扩展 pandas#

虽然 pandas 提供了丰富的方法、容器和数据类型,但您的需求可能无法完全满足。pandas 提供了一些扩展 pandas 的选项。

注册自定义访问器#

库可以使用装饰器 pandas.api.extensions.register_dataframe_accessor()pandas.api.extensions.register_series_accessor()pandas.api.extensions.register_index_accessor() ,为 pandas 对象添加额外的“命名空间”。所有这些都遵循类似的约定:您装饰一个类,提供要添加的属性的名称。类的 __init__ 方法获取被装饰的对象。例如:

@pd.api.extensions.register_dataframe_accessor("geo")
class GeoAccessor:
    def __init__(self, pandas_obj):
        self._validate(pandas_obj)
        self._obj = pandas_obj

    @staticmethod
    def _validate(obj):
        # verify there is a column latitude and a column longitude
        if "latitude" not in obj.columns or "longitude" not in obj.columns:
            raise AttributeError("Must have 'latitude' and 'longitude'.")

    @property
    def center(self):
        # return the geographic center point of this DataFrame
        lat = self._obj.latitude
        lon = self._obj.longitude
        return (float(lon.mean()), float(lat.mean()))

    def plot(self):
        # plot this array's data on a map, e.g., using Cartopy
        pass

现在用户可以使用 geo 命名空间访问你的方法:

>>> ds = pd.DataFrame(
...     {"longitude": np.linspace(0, 10), "latitude": np.linspace(0, 20)}
... )
>>> ds.geo.center
(5.0, 10.0)
>>> ds.geo.plot()
# plots data on a map

这是一种在不子类化它们的情况下扩展 pandas 对象的便捷方法。如果你编写了一个自定义访问器,请提交一个拉取请求,将其添加到我们的 生态系统 页面。

我们强烈建议在访问器的 __init__ 中验证数据。在我们的 GeoAccessor 中,我们验证数据是否包含预期的列,如果验证失败则引发 AttributeError 。对于 Series 访问器,如果访问器仅适用于某些数据类型,则应验证 dtype

扩展类型#

备注

pandas.api.extensions.ExtensionDtypepandas.api.extensions.ExtensionArray API 在 pandas 1.5 之前是实验性的。从 1.5 版本开始,未来的更改将遵循 pandas 弃用政策

pandas 定义了一个接口,用于实现 扩展 NumPy 类型系统的数据类型和数组。pandas 本身使用扩展系统来处理一些 NumPy 中没有的内置类型(分类、周期、区间、带时区的时间)。

库可以定义一个自定义数组和数据类型。当 pandas 遇到这些对象时,它们将被正确处理(即不会转换为对象的 ndarray)。许多方法,如 pandas.isna() 将分派到扩展类型的实现。

如果你正在构建一个实现该接口的库,请在 生态系统页面 上公开它。

该接口由两个类组成。

ExtensionDtype#

pandas.api.extensions.ExtensionDtype 类似于 numpy.dtype 对象。它描述了数据类型。实现者需要负责一些独特的项目,比如名称。

一个特别重要的项目是 type 属性。这应该是作为数据标量类型的类。例如,如果你正在为一个IP地址数据编写扩展数组,这可能是 ipaddress.IPv4Address

请参阅 extension dtype source 以了解接口定义。

pandas.api.extensions.ExtensionDtype 可以注册到 pandas 中,以允许通过字符串 dtype 名称创建。这允许使用注册的字符串名称实例化 Series.astype(),例如 'category'CategoricalDtype 的注册字符串访问器。

有关如何注册数据类型的更多信息,请参见 extension dtype dtypes

ExtensionArray#

这个类提供了所有类似数组的功能。ExtensionArrays 被限制为 1 维。一个 ExtensionArray 通过 dtype 属性与一个 ExtensionDtype 相关联。

pandas 对其扩展数组如何通过 __new____init__ 创建没有任何限制,并且对您如何存储数据没有任何限制。我们确实要求您的数组能够转换为 NumPy 数组,即使这种转换相对昂贵(如 Categorical 的情况)。

它们可能由零个、一个或多个 NumPy 数组支持。例如,pandas.Categorical 是一个由两个数组支持的扩展数组,一个用于代码,一个用于类别。一个 IPv6 地址数组可能由一个包含两个字段的 NumPy 结构化数组支持,一个用于较低的 64 位,一个用于较高的 64 位。或者它们可能由其他存储类型支持,如 Python 列表。

请参阅 extension array source 以获取接口定义。文档字符串和注释中包含了正确实现接口的指导。

ExtensionArray 操作符支持#

默认情况下,ExtensionArray 类没有定义操作符。为您的 ExtensionArray 提供操作符支持有两种方法:

  1. 定义 ExtensionArray 子类上的每个运算符。

  2. 使用来自 pandas 的运算符实现,该实现依赖于已经在 ExtensionArray 的基础元素(标量)上定义的运算符。

备注

无论采用哪种方法,如果您希望在涉及与NumPy数组的二元运算时调用您的实现,您可能需要设置 __array_priority__

对于第一种方法,您定义选定的操作符,例如 __add____le__ 等,这些是您希望 ExtensionArray 子类支持的操作符。

第二种方法假设 ExtensionArray 的基础元素(即标量类型)已经定义了各个运算符。换句话说,如果你的 ExtensionArray 命名为 MyExtensionArray ,并且每个元素都是 MyExtensionElement 类的实例,那么如果为 MyExtensionElement 定义了运算符,第二种方法将自动为 MyExtensionArray 定义运算符。

一个mixin类,ExtensionScalarOpsMixin 支持这种第二种方法。如果正在开发一个 ExtensionArray 子类,例如 MyExtensionArray,可以简单地将 ExtensionScalarOpsMixin 作为 MyExtensionArray 的父类,然后调用方法 _add_arithmetic_ops() 和/或 _add_comparison_ops() 将操作符挂钩到你的 MyExtensionArray 类中,如下所示:

from pandas.api.extensions import ExtensionArray, ExtensionScalarOpsMixin


class MyExtensionArray(ExtensionArray, ExtensionScalarOpsMixin):
    pass


MyExtensionArray._add_arithmetic_ops()
MyExtensionArray._add_comparison_ops()

备注

由于 pandas 会自动逐个调用每个元素上的底层操作符,这可能不如直接在 ExtensionArray 上实现相关操作符的自定义版本那样高效。

对于算术运算,此实现将尝试用逐元素运算的结果重建一个新的 ExtensionArray。是否成功取决于运算返回的结果是否对 ExtensionArray 有效。如果无法重建 ExtensionArray,则返回包含标量的 ndarray。

为了便于实现以及与 pandas 和 NumPy ndarrays 之间的操作保持一致,我们建议 不要 在二元操作中处理 Series 和 Indexes。相反,您应该检测这些情况并返回 NotImplemented。当 pandas 遇到类似 op(Series, ExtensionArray) 的操作时,pandas 将

  1. Series 中解包数组(Series.array

  2. 调用 result = op(values, ExtensionArray)

  3. 将结果重新包装在一个 Series

NumPy 通用函数#

Series 实现了 __array_ufunc__。作为实现的一部分,pandas 从 Series 中解包 ExtensionArray,应用 ufunc,并在必要时重新打包。

如果适用,我们强烈建议您在扩展数组中实现 __array_ufunc__ 以避免强制转换为 ndarray。有关示例,请参见 NumPy 文档

作为您实现的一部分,我们要求在 inputs 中检测到 pandas 容器(SeriesDataFrameIndex)时,您应依赖 pandas。如果存在这些容器中的任何一个,您应返回 NotImplemented。pandas 将负责从容器中解包数组,并使用解包后的输入重新调用 ufunc。

测试扩展数组#

我们提供了一个测试套件,以确保您的扩展数组满足预期的行为。要使用测试套件,您必须提供几个 pytest 固件并继承自基础测试类。所需的固件可以在 pandas-dev/pandas 中找到。

要使用测试,请对其进行子类化:

from pandas.tests.extension import base


class TestConstructors(base.BaseConstructorsTests):
    pass

请参阅 pandas-dev/pandas 以获取所有可用测试的列表。

与 Apache Arrow 的兼容性#

一个 ExtensionArray 可以通过实现两个方法 ExtensionArray.__arrow_array__ExtensionDtype.__from_arrow__ 来支持转换为 / 从 pyarrow 数组(从而例如支持序列化为 Parquet 文件格式)。

ExtensionArray.__arrow_array__ 确保 pyarrow 知道如何将特定的扩展数组转换为 ``pyarrow.Array``(也包括在 pandas DataFrame 中作为列时):

class MyExtensionArray(ExtensionArray):
    ...

    def __arrow_array__(self, type=None):
        # convert the underlying array values to a pyarrow Array
        import pyarrow

        return pyarrow.array(..., type=type)

ExtensionDtype.__from_arrow__ 方法控制从 pyarrow 转换回 pandas ExtensionArray。此方法接收一个 pyarrow ArrayChunkedArray 作为唯一参数,并预期返回适用于此 dtype 和传递值的适当 pandas ExtensionArray

class ExtensionDtype:
    ...

    def __from_arrow__(self, array: pyarrow.Array/ChunkedArray) -> ExtensionArray:
        ...

更多信息请参见 Arrow 文档

这些方法已经为 pandas 中包含的可空整数和字符串扩展数据类型实现,并确保往返于 pyarrow 和 Parquet 文件格式。

子类化 pandas 数据结构#

警告

在考虑子类化 pandas 数据结构之前,有一些更简单的替代方案。

  1. 带有 管道 的可扩展方法链

  2. 使用 组合 。参见 这里

  3. 通过 注册一个访问器 进行扩展

  4. 通过 扩展类型 进行扩展

本节描述如何对 pandas 数据结构进行子类化以满足更具体的需求。有两个需要注意的点:

  1. 覆盖构造函数属性。

  2. 定义原始属性

备注

你可以在 geopandas 项目中找到一个很好的例子。

覆盖构造函数属性#

每个数据结构都有几个 构造函数属性 用于返回作为操作结果的新数据结构。通过重写这些属性,您可以在 pandas 数据操作中保留子类。

在子类上可以定义3个可能的构造函数属性:

  • DataFrame/Series._constructor: 当操作结果与原始数据具有相同维度时使用。

  • DataFrame._constructor_sliced: 当 DataFrame (子-)类的操作结果应该是 Series (子-)类时使用。

  • Series._constructor_expanddim: 当一个 Series (子)类操作结果应该是一个 DataFrame (子)类时使用,例如 Series.to_frame()

下面的例子展示了如何定义 SubclassedSeriesSubclassedDataFrame 覆盖构造函数属性。

class SubclassedSeries(pd.Series):
    @property
    def _constructor(self):
        return SubclassedSeries

    @property
    def _constructor_expanddim(self):
        return SubclassedDataFrame


class SubclassedDataFrame(pd.DataFrame):
    @property
    def _constructor(self):
        return SubclassedDataFrame

    @property
    def _constructor_sliced(self):
        return SubclassedSeries
>>> s = SubclassedSeries([1, 2, 3])
>>> type(s)
<class '__main__.SubclassedSeries'>

>>> to_framed = s.to_frame()
>>> type(to_framed)
<class '__main__.SubclassedDataFrame'>

>>> df = SubclassedDataFrame({"A": [1, 2, 3], "B": [4, 5, 6], "C": [7, 8, 9]})
>>> df
   A  B  C
0  1  4  7
1  2  5  8
2  3  6  9

>>> type(df)
<class '__main__.SubclassedDataFrame'>

>>> sliced1 = df[["A", "B"]]
>>> sliced1
   A  B
0  1  4
1  2  5
2  3  6

>>> type(sliced1)
<class '__main__.SubclassedDataFrame'>

>>> sliced2 = df["A"]
>>> sliced2
0    1
1    2
2    3
Name: A, dtype: int64

>>> type(sliced2)
<class '__main__.SubclassedSeries'>

定义原始属性#

为了让原始数据结构具有附加属性,你应该让 pandas 知道添加了哪些属性。pandas 将未知属性映射到数据名称,覆盖 __getattribute__。定义原始属性可以通过以下两种方式之一完成:

  1. 为不会传递给操作结果的临时属性定义 _internal_names_internal_names_set

  2. 为将被传递到操作结果的普通属性定义 _metadata

下面是一个定义两个原始属性的示例,将“internal_cache”定义为临时属性,将“added_property”定义为普通属性

class SubclassedDataFrame2(pd.DataFrame):

    # temporary properties
    _internal_names = pd.DataFrame._internal_names + ["internal_cache"]
    _internal_names_set = set(_internal_names)

    # normal properties
    _metadata = ["added_property"]

    @property
    def _constructor(self):
        return SubclassedDataFrame2
>>> df = SubclassedDataFrame2({"A": [1, 2, 3], "B": [4, 5, 6], "C": [7, 8, 9]})
>>> df
   A  B  C
0  1  4  7
1  2  5  8
2  3  6  9

>>> df.internal_cache = "cached"
>>> df.added_property = "property"

>>> df.internal_cache
cached
>>> df.added_property
property

# properties defined in _internal_names is reset after manipulation
>>> df[["A", "B"]].internal_cache
AttributeError: 'SubclassedDataFrame2' object has no attribute 'internal_cache'

# properties defined in _metadata are retained
>>> df[["A", "B"]].added_property
property

绘图后端#

pandas 可以使用第三方绘图后端进行扩展。主要思想是让用户选择一个不同于基于 Matplotlib 提供的绘图后端。例如:

>>> pd.set_option("plotting.backend", "backend.module")
>>> pd.Series([1, 2, 3]).plot()

这大致相当于:

>>> import backend.module
>>> backend.module.plot(pd.Series([1, 2, 3]))

后端模块可以使用其他可视化工具(Bokeh, Altair,…)来生成图表。

实现绘图后端的库应使用 入口点 使其后端可被 pandas 发现。关键字是 "pandas_plotting_backends"。例如,pandas 注册默认的 “matplotlib” 后端如下。

# in setup.py
setup(  # noqa: F821
    ...,
    entry_points={
        "pandas_plotting_backends": [
            "matplotlib = pandas:plotting._matplotlib",
        ],
    },
)

更多关于如何实现第三方绘图后端的信息可以在 pandas-dev/pandas 找到。

与第三方类型的算术运算#

为了控制自定义类型和 pandas 类型之间的算术运算方式,请实现 __pandas_priority__。类似于 numpy 的 __array_priority__ 语义,DataFrameSeriesIndex 对象的算术方法将委托给 other,如果它有一个值更高的 __pandas_priority__ 属性。

默认情况下,pandas 对象尝试与其他对象进行操作,即使它们不是 pandas 已知的类型:

>>> pd.Series([1, 2]) + [10, 20]
0    11
1    22
dtype: int64

在上面的例子中,如果 [10, 20] 是一个可以理解为列表的自定义类型,pandas 对象仍将以相同的方式对其进行操作。

在某些情况下,将操作委托给其他类型是有用的。例如,假设我实现了一个自定义列表对象,并且我希望将我的自定义列表与 pandas Series 相加的结果是我的列表实例,而不是像前一个示例中那样的 Series。现在可以通过定义我的自定义列表的 __pandas_priority__ 属性,并将其设置为比我希望操作的 pandas 对象的优先级更高的值来实现这一点。

__pandas_priority__DataFrameSeriesIndex 分别是 400030002000。基础 ExtensionArray.__pandas_priority__1000

class CustomList(list):
    __pandas_priority__ = 5000

    def __radd__(self, other):
        # return `self` and not the addition for simplicity
        return self

custom = CustomList()
series = pd.Series([1, 2, 3])

# Series refuses to add custom, since it's an unknown type with higher priority
assert series.__add__(custom) is NotImplemented

# This will cause the custom class `__radd__` being used instead
assert series + custom is custom