扩展 pandas#
虽然 pandas 提供了丰富的方法、容器和数据类型,但您的需求可能无法完全满足。pandas 提供了一些扩展 pandas 的选项。
注册自定义访问器#
库可以使用装饰器 pandas.api.extensions.register_dataframe_accessor()
、 pandas.api.extensions.register_series_accessor()
和 pandas.api.extensions.register_index_accessor()
,为 pandas 对象添加额外的“命名空间”。所有这些都遵循类似的约定:您装饰一个类,提供要添加的属性的名称。类的 __init__
方法获取被装饰的对象。例如:
@pd.api.extensions.register_dataframe_accessor("geo")
class GeoAccessor:
def __init__(self, pandas_obj):
self._validate(pandas_obj)
self._obj = pandas_obj
@staticmethod
def _validate(obj):
# verify there is a column latitude and a column longitude
if "latitude" not in obj.columns or "longitude" not in obj.columns:
raise AttributeError("Must have 'latitude' and 'longitude'.")
@property
def center(self):
# return the geographic center point of this DataFrame
lat = self._obj.latitude
lon = self._obj.longitude
return (float(lon.mean()), float(lat.mean()))
def plot(self):
# plot this array's data on a map, e.g., using Cartopy
pass
现在用户可以使用 geo
命名空间访问你的方法:
>>> ds = pd.DataFrame(
... {"longitude": np.linspace(0, 10), "latitude": np.linspace(0, 20)}
... )
>>> ds.geo.center
(5.0, 10.0)
>>> ds.geo.plot()
# plots data on a map
这是一种在不子类化它们的情况下扩展 pandas 对象的便捷方法。如果你编写了一个自定义访问器,请提交一个拉取请求,将其添加到我们的 生态系统 页面。
我们强烈建议在访问器的 __init__
中验证数据。在我们的 GeoAccessor
中,我们验证数据是否包含预期的列,如果验证失败则引发 AttributeError
。对于 Series
访问器,如果访问器仅适用于某些数据类型,则应验证 dtype
。
扩展类型#
备注
pandas.api.extensions.ExtensionDtype
和 pandas.api.extensions.ExtensionArray
API 在 pandas 1.5 之前是实验性的。从 1.5 版本开始,未来的更改将遵循 pandas 弃用政策。
pandas 定义了一个接口,用于实现 扩展 NumPy 类型系统的数据类型和数组。pandas 本身使用扩展系统来处理一些 NumPy 中没有的内置类型(分类、周期、区间、带时区的时间)。
库可以定义一个自定义数组和数据类型。当 pandas 遇到这些对象时,它们将被正确处理(即不会转换为对象的 ndarray)。许多方法,如 pandas.isna()
将分派到扩展类型的实现。
如果你正在构建一个实现该接口的库,请在 生态系统页面 上公开它。
该接口由两个类组成。
ExtensionDtype
#
pandas.api.extensions.ExtensionDtype
类似于 numpy.dtype
对象。它描述了数据类型。实现者需要负责一些独特的项目,比如名称。
一个特别重要的项目是 type
属性。这应该是作为数据标量类型的类。例如,如果你正在为一个IP地址数据编写扩展数组,这可能是 ipaddress.IPv4Address
。
请参阅 extension dtype source 以了解接口定义。
pandas.api.extensions.ExtensionDtype
可以注册到 pandas 中,以允许通过字符串 dtype 名称创建。这允许使用注册的字符串名称实例化 Series
和 .astype()
,例如 'category'
是 CategoricalDtype
的注册字符串访问器。
有关如何注册数据类型的更多信息,请参见 extension dtype dtypes。
ExtensionArray
#
这个类提供了所有类似数组的功能。ExtensionArrays 被限制为 1 维。一个 ExtensionArray 通过 dtype
属性与一个 ExtensionDtype 相关联。
pandas 对其扩展数组如何通过 __new__
或 __init__
创建没有任何限制,并且对您如何存储数据没有任何限制。我们确实要求您的数组能够转换为 NumPy 数组,即使这种转换相对昂贵(如 Categorical
的情况)。
它们可能由零个、一个或多个 NumPy 数组支持。例如,pandas.Categorical
是一个由两个数组支持的扩展数组,一个用于代码,一个用于类别。一个 IPv6 地址数组可能由一个包含两个字段的 NumPy 结构化数组支持,一个用于较低的 64 位,一个用于较高的 64 位。或者它们可能由其他存储类型支持,如 Python 列表。
请参阅 extension array source 以获取接口定义。文档字符串和注释中包含了正确实现接口的指导。
ExtensionArray
操作符支持#
默认情况下,ExtensionArray
类没有定义操作符。为您的 ExtensionArray 提供操作符支持有两种方法:
定义
ExtensionArray
子类上的每个运算符。使用来自 pandas 的运算符实现,该实现依赖于已经在 ExtensionArray 的基础元素(标量)上定义的运算符。
备注
无论采用哪种方法,如果您希望在涉及与NumPy数组的二元运算时调用您的实现,您可能需要设置 __array_priority__
。
对于第一种方法,您定义选定的操作符,例如 __add__
、 __le__
等,这些是您希望 ExtensionArray
子类支持的操作符。
第二种方法假设 ExtensionArray
的基础元素(即标量类型)已经定义了各个运算符。换句话说,如果你的 ExtensionArray
命名为 MyExtensionArray
,并且每个元素都是 MyExtensionElement
类的实例,那么如果为 MyExtensionElement
定义了运算符,第二种方法将自动为 MyExtensionArray
定义运算符。
一个mixin类,ExtensionScalarOpsMixin
支持这种第二种方法。如果正在开发一个 ExtensionArray
子类,例如 MyExtensionArray
,可以简单地将 ExtensionScalarOpsMixin
作为 MyExtensionArray
的父类,然后调用方法 _add_arithmetic_ops()
和/或 _add_comparison_ops()
将操作符挂钩到你的 MyExtensionArray
类中,如下所示:
from pandas.api.extensions import ExtensionArray, ExtensionScalarOpsMixin
class MyExtensionArray(ExtensionArray, ExtensionScalarOpsMixin):
pass
MyExtensionArray._add_arithmetic_ops()
MyExtensionArray._add_comparison_ops()
备注
由于 pandas
会自动逐个调用每个元素上的底层操作符,这可能不如直接在 ExtensionArray
上实现相关操作符的自定义版本那样高效。
对于算术运算,此实现将尝试用逐元素运算的结果重建一个新的 ExtensionArray
。是否成功取决于运算返回的结果是否对 ExtensionArray
有效。如果无法重建 ExtensionArray
,则返回包含标量的 ndarray。
为了便于实现以及与 pandas 和 NumPy ndarrays 之间的操作保持一致,我们建议 不要 在二元操作中处理 Series 和 Indexes。相反,您应该检测这些情况并返回 NotImplemented
。当 pandas 遇到类似 op(Series, ExtensionArray)
的操作时,pandas 将
从
Series
中解包数组(Series.array
)调用
result = op(values, ExtensionArray)
将结果重新包装在一个
Series
中
NumPy 通用函数#
Series
实现了 __array_ufunc__
。作为实现的一部分,pandas 从 Series
中解包 ExtensionArray
,应用 ufunc,并在必要时重新打包。
如果适用,我们强烈建议您在扩展数组中实现 __array_ufunc__
以避免强制转换为 ndarray。有关示例,请参见 NumPy 文档。
作为您实现的一部分,我们要求在 inputs
中检测到 pandas 容器(Series
、DataFrame
、Index
)时,您应依赖 pandas。如果存在这些容器中的任何一个,您应返回 NotImplemented
。pandas 将负责从容器中解包数组,并使用解包后的输入重新调用 ufunc。
测试扩展数组#
我们提供了一个测试套件,以确保您的扩展数组满足预期的行为。要使用测试套件,您必须提供几个 pytest 固件并继承自基础测试类。所需的固件可以在 pandas-dev/pandas 中找到。
要使用测试,请对其进行子类化:
from pandas.tests.extension import base
class TestConstructors(base.BaseConstructorsTests):
pass
请参阅 pandas-dev/pandas 以获取所有可用测试的列表。
与 Apache Arrow 的兼容性#
一个 ExtensionArray
可以通过实现两个方法 ExtensionArray.__arrow_array__
和 ExtensionDtype.__from_arrow__
来支持转换为 / 从 pyarrow
数组(从而例如支持序列化为 Parquet 文件格式)。
ExtensionArray.__arrow_array__
确保 pyarrow
知道如何将特定的扩展数组转换为 ``pyarrow.Array``(也包括在 pandas DataFrame 中作为列时):
class MyExtensionArray(ExtensionArray):
...
def __arrow_array__(self, type=None):
# convert the underlying array values to a pyarrow Array
import pyarrow
return pyarrow.array(..., type=type)
ExtensionDtype.__from_arrow__
方法控制从 pyarrow 转换回 pandas ExtensionArray。此方法接收一个 pyarrow Array
或 ChunkedArray
作为唯一参数,并预期返回适用于此 dtype 和传递值的适当 pandas ExtensionArray
:
class ExtensionDtype:
...
def __from_arrow__(self, array: pyarrow.Array/ChunkedArray) -> ExtensionArray:
...
更多信息请参见 Arrow 文档。
这些方法已经为 pandas 中包含的可空整数和字符串扩展数据类型实现,并确保往返于 pyarrow 和 Parquet 文件格式。
子类化 pandas 数据结构#
本节描述如何对 pandas
数据结构进行子类化以满足更具体的需求。有两个需要注意的点:
覆盖构造函数属性。
定义原始属性
备注
你可以在 geopandas 项目中找到一个很好的例子。
覆盖构造函数属性#
每个数据结构都有几个 构造函数属性 用于返回作为操作结果的新数据结构。通过重写这些属性,您可以在 pandas
数据操作中保留子类。
在子类上可以定义3个可能的构造函数属性:
DataFrame/Series._constructor
: 当操作结果与原始数据具有相同维度时使用。DataFrame._constructor_sliced
: 当DataFrame
(子-)类的操作结果应该是Series
(子-)类时使用。Series._constructor_expanddim
: 当一个Series
(子)类操作结果应该是一个DataFrame
(子)类时使用,例如Series.to_frame()
。
下面的例子展示了如何定义 SubclassedSeries
和 SubclassedDataFrame
覆盖构造函数属性。
class SubclassedSeries(pd.Series):
@property
def _constructor(self):
return SubclassedSeries
@property
def _constructor_expanddim(self):
return SubclassedDataFrame
class SubclassedDataFrame(pd.DataFrame):
@property
def _constructor(self):
return SubclassedDataFrame
@property
def _constructor_sliced(self):
return SubclassedSeries
>>> s = SubclassedSeries([1, 2, 3])
>>> type(s)
<class '__main__.SubclassedSeries'>
>>> to_framed = s.to_frame()
>>> type(to_framed)
<class '__main__.SubclassedDataFrame'>
>>> df = SubclassedDataFrame({"A": [1, 2, 3], "B": [4, 5, 6], "C": [7, 8, 9]})
>>> df
A B C
0 1 4 7
1 2 5 8
2 3 6 9
>>> type(df)
<class '__main__.SubclassedDataFrame'>
>>> sliced1 = df[["A", "B"]]
>>> sliced1
A B
0 1 4
1 2 5
2 3 6
>>> type(sliced1)
<class '__main__.SubclassedDataFrame'>
>>> sliced2 = df["A"]
>>> sliced2
0 1
1 2
2 3
Name: A, dtype: int64
>>> type(sliced2)
<class '__main__.SubclassedSeries'>
定义原始属性#
为了让原始数据结构具有附加属性,你应该让 pandas
知道添加了哪些属性。pandas
将未知属性映射到数据名称,覆盖 __getattribute__
。定义原始属性可以通过以下两种方式之一完成:
为不会传递给操作结果的临时属性定义
_internal_names
和_internal_names_set
。为将被传递到操作结果的普通属性定义
_metadata
。
下面是一个定义两个原始属性的示例,将“internal_cache”定义为临时属性,将“added_property”定义为普通属性
class SubclassedDataFrame2(pd.DataFrame):
# temporary properties
_internal_names = pd.DataFrame._internal_names + ["internal_cache"]
_internal_names_set = set(_internal_names)
# normal properties
_metadata = ["added_property"]
@property
def _constructor(self):
return SubclassedDataFrame2
>>> df = SubclassedDataFrame2({"A": [1, 2, 3], "B": [4, 5, 6], "C": [7, 8, 9]})
>>> df
A B C
0 1 4 7
1 2 5 8
2 3 6 9
>>> df.internal_cache = "cached"
>>> df.added_property = "property"
>>> df.internal_cache
cached
>>> df.added_property
property
# properties defined in _internal_names is reset after manipulation
>>> df[["A", "B"]].internal_cache
AttributeError: 'SubclassedDataFrame2' object has no attribute 'internal_cache'
# properties defined in _metadata are retained
>>> df[["A", "B"]].added_property
property
绘图后端#
pandas 可以使用第三方绘图后端进行扩展。主要思想是让用户选择一个不同于基于 Matplotlib 提供的绘图后端。例如:
>>> pd.set_option("plotting.backend", "backend.module")
>>> pd.Series([1, 2, 3]).plot()
这大致相当于:
>>> import backend.module
>>> backend.module.plot(pd.Series([1, 2, 3]))
后端模块可以使用其他可视化工具(Bokeh, Altair,…)来生成图表。
实现绘图后端的库应使用 入口点 使其后端可被 pandas 发现。关键字是 "pandas_plotting_backends"
。例如,pandas 注册默认的 “matplotlib” 后端如下。
# in setup.py
setup( # noqa: F821
...,
entry_points={
"pandas_plotting_backends": [
"matplotlib = pandas:plotting._matplotlib",
],
},
)
更多关于如何实现第三方绘图后端的信息可以在 pandas-dev/pandas 找到。
与第三方类型的算术运算#
为了控制自定义类型和 pandas 类型之间的算术运算方式,请实现 __pandas_priority__
。类似于 numpy 的 __array_priority__
语义,DataFrame
、Series
和 Index
对象的算术方法将委托给 other
,如果它有一个值更高的 __pandas_priority__
属性。
默认情况下,pandas 对象尝试与其他对象进行操作,即使它们不是 pandas 已知的类型:
>>> pd.Series([1, 2]) + [10, 20]
0 11
1 22
dtype: int64
在上面的例子中,如果 [10, 20]
是一个可以理解为列表的自定义类型,pandas 对象仍将以相同的方式对其进行操作。
在某些情况下,将操作委托给其他类型是有用的。例如,假设我实现了一个自定义列表对象,并且我希望将我的自定义列表与 pandas Series
相加的结果是我的列表实例,而不是像前一个示例中那样的 Series
。现在可以通过定义我的自定义列表的 __pandas_priority__
属性,并将其设置为比我希望操作的 pandas 对象的优先级更高的值来实现这一点。
__pandas_priority__
的 DataFrame
、Series
和 Index
分别是 4000
、3000
和 2000
。基础 ExtensionArray.__pandas_priority__
是 1000
。
class CustomList(list):
__pandas_priority__ = 5000
def __radd__(self, other):
# return `self` and not the addition for simplicity
return self
custom = CustomList()
series = pd.Series([1, 2, 3])
# Series refuses to add custom, since it's an unknown type with higher priority
assert series.__add__(custom) is NotImplemented
# This will cause the custom class `__radd__` being used instead
assert series + custom is custom