类之间共享文档字符串的系统,尽管有细微的变化。这有助于我们保持文档字符串的一致性,同时保持对用户阅读的清晰性。但在编写时会带来一些复杂性。

每个共享的文档字符串将有一个带有变量的基本模板,例如 {klass}。这些变量稍后使用 doc 装饰器填充。最后,文档字符串也可以使用 doc 装饰器进行追加。

在这个例子中,我们将正常创建一个父文档字符串(这类似于 pandas.core.generic.NDFrame)。然后我们将有两个子项(如 pandas.core.series.Seriespandas.DataFrame)。我们将在文档字符串中替换类名。

class Parent:
    @doc(klass="Parent")
    def my_function(self):
        """Apply my function to {klass}."""
        ...


class ChildA(Parent):
    @doc(Parent.my_function, klass="ChildA")
    def my_function(self):
        ...


class ChildB(Parent):
    @doc(Parent.my_function, klass="ChildB")
    def my_function(self):
        ...

生成的文档字符串是

>>> print(Parent.my_function.__doc__)
Apply my function to Parent.
>>> print(ChildA.my_function.__doc__)
Apply my function to ChildA.
>>> print(ChildB.my_function.__doc__)
Apply my function to ChildB.

注意:

  1. 我们将父文档字符串“附加”到初始为空的子文档字符串中。

我们的文件通常会包含一个模块级别的 _shared_doc_kwargs,其中包含一些常见的替换值(如 klassaxes 等)。

你可以在一次操作中替换和追加,例如

@doc(template, **_shared_doc_kwargs)
def my_function(self):
    ...

其中 template 可能来自模块级别的 _shared_docs 字典,该字典将函数名映射到文档字符串。只要有可能,我们更倾向于使用 doc,因为文档字符串编写过程更接近正常。

请参见 pandas.core.generic.NDFrame.fillna 作为示例模板,以及 pandas.core.series.Series.fillnapandas.core.generic.frame.fillna 作为填充版本。