scikit-image 0.13.1 (2017-09-27)

scikit-image 0.13.1 是一个错误修复和兼容性更新。请参见下方了解 0.13.0 中的许多新功能。

0.13.1 的主要贡献是 Jarrod Millman 的英勇工作，确保 scikit-image 能够兼容 NetworkX 1.11 和 2.0 (#2766)。其他更新包括：

• 通过GitHub用户@zhongzyd修复了相似变换估计中的错误（#2690）

• 在 skimage.util.plot_matches 和 denoise_wavelet 中的错误修复，由 Gregory Lee 完成 (#2650, #2640)

• 由 Egor Panfilov (#2716) 和 Jirka Borovec (#2524) 进行的文档更新

• 由 Gregory Lee (#2666, #2731)、Nelle Varoquaux (#2722) 和 Stéfan van der Walt (#2723, #2810) 修复的文档构建问题

scikit-image 0.13.0 (2017-03-29)

我们很高兴（终于）宣布 scikit-image v0.13.0 的发布！

scikit-image 是 SciPy 的一个图像处理工具箱，包含用于分割、几何变换、颜色空间操作、分析、过滤、形态学、特征检测等的算法。

更多信息、示例和文档，请访问我们的网站：

http://scikit-image.org

以及我们的示例画廊

http://scikit-image.org/docs/dev/auto_examples/

亮点

此次发布是一年工作的成果，由82位贡献者提交了超过200个拉取请求。亮点包括：

• 改进了 n 维图像支持。此版本增加了对 nD 的支持：

  • regionprops 计算质心 (#2083)

  • segmentation.clear_border (#2087)

  • Hessian 矩阵 (#2194)

• 此外，以下新功能支持 nD 图像：

  • 新的小波去噪函数，restoration.denoise_wavelet (#1833, #2190, #2238, #2240, #2241, #2242, #2462)

  • 新的阈值函数，filters.threshold_sauvola 和 filters.threshold_niblack (#2266, #2441)

  • 新的局部最大值、局部最小值、hmaxima、hminima 函数 (#2449)

• 灰度共生矩阵 (GLCM) 现在支持 uint16 图像

• filters.try_all_threshold 可以快速查看各种阈值方法的输出

• Frangi 和 Hessian 滤波器（仅限2D）(#2153)

• segmentation.watershed 中的新 紧凑分水岭 算法 (#2211)

• feature.shape_index 中的新 形状指数 算法 (#2312)

新功能和特性

• 添加阈值最小算法 (#2104)

• 实现均值和三角阈值化 (#2126)

• 添加 Frangi 和 Hessian 滤波器 (#2153)

• 将 bbox_area 添加到区域属性 (#2187)

• colorconv: 添加 rgba2rgb() (#2181)

• Lewiner 行进立方体算法 (#2052)

• 图像反转 (#2199)

• 小波去噪 (来自 #1833) (#2190)

• 从图像估计噪声标准差的例程 (#1837)

• 添加紧凑的流域并清理现有流域 (#2211)

• 添加了缺失的 ‘grey2rgb’ 函数。（#2316）

• 形状索引 (#2312)

• 基本和本质矩阵 8点算法 (#1357)

• 添加 YUV、YIQ、YPbPr、YCbCr 色彩空间

• 形态学检测局部极值 (#2449)

• 香农熵 (#2416)

文档改进

• 在贡献页面中添加关于GitHub SSH密钥的详细信息 (#2073)

• 为felzenszwalb图像分割添加示例 (#2096)

• Sphinx 画廊用于示例画廊 (#2078)

• 改进的区域边界 RAG 文档 (#2106)

• 添加 Lucy-Richardson 去卷积算法 (#2376)

• 图库：使用马来说明凸包 (#2431)

• 在用户指南中添加使用 OpenCV 的内容 (#2519)

代码改进

• 从测试套件中移除lena图像 (#1985)

• 在 skimage.feature.match_template 中移除重复的均值计算 (#1980)

• 为 clear_border 添加 nD 支持 (#2087)

• 为共现矩阵添加 uint16 图像支持 (#2095)

• 为高斯和中值滤波器添加默认参数 (#2151)

• 尝试所有以选择最佳阈值算法 (#2110)

• 在Felzenszwalb分割中添加多通道支持 (#2134)

• 改进了 SimilarityTransform，新增了 EuclideanTransform 类 (#2044)

• 增强：加速 Hessian 矩阵计算 (#2194)

• 为 denoise_wavelet 添加 n 维支持 (#2242)

• 加速 inpaint_biharmonic (#2234)

• 更新 Hessian 矩阵代码以包含 order 关键字参数 (#2327)

• 处理 label2rgb 中输入标签为负数和/或不连续的情况 (#2370)

• 添加了 watershed_line 参数 (#2393)

API 变更

• 移除已弃用的 filter 模块。请改用 filters。（#2023）

• 移除 skimage.filters.canny 链接。请改用 feature.canny。(#2024)

• 移除了对 Python 2.6 的支持及相关检查 (#2033)

• 移除已弃用的 {h/v}sobel、{h/v}prewitt、{h/v}scharr、roberts_{positive/negative} 滤波器 (#2159)

• 移除已弃用的 _mode_deprecations (#2156)

• 在 rescale_intensity 中移除已弃用的 None 默认值 (#2161)

• 参数 ntiles_x 和 ntiles_y 已从 exposure.equalize_adapthist 中移除

• 现在所需的最低 NumPy 版本是 1.11，最低 SciPy 版本是 0.17。

弃用

• 在版本0.15中，clip_negative 将默认设置为 false（函数：dtype_limits）（#2228）

• 弃用 “dynamic_range” 以支持 “data_range” (#2384)

• radon 和 iradon 变换中 circle 参数的默认值在 0.15 版本中将为 True (#2235)

• 对于 denoise_bilateral 和 denoise_nl_means ，multichannel 的默认值在 0.15 版本中将为 False。

• 在 feature.hog 中，block_norm 的默认值在 0.15 版本中将是 L2-Hysteresis。

• threshold_adaptive 函数已被弃用。请改用 threshold_local。

• 在 transform.swirl、resize 和 rescale 中，mode 的默认值在 0.15 版本中将是 “reflect”。

此版本的贡献者

• AbdealiJK

• 罗德里戈·贝嫩森

• Vighnesh Birodkar

• Jirka Borovec

• 弗朗索瓦·布洛涅

• 马修·布雷特

• Sarwat Fatima

• 瑞秋·芬克

• 乔·富特雷尔

• 杰罗恩·范·戈伊

• 克里斯托夫·戈尔克

• 罗曼·戈洛瓦诺夫

• 伊曼纽尔·古利亚特

• 安希塔·古普塔

• 大卫·哈本特尔

• 杰夫·海梅尔加

• Hiyorimi

• 丹尼尔·海姆斯

• Alex Izvorski

• 凯尔·杰克逊

• Jirka

• JohnnyTeutonic

• 凯文·凯劳德伦

• Almar Klein

• 小林 由

• Moriyoshi Koizumi

• Lachlan

• LachlanD

• 乔治·洛朗

• 格雷戈里·R·李

• Evan Limanto

• 本·朗戈

• 维克多·马丁

• 奥利弗·马德

• 松井健一

• 杰里米·梅茨

• Jeyson Molina

• 迈克尔·穆勒

• Juan Nunez-Iglesias

• 叶戈尔·潘菲洛夫

• 保罗

• PengchengAi

• 弗朗西斯科·德拉·佩尼亚

• Pavlin Poličar

• Orion Poplawski

• Zoe Richards

• 托德·V·罗维托

• 克里斯蒂安·萨克斯

• 三亚

• Johannes Schönberger

• Pavel Shevchuk

• 斯科特·西弗特

• 史蒂文·西尔维斯特

• Shaun Singh

• Sourav Singh

• 亚历山大·菲奥拉万特·德·西奎拉

• 塞缪尔·圣让

• 诺亚·斯蒂尔

• Ole Streicher

• 马丁·托马

• 马泰·蒂茨

• 维拉杰

• 斯蒂芬·范·德·瓦特

• 乔什·华纳

• 奥利维亚·威尔逊

• 罗宾·威尔逊

• 马丁·扎克里森

• 岳郑

• 尼克·佐格布

• 亚历山大捷豹

• almar

• cespenel

• danielballan

• dmesejo

• eli

• jwittenbach

• lgeorge

• mljli

• rjeli

• skrish13

• tseclaudia

• 沃尔特

此版本中合并的拉取请求

• 如果用户尝试使用较旧的 Cython 版本进行构建，则发出警告 (#1986)

• 从测试套件中移除lena图像 (#1985)

• 在模块初始化中添加 inpaint (#1987)

• 预计算模板均值 (#1980)

• rgb2grey -> grey2rgb (#1989)

• 同时将 rgb2gray 暴露为 rgb2grey (#1990)

• 在清理时移除所有 .md5 文件 (#1992)

• 在调用 compute_ssim 时避免多通道=True 的弃用警告 (#1994)

• 文档: 建议在 compute_ssim 错误中使用 multichannel=True (#1999)

• [DOC] 添加链接到指南 (#2001)

• 修复 CONTRIBUTING 中的 docs–>doc (#2009)

• 将 dask 设为可选依赖项 (#2013)

• 捕获 mpl 警告的正确正则表达式 (#2014)

• BUILD: 使用 –pre 标志进行 Travis pip 安装。(#1938)

• Github 模板 (#1954)

• 添加了 PaintTool 的文档 (#1934)

• skimage.segmentation.quickshift 的签名在 API 文档中缺失 (#2017)

• MAINT: 升级 tifffile (#2016)

• 修改了 .gitignore 以正确忽略 auto_example 文件 (#1966)

• MAINT: 在CI构建中从coveralls切换到codecov (#2015)

• skimage.segmentation.quickshift 的签名在API文档中缺失，第三次尝试 (#2021)

• MAINT: 移除已弃用的 filter 模块 (#2023)

• 移除 skimage.filters.canny 链接 (#2024)

• 文档 regionprops bbox 属性。(#2030)

• 修复纹理匹配论文的URL (#2031)

• 改进了 skimage.segmentation.active_contour 输入参数的 dtype 支持 (#2032)

• 修复本地测试函数 (#2034)

• 移除了对 Python 2.6 的支持及相关检查 (#2033)

• 在 OSX 上测试 (#2038)

• 将覆盖率徽章更改为 codecov (#2055)

• TST: 加速双边滤波器测试 (#2061)

• 加速 colorconv._convert (#2064)

• 修复：修复 qt_plugin 中的 ‘warn’ 导入问题 (#2070)

• 添加 YUV、YIQ、YPbPr、YCbCr 色彩空间

• 在贡献页面中添加关于GitHub SSH密钥的详细信息 (#2073)

• 增强：将 np.random.RandomState 传递给 RANSAC (#2072)

• 使用 tifffile 处理 IO 对象 (#2046)

• 更新质心以使用坐标 - 适用于3D (#2083)

• [WIP] 区域边界RAGs的分层合并 (#2058)

• 为 clear_border 添加 nD 支持 (#2087)

• 文档：更新新API（小改动）(#2090)

• 为felzenszwalb图像分割添加示例 (#2096)

• DOC: 在变量定义的列前添加空格（次要…）（#2102）

• 文档：引导新贡献者使用 HTTPS，而不是 SSH (#2082)

• 将François Boulogne添加到mailmap (#2117)

• 将 skimage.filters.rank 的描述和待办事项从 README 移至文档字符串中。(#2115)

• 修复Otsu阈值的错误和文档 (#2118)

• 将scuinto的第二个电子邮件地址添加到mailmap (#2122)

• MAINT: 围绕标签和regionprops函数。(#2100)

• 添加阈值最小算法 (#2104)

• Sphinx 画廊用于示例画廊 (#2078)

• 文档：在图库中缩短标题 (#2128)

• DOC: 使用列表重构轴 (#2129)

• DOC ENH + API 修复在 houghline 变换上 (#2089)

• 修复示例脚本的缩进问题 (#2136)

• 实现均值和三角阈值化 (#2126)

• 将 skimage.measure.label 的引用移至文档字符串 (#2143)

• 修复过时的 GraphicsGems 链接 (#2149)

• 文档字符串 (#2145)

• 为共现矩阵添加 uint16 图像支持 (#2095)

• 移除已弃用的 {h/v}sobel、{h/v}prewitt、{h/v}scharr、roberts_{positive/negative} 滤波器 (#2159)

• 移除已弃用的 _mode_deprecations (#2156)

• 默认参数 (#2151)

• ENH: 尝试所有方法以选择最佳的阈值算法，并进行文档重构 (#2110)

• BUGFIX: inverse_map 不应为 None (#2160)

• 将felzenszwalb灰度切换为多通道版本（#2134）

• 编写、风格和 PEP8 修复为 greycomatrix (#2157)

• 添加 Frangi 和 Hessian 滤波器 (#2153)

• 改进了 SimilarityTransform，新增了 EuclideanTransform 类 (#2044)

• color.colorconv: 修复 rgb2gray() 的文档 (#2169)

• 修复 segmentation.felzenszwalb 中的区域合并问题 (#2164)

• 在 rescale_intensity 中移除已弃用的 None 默认值 (#2161)

• DOC: 向 template_match 添加注释 (#2176)

• 为 numpy_images.rst 添加了章节标题格式 (#2177)

• 修复 threshold_triangle 使其能够处理非整数图像。(#2171)

• 改进的区域边界 RAG 文档 (#2106)

• ENH 将 bbox_area 添加到区域属性中 (#2187)

• colorconv: 添加 rgba2rgb() (#2181)

• 文档：为参考文献添加DOI (#2188)

• 在 try_all_threshold 中移除本地阈值 (#2180)

• DOC: 添加关于警告处理的注释 (#2198)

• 增强：加速 Hessian 矩阵计算 (#2194)

• 为数据添加缺失的单元测试，并将马转换为二进制（#2196）

• 修复 ssim 示例 (#2208)

• [MRG] MAINT: 用 filters.gaussian 替换 gaussian_filter (#2210)

• [MRG] 文档: 修正 mssim 文档字符串以返回浮点数 (#2218)

• FEAT: Lewiner 行进立方体算法 (#2052)

• 修复盐椒噪声中的错误 (#2223)

• TST: 更新了 AppVeyor 以使用 Conda，添加了 msvc_runtime (#2217)

• 改进标题的文档字符串 (#2185)

• 在维基百科上添加任务更新版本 (#2230)

• 新 + 文档: 图像反转 (#2199)

• 增强：实现小波去噪（来自 #1833）（#2190）

• 测试：在 setup() 中定义种子 / 修复随机测试失败 (#2227)

• 为 denoise_wavelet 添加 n 维支持 (#2242)

• API: 在版本0.15中，clip_negative 将默认设置为 false (函数: dtype_limits) (#2228)

• 加速 inpaint_biharmonic (#2234)

• MAINT dtype.py (PEP8) (#2231)

• 移除了未使用的 extend_image (#2251)

• 增强：从图像中估计噪声标准偏差的例程（#1837）

• 将sphinx构建限制为单个进程。移除嵌入的numpydoc。（#2257）

• 在threshold_otsu警告中添加了更具体的图像形状检查（#2259）

• 允许在没有安装numpy的情况下运行 setup.py egg_info。（#2260）

• 添加紧凑的流域并清理现有流域 (#2211)

• 直接使用 numpy.pad，移除 util.pad 中的大部分自带代码 (#2265)

• DOC: 修复引用 (#2262)

• DOC: 图库中的小修复 (#2226)

• DOC: 修复拼写错误 (#2274)

• 更新 Manifest.in (#2255)

• 修复无界相关性 – Dhyams 修复匹配模板 (#2263)

• 文档：重构图库中的示例骨架化（#2141）

• [MRG+1] 在 skimage.data.* 中的图像的文档字符串中插入元数据 (#2236)

• MAINT: Radon (文档字符串, API, PEP8) (#2235)

• [MRG+2] MAINT: 修复 numpy 弃用问题 (#2283)

• 减少图表周围的空白区域 (#2144)

• [MRG+1] 默认情况下，clear_border 不是原地操作 (#2285)

• 在 transform.{pyx/pxd} 中移除未使用的导入 (#2288)

• [MRG+1] 将社区指南添加到文档导航中 (#2287)

• 为IHC添加颜色 (#2279)

• 修复：如果指定了标签，则选择 num_peaks (#2098)

• [MRG+1] 添加 felzenszwalb 形状验证 (#2286)

• [MRG+1] 更接近于 _wavelet_threshold (#2241) 中的 BayesShrink 论文

• 移除 subplots_adjust 的使用 (#2289)

• [MRG+1] 更改文档页面favicon (#2291)

• [MRG+1] TST: 优先使用 assert_ 从 numpy.testing 而不是 assert (#2298)

• TSTFIX: 修复scipy开发版本的错误 (#2302)

• 增强 compare_ssim 文档字符串 (#2314)

• 添加了缺失的 ‘grey2rgb’ 函数。（#2316）

• PEP8 (#2304)

• 为公共 Cython 函数创建了 Python 封装 (#2303)

• 更新邮件列表位置 (#2328)

• 形状索引 (#2312)

• 在 DEPENDS.txt 中添加 pywavelets 到运行时需求 (#2238)

• 在 skimage.draw 中重构变量名 (#2321)

• 修复打印错误信息时的显示问题 (#2326)

• 在 threshold_li 中添加了对零图像的捕获 (#2338)

• 修复：修改了 peak_local_max 以使用 relabel_sequential (#2341)

• 更新 _static 中的 favicon (#2355)

• 在 rgb2hsv 和 h… 的文档字符串中移除错误的输入类型假设 (#2354)

• 更新transform.swirl中的默认边界模式 (#2331)

• 更新 imread() 文档 (#2358)

• 在 random_walker() 中检查有效模式。（#2362）

• 修复 _shared 中未被 nose/travis 执行的 1 个失败的测试 (#2229)

• 更新 Hessian 矩阵代码以包含 order 关键字参数 (#2327)

• 在sk…的文档中澄清beta1和beta2参数的用途 (#2382)

• 处理 label2rgb 中输入标签为负数和/或不连续的情况 (#2370)

• 更新 exposure.equalize_adapthist 参数和文档字符串 (#2220)

• 修复用户指南中的 (x, y) 原点描述 (#2385)

• 更新 show_rag 方法的文档字符串 (#2375)

• 修复打印错误信息时的显示问题 (#2372)

• 在 _shared.utils.py 中添加了对空数组的检查 (#2364)

• 修复无峰值 blob 日志 (#2349)

• 增强：扩展 draw.ellipse 以支持 orientation 关键字参数 (#2366)

• 基本和本质矩阵 8点算法 (#1357)

• 修复对travis笔记的引用 (#2403)

• 修复在sphinx中导致travis中警告被视为错误的已弃用选项 (#2395)

• 更新 Travis 脚本 (#2374)

• 移除 freeimage 插件 (#1933)

• 修复直方图的形状类型 (#2417)

• 向 rgb2lab 和 lab2rgb 函数添加光源和观察者参数。(#2306)

• PEP8 (#2413)

• MAINT: 合并 dtypes 列表 (#2420)

• 已（部分）符合 pep8 标准 (#2392)

• 添加了标题和文本以使 plot_brief.py 示例更加清晰 (#2193)

• DOC: 添加对标准光源的引用 (#2418)

• 为子图添加了标题和文本，以便于新用户理解 plot_censure.py 示例 (#2191)

• 弃用 “dynamic_range” 以支持 “data_range” (#2384)

• 使 PR 2266 兼容 n-D (#4)

• 基于Guo和Hall 1989年提出的方法添加新的“thin”方法 (#2294)

• 局部阈值 niblack sauvola (来自 Jeysonmc PR) (#2266)

• 稳定的椭圆拟合 (#2394)

• 添加 Lucy-Richardson 去卷积算法 (#2376)

• 根据评论和StackOverflow改进SIFT加载器的文档字符串 (#2404)

• 更改搜索索引的Javascript加载方式（由Julian Taylor提供的补丁）（#2438）

• 修复连通分量中的段错误（由Yaroslav Halchenko提供的补丁）（#2437）

• 重构 util/dtype.py (#2425)

• 增强：画廊，各种小风格的修正（DFT 示例）。（#2430）

• 使 peak_local_max 始终返回排序后的索引 (#2435)

• 正确的 probabilistic_hough_line() 注释。(#2448)

• 添加了 watershed_line 参数 (#2393)

• 已解决的高斯值范围 #2383 (#2388)

• 图库：使用马来说明凸包 (#2431)

• MRG: 更新 Python 3.6 的构建矩阵 (#2451)

• 在 YCbCr 色彩空间中的小波去噪 (#2240)

• 图库：为硬币使用灰色颜色映射 (#2459)

• Sauvola 和 Niblack 阈值处理的错误修复 (#2441)

• MAINT: 移除 _wavelet_threshold 文档字符串 (#2460)

• BUG: 修复 denoise_wavelet 对于奇数长度输入的问题 (#2462)

• MAINT: 警告denoise_{bilateral, nl_means}中新的多通道默认设置 (#2467)

• 图库中用于去噪的各种增强功能（#2461）

• 用于检查sdist完整性的工具 (#2085)

• 添加不同的 skimage.hog 块归一化方法 (#2040)

• DOC: 修正拼写错误并添加引用 (#2478)

• 将 sphinx gallery 更新到 0.1.8 (#2474)

• DOC: 修正高斯滤波器文档字符串中的拼写错误 (#2487)

• 添加 threshold_local，弃用旧的 threshold_adaptive API (#2490)

• 调整大小和重新缩放的默认边缘模式更改 (#2484)

• 将 dask[array] 添加到可选需求中 (#2494)

• DOC: 在 CONTRIBUTING.txt 中添加指令 & 更新 Windows 的 git 安装链接 (#2495)

• 增强：泛化 hough_peak 函数 (#2109)

• 修复图库示例 (#2504)

• 提升最小 scipy 版本 (#2254)

• DOC: img_as_float 如果输入数据类型为浮点数，则添加关于范围的注释 (#2499)

• 更新 tifffile 以适应 2017.01.12 的更改 (#2497)

• 在文档字符串中用 block_reduce 替换 local_sum。（#2498）

• MAINT: 将 scipy 的 truncate 参数传递给高斯滤波器 API (#2508)

• 文档: 画廊: 加入分割: 增强 (#2507)

• 整理开发文档的部署 (#2516)

• 正常构建时不需要Cython（#2509）

• 修复 Python 3.6 下 test_ncut_stable_subgraph 的错误，在 Travis 中启用 Python 3.6 (#2511)

• 改进的背景标注 (#2381)

• 对于 imread 的 load_func，使 img_num 参数可选 (#2054)

• 与当前的 networkx 主分支兼容 (#2455)

• HOG代码中的杂项整理 (#2526)

• BUG: 修复当ORB未返回描述符时的NumPy错误 (#2537)

• BUG: 在 zeros 图像的 restoration.denoise_bilateral 中出现 ValueError (#2533)

• 修复指向 Python XY 的链接 (#2542)

• TST: 修复与 scipy-0.19.0rc2 相关的 ValueError (#2544)

• 文档：更新 data.coins() 的 URL (#2548)

• 将GRIN URL替换为Flickr URL (#2547)

• 使 threshold_minimum 在 i686 和 x86_64 上返回相同的结果 (#2549)

• 小修复 (Issue #2554) (#2556)

• 从 filters.threshold_sauvola 文档字符串中移除 offset 参数 (#2566)

• 阅读视频文件的实用指南 (#1012)

• 从 requirements.txt 中移除 dask (#2572)

• 修复 morphology.watershed 错误信息 (#2570)

• 文档：在用户指南中添加了使用 OpenCV 的内容 (#2519)

• 新增: 添加香农熵 (#2416)

• 修复GLCM演示中ylabel的拼写错误（#2576）

• 形态学检测局部极值 (#2449)

• 将极值函数添加到 __init__ 中 (#2588)