scikit-image 0.18.3 (2021-08-24)#
我们很高兴地宣布 scikit-image v0.18.3 的发布!
scikit-image 是 SciPy 的一个图像处理工具箱,包含用于分割、几何变换、颜色空间操作、分析、过滤、形态学、特征检测等的算法。
这是一个小的错误修复版本,用于与 Pooch 1.5 和 SciPy 1.7 的兼容性。
错误修复#
仅从 Pooch 的公共 API 导入。这解决了 Pooch 1.5.0 的导入失败问题。(#5531, #5529 的后端)
在使用多重网格求解器时,不要在
random_walker
中使用已弃用的scipy.linalg.pinv2
。(#5531,#5437 的后端)
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Gregory Lee Juan Nunez-Iglesias Mark Harfouche
scikit-image 0.18.2 (2021-06-10)#
我们很高兴地宣布 scikit-image v0.18.2 的发布!
scikit-image 是 SciPy 的一个图像处理工具箱,包含用于分割、几何变换、颜色空间操作、分析、过滤、形态学、特征检测等的算法。
此版本主要用于为 aarch64 架构添加轮子;它还修复了一些小错误。
更多信息、示例和文档,请访问我们的网站:
错误修复#
允许对截断的 JPG 文件抛出 SyntaxError 或 OSError (#5315, #5334)
修复 sphinx: 角色已注册的问题 (#5319, #5335)
开发过程#
更新 pyproject.toml 以确保 pypy 兼容性和 aarch 兼容性(#5326, #5328)
构建 aarch64 轮子 (#5197, #5210)
查看最新的 Ubuntu 镜像是否修复了 QEMU CPU 检测问题(#5227, #5233)
将 master 重命名为 main (#5243, #5295)
修复从SDIST安装的测试(#5283, #5296)
移除不必要的软件包手动安装从 before_install (#5298)
使用 manylinux2010 用于 python 3.9+ (#5303, #5310)
在 aarch 上为 cpython 3.8 添加 numpy 版本规范 (#5374, #5375)
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弗朗索瓦·布洛涅
贾纳卡拉詹·纳塔拉詹
Juan Nunez-Iglesias
李约翰
马克·哈福克
MeeseeksMachine
Stéfan van der Walt
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亚历山大·德·西奎拉
格雷戈里·R·李
Juan Nunez-Iglesias
玛丽安·科尔维莱克
马克·哈福克
Matti Picus
马蒂亚斯·布索尼耶
Riadh Fezzani
Stéfan van der Walt
scikit-image 0.18.1 (2020-12-23)#
这是一个错误修复版本,包含以下两个错误修复:
修复大型 (>2GB) 数组中的标签索引错误 (#5143, #5151)
仅在最近的 pooch 中使用 retry_if_failed (#5148)
请参阅下方了解 0.18.0 中的新功能和 API 变更。
scikit-image 0.18.0 (2020-12-15)#
我们很高兴地宣布 scikit-image v0.18.0 的发布!
scikit-image 是 SciPy 的一个图像处理工具箱,包含用于分割、几何变换、颜色空间操作、分析、过滤、形态学、特征检测等的算法。
此版本的 scikit-image 根据 NEP-29 Python 和 Numpy 版本支持社区标准 放弃了对 Python 3.6 的支持:需要 Python 3.7 或更新版本才能运行此版本。
更多信息、示例和文档,请访问我们的网站:
新功能#
添加迭代 Lucas-Kanade (iLK) 光流方法 (#4161)
在区域属性中添加Feret直径(#4379, #4820)
添加计算欧拉数和Crofton周长估计的函数 (#4380)
添加一个计算Hausdorff距离的函数 (#4382)
在
skimage.filters.rank
中为许多过滤器添加了3D支持。一个实验性的可训练像素分割实现,旨在与 scikit-learn API 兼容,已添加到
skimage.future
中。试试看!(#4739)添加新函数
segmentation.expand_labels
以在防止重叠的同时扩张标签 (#4795)现在可以将额外的测量函数传递给
measure.regionprops
和regionprops_table
(#4810)添加滚动球算法用于背景减除 (#4851)
在
data
子包中添加了新的示例图像:data.eagle
(#4922)、data.human_mitosis
(#4939)、data.cells3d
(#4951) 和data.vortex
(#5041)。另请注意,由于版权问题,data.camera
的图像已更改 (#4913)。skimage.feature.structure_tensor
现在支持 3D(及 nD)图像作为输入 (#5002)许多阈值方法现在可以接收预计算的直方图作为输入,如果在同一图像上尝试多种方法,或者使用快速直方图方法,这将显著提高速度。(#5006)
measure.regionprops
现在支持多通道强度图像 (#5037)
文档#
在洪水填充教程中添加一个示例 (#4619)
Docstring 增强功能用于 marching cubes 和 find_contours (#4641)
一个新的教程展示了细胞生物学的例子,已添加到图库中(#4648)。特别感谢 Pierre Poulain 和 Fred Bernard(巴黎大学和雅克·莫诺研究所)对本例的科学审查!
改进寄存器轮换示例,添加注释和参考 (#4723)
为
transform.AffineTransform
中的 “scale” 参数添加新标量类型支持的 versionadded (#4733)新的教程关于 可视化3D数据 (#4850)
为3D自适应直方图均衡化(AHE)添加示例(#4658)
自动格式化文档字符串以提高一致性 (#4849)
改进了
rgb2lab
(#4839) 和marching_cubes
(#4846) 的文档字符串改进了
measure.marching_cubes
的文档字符串,提到了如何使用 mayavi 对网格进行简化 (#4846)文档如何贡献一个图库示例。(#4857)
修复并改进熵示例 (#4904)
扩展开发者文档中的基准测试部分 (#4905)
改进了
util.random_noise
的文档字符串 (#5001)改进了
morphology.h_maxima
和morphology.h_minima
的文档字符串 (#4929)。改进了
util.img_as_int
的文档字符串 (#4888)。一个新的示例展示了使用 PyData 堆栈(pandas, seaborn)在 <https://scikit-image.org/docs/dev/auto_examples/segmentation/plot_regionprops.html>`_ 上对 regionprops 结果进行交互式探索 (#5010)。
已添加文档以解释 如何下载示例数据集 ,这些数据集不随 scikit-image 一起安装 (#4984)。同样,贡献者指南已更新,提及如何在 gitlab 仓库中托管新数据集 (#4892)。
开发者文档中的 基准测试部分 已经扩展 (#4905)。
在示例页面中添加了指向image.sc论坛的链接(#5094, #5096)
在图库示例中添加了缺失的数据集(#5116, #5118)
在 __all__ 中添加 farid 过滤器,以填充文档 (#5128, #5129)
校对排序过滤器的图库示例。(#5126, #5136)
改进#
float32 支持 SLIC (#4683), ORB (#4684, #4697), BRIEF (#4685),
pyramid_gaussian
(#4696), Richardson-Lucy 反卷积 (#4880)在
skimage.restoration.richardson_lucy
中,当输入图像为单精度时,计算现在以单精度进行。这可以在处理单精度数据时显著提高性能。Richardson-Lucy 反卷积现在有一个
filter_epsilon
关键字参数,以避免除以非常小的数 (#4823)在
measure.find_contours
中添加默认级别参数 (max-min) / 2 (#4862)SLIC 超像素算法 (
skimage.segmentation.slice
) 在用户提供掩码的情况下性能得到了提升 (#4903)。由掩码 SLIC 生成的特定超像素将与先前版本生成的超像素不同。exposure.adjust_gamma
通过使用查找表(LUT)对uint8
图像进行了加速(#4966)。measure.label
已针对布尔输入图像进行了加速,通过使用scipy.ndimage
在此情况下的实现(#4945)。util.apply_parallel
现在支持多通道数据 (#4927)。skimage.feature.peak_local_max
现在支持任何闵可夫斯基距离。我们现在使用稀疏互相关来加速局部阈值函数(#4912)
morphology.convex_hull_image
现在通过按顺序检查凸包不等式,使用更少的内存 (#5020)多边形光栅化更加精确,不再可能排除输入顶点。(#5029)
添加数据可选要求以允许 pip install scikit-image[data] (#5105, #5111)
MSVC 中的 OpenMP 支持 (#4924, #5111)
重新标准化多图像文件的处理(#2815, #5132)
在SciPy版本中一致的缩放边界行为(#5131,#5133)
API 变更#
skimage.restoration.richardson_lucy
当输入为单精度时返回单精度输出。在此版本之前,总是使用双精度。(#4880)在
skimage.feature.corner
中,threshold_rel
的默认值已从 0.1 更改为 None,这相当于让skimage.feature.peak_local_max
决定默认值。目前这等同于threshold_rel=0
。在
measure.label
中,已弃用的neighbors
参数已被移除。(#4942)由于版权问题 (#4913),
data.camera
返回的图像已更改。
错误修复#
当输入图像具有 np.uint8 数据类型时,
label2rgb
中的一个错误已被修复 (#4661)修复了
skimage.color.separate_stains
的错误实现 (#4725)peak_local_max
中进行了许多错误修复(#2592, #4756, #4760, #5047)修复
random_walker
中输入标签为负值时的错误 (#4771)PSF 翻转现在对于 Richardson-Lucy 去卷积工作在 >2D 中是正确的 (#4823)
修复 equalize_adapthist (CLAHE) 在 clip 值为 1.0 时的问题 (#4828)
对于RANSAC算法,改进了所有数据点都是异常值的情况,这种情况之前会引发错误(#4844)
当
bg_color
参数的值为字符串时,导致错误的 bug 已被修正(#4840)在
metrics.variation_of_information
中修复了一个归一化错误 (#4875)skimage.measure.regionprops
的欧拉特性属性在处理3D对象时存在错误,因为它没有考虑隧道。基于积分几何的新实现修复了这个错误(#4380)。在
skimage.morphology.selem.rectangle
中,height
参数控制了宽度和width
参数控制了高度。它们已被nrow
和ncol
取代。(#4906)skimage.segmentation.flood_fill
和skimage.segmentation.flood
现在一致地处理seed_point
的负值。segmentation.flood
中的段错误已修复 (#4948, #4972)draw.polygon
在输入为0维的情况下发生的段错误已修复(#4943)。在
registration.phase_cross_correlation
中,当计算中发现 NaNs 时会引发 ``ValueError``(这是由于输入图像中存在 NaNs 导致的)。在此修复之前,当输入图像包含 NaNs 时,可能会返回不正确的值 (#4886)。修复边缘过滤器不遵守填充模式的问题 (#4907)
使用 v{} 作为版本标签与 pooch (#5104, #5110)
修复XCode 12中的编译错误(#5107, #5111)
弃用#
skimage.feature.peak_local_max
中的indices
参数已被弃用。索引将始终返回。(#4752)在
skimage.feature.structure_tensor
中,引入了一个order
参数,该参数将从版本 0.20 开始默认设置为 ‘rc’。(#4841)skimage.feature.structure_tensor_eigvals
已被弃用,并将在版本0.20中移除。请改用skimage.feature.structure_tensor_eigenvalues
。skimage.viewer
子包和skivi
脚本已被弃用,并将在版本0.20中移除。对于交互式可视化,我们推荐使用专门的工具,如 napari 或 plotly。同样地,skimage.io
的qt
和skivi
插件已被弃用,并将在版本0.20中移除。(#4941, #4954)在
skimage.morphology.selem.rectangle
中,参数width
和height
已被弃用。请改用nrow
和ncol
。在以下文档字符串的示例中删除了显式设置
threshold_rel=0
:skimage.feature.BRIEF
、skimage.feature.corner_harris
、skimage.feature.corner_shi_tomasi
、skimage.feature.corner_foerstner
、skimage.feature.corner_fast
、skimage.feature.corner_subpix
、skimage.feature.corner_peaks
、skimage.feature.corner_orientations
和skimage.feature._detect_octave
。在
skimage.restoration._denoise
中,关于rescale_sigma=None
的警告已被移除。在
skimage.restoration._cycle_spin
中,# doctest: +SKIP
已被移除。
开发过程#
修复 #3327:添加基准覆盖功能 (#3329)
发布流程说明已改进。(#4228)
pyproject.toml
已被添加到源代码发布中。使用 GitHub Actions 构建和部署 dev/master 文档 (#4852)
网站现在自动部署 (#4870)
在 Circle CI 上构建文档并链接工件 (#4881)
基准测试现在可以在较旧的 scikit-image 提交上运行 (#4891)
网站分析使用 plausible.io 进行跟踪,并可以在 https://plausible.io/scikit-image.org 上可视化 (#4893)
文档构建的工件现在可以在每个拉取请求中找到 (#4881)。
文档源文件现在可以使用 Markdown 编写,而不仅仅是 ReST,这要归功于
myst
(#4863)。更新 trove 分类器和 Python 3.9 的测试 + 修复 pytest 配置 (#5052)
修复 Azure Pipelines、pytest 配置以及 Python 3.8 的 trove 分类器 (#5054)
将我们的测试从 Travis 迁移到 GitHub Actions (#5074)
我们现在在主仓库使用 cibuildwheel 在 GitHub Actions 上构建我们的轮子。非常感谢 matplotlib 和 scikit-learn 的开发者为我们铺平了道路!(#5080)
禁用 Travis-CI 构建 (#5099, #5111)
改进 CircleCI 构建:无并行化和缓存)(#5097, #5119)
其他拉取请求#
管理 iradon 输入和输出数据类型 (#4298)
随机游走者:当给定容差 (#4631) 的概率超出 [0,1] 范围时显示警告
MAINT: 移除未使用的 Cython 文件 (#4633)
忘记遗留数据目录 (#4662)
设置长描述markdown并切换到0.18dev (#4663)
可选的 pooch 依赖 (#4666)
在 doc/examples/segmentation/plot_ncut (#4676) 中为函数添加新的默认值
重新引入带有强烈弃用警告的转换(#4681)
在发布说明中,更好地描述 skimage 与生态系统的关系 (#4689)
执行一些 0.18 版本的待办任务 (#4690)
执行 0.17 版本的待办任务! (#4691)
抑制图库示例的警告(#4692)
0.17.2 版本发布说明 (#4702)
修复画廊示例中提到已弃用参数的问题(#4706)
指定在设置阶段打开的文件的编码(#4713)
移除重复的融合类型定义 (#4724)
黑名单 cython 版本 0.29.18 (#4730)
修复与将 np.floating 转换为 dtype 相关的 CI 失败 (#4731)
修复与数组不规则输入numpy弃用相关的CI失败 (#4735)
在解析源代码链接之前解开装饰器 (sphinx.ext.linkcode) (#4740)
修复 j-invariant 去噪教程中的绘图错误 (#4744)
高亮所有带有HTML文档“源码”链接的源代码行(sphinx.ext.linkcode)(#4746)
在拉取请求模板中将检查清单框转换为项目符号点 (#4747)
在 peak_local_max 中弃用 (min_distance < 1) 和 (footprint.size < 2) (#4753)
禁止 dask 2.17.0 以修复 CI (#4758)
尝试修复因pyqt5最新版本而中断的CI (#4788)
删除 j 不变量文档中的未使用变量 (#4792)
在 manifest.in 中包含所有 md 文件 (#4793)
移除多余的“::”以使绘图指令生效。(#4798)
使用 optipng 压缩我们图库中的图片/缩略图 (#4800)
修复 blob.py 中的运行时警告 (#4803)
为 sphinx-gallery>=0.9.0 添加 TODO 任务以移除强制的缩略图大小 (#4804)
将 SSIM 代码示例更改为使用实际的 MSE (#4807)
使用 Pooch 加载生物医学示例的图像数据。(#4809)
调整 threshold_otsu 错误检查 - 关闭 #4811 (#4812)
确保Cython排名过滤器的断言消息具有信息性(#4815)
简化 equivalent_diameter 函数 (#4819)
文档:更新子包描述 (#4825)
样式:在堆叠数组时要明确 (#4826)
MAINT: 从 collections.abc 导入 Iterable (Python 3.9 兼容性) (#4834)
在测试套件中静默多个警告 (#4837)
在测试套件中静默一些 RuntimeWarnings (#4838)
正确处理颜色字符串映射 (#4840)
文档:在
io.*.py
中自动格式化文档字符串 (#4845)由于CVE-2020-10379等问题,更新pillow的最低要求。(#4861)
文档:格式转换的第一步,rst -> myst (#4863)
修复了注释中的拼写错误 (#4867)
安装指南 PR #4750 的替代措辞 (#4871)
文档:明确marching cubes返回的唯一顶点的条件(#4872)
在贡献者指南中移除未维护的wiki页面链接 (#4873)
新的 Matomo 配置 (#4879)
修复skimage.util.img_as_int文档错误问题 (#4888)
为正确文档渲染进行的小修改 (#4897)
变更日志备份 (#4898)
在 phase_cross_correlation 中进行小规模重构 (#4901)
修复 draw.circle/disk 的弃用消息,修复 #4884 (#4908)
为 measure.find_contours() 中的新 opt 参数添加 versionchanged 标签 (#4909)
声明构建依赖项 (#4920)
替换带有种族色彩的词汇 (#4921)
修复了适用于多通道数据函数的 apply_parallel 问题 (#4927)
改进 h_maxima 和 h_minima 函数的描述 (#4928) (#4929)
CI: 跳过 PYTHONOPTIMIZE=2 的文档构建 (#4930)
MAINT: 移除 skimage/morphology/_max_tree.pyx 中的自定义融合类型 (#4931)
MAINT: 移除 numpydoc 选项,问题已在 numpydoc 1.0 中修复 (#4932)
修改开发版本字符串以允许与 NumpyVersion 一起使用 (#4947)
CI: 为避免 Travis 超时,为 OSX 安装脚本添加详细选项 (#4956)
修复CI:禁止使用sphinx-gallery 0.8.0 (#4960)
数据切尔西的别名:data.cat() (#4962)
修复拼写错误。(#4963)
CI: 使用改进的 Travis 等待以避免 OSX 构建超时 (#4965)
在“轮廓查找”示例中的小改进:移除了未使用的变量 n (#4967)
MAINT: 移除未使用的导入 (#4968)
MAINT: 移除对 networkx 的条件导入 (#4970)
禁止使用最新版本的 pyqt (#4973)
移除功能上的警告/显式设置,恢复功能 (#4974)
标签和regionprops_label的文档字符串改进 (#4983)
尝试修复与circleci的超时问题 (#4986)
改进欧拉数示例 (#4989)
[网站] 标准化文档索引页面。(#4990)
校对 INSTALL 文件。(#4991)
在INSTALL文件中捕捉剩余的拼写错误。(#4992)
让 tifffile.imread 处理额外的关键字参数 (#4997)
更新 random_noise 函数的文档字符串 (#5001)
更新 sklearn 和 numpy 的 sphinx 映射 (#5003)
更新 docstring slic 超像素 (#5014)
将 numpy 版本更新以匹配 scipy (大致) (#5016)
修复旧版本numpy中numpy.pad的使用 (#5017)
[MRG] 更新文档至新数据。camera() (#5018)
为文档增加了 plotly 的要求 (#5021)
修复在调用 hough_line_peaks 时角度过少导致的 IndexError (#5024)
最新 numpy 升级后的代码简化 (#5027)
修复了指向 CODE_OF_CONDUCT.md 的断链 (#5030)
指定核心开发者在第二次批准审查后是否应立即合并。(#5040)
更新 pytest 配置以包含
test_
函数 (#5044)MAINT 为 pyodide 构建修复 (#5059)
减少OSX构建时间,使Travis满意(#5067)
DOC: 在 prewitt_h, prewitt_v 中记录归一化核 (#5076)
对CI的一些小调整 (#5079)
从 util.arraycrop 中移除了对 numpy 私有函数的调用 (#5081)
peak_local_max: 从示例中移除已弃用的 indices 参数 (#5082)
将 np.bool、np.float 和 np.int 替换为 bool、float 和 int (#5103, #5108)
将 plausible 脚本更改为跟踪出站链接 (#5115, #5123)
移除对 Python 3.6 的支持 (#5117, #5125)
优化 ensure_spacing (#5062, #5135)
52 位作者添加到此版本 [按名字或登录名首字母排序]#
衷心感谢所有为此次发布做出贡献的贡献者。其中一部分贡献者是开源项目的首次贡献者,而更大一部分是 scikit-image 的首次贡献者。对于维护者来说,欢迎新贡献者是一种美妙的感觉,而 scikit-image 贡献者的多样性无疑是该软件包的一大优势。
Abhishek Arya
阿比谢克·帕蒂尔
亚历山大·德·西奎拉
本·纳塔森
卡梅伦·布洛克
克里斯·罗特
克里斯托夫·戈尔克
Clement Ng
科里·哈里斯
大卫·麦克马洪
大卫·梅勒特
Devi Sandeep
叶戈尔·潘菲洛夫
伊曼纽尔·古利亚特
弗朗索瓦·布洛涅
Genevieve Buckley
格雷戈里·R·李
哈里·权
iofall (cedarfall)
Jan Funke
Juan Nunez-Iglesias
朱利安·吉尔比
朱利安·杰拉菲翁
kalpana
kolibril13 (kolibril13)
库沙恩·古普塔
Lars Grüter
玛丽安·科尔维莱克
马克·哈福克
马文·阿尔伯特
马蒂亚斯·布索尼耶
马克斯·弗雷
内森
neeraj3029 (neeraj3029)
尼克
notmatthancock (matt)
OGordon100 (OGordon100)
欧文·索尔伯格
Riadh Fezzani
罗伯特·哈斯
罗马·尤尔恰克
Ronak Sharma
Ross Barnowski
Ruby Werman
ryanlu41 (ryanlu41)
塞巴斯蒂安·瓦尔克特
Shyam Saladi
斯蒂芬·范·德·瓦特
特伦斯·霍恩莱斯
Volker Hilsenstein
温迪·麦
尤金德拉·夏尔马
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阿比谢克·帕蒂尔
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本·纳塔森
克里斯·罗特
Clement Ng
科里·哈里斯
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叶戈尔·潘菲洛夫
伊曼纽尔·古利亚特
弗朗索瓦·布洛涅
格雷戈里·R·李
哈里·权
Jan Funke
Juan Nunez-Iglesias
朱利安·杰拉菲翁
kalpana
库沙恩·古普塔
Lars Grüter
玛丽安·科尔维莱克
马克·哈福克
马文·阿尔伯特
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尼克
OGordon100
Riadh Fezzani
罗伯特·哈斯
Ross Barnowski
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塞巴斯蒂安·瓦尔克特
Stanley_Wang
斯蒂芬·范·德·瓦特
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斯图尔特·马姆福德
特伦斯·霍恩莱斯
Volker Hilsenstein
温迪·麦