scikit-image 0.23.2 (2024-04-20)#

我们很高兴地宣布 scikit-image 0.23.2 版本的发布！

Bug 修复#

  • 确保 skimage.util.img_as_ubyte 支持提供的图像的 dtype('uint64').type 是 np.ulonglong 而不是 np.uint64 的边缘情况 (#7392)。

文档#

  • 在 0.23.1 版本发布说明中添加日期 (#7384)。

  • 修复 skimage.segmentation.watershed 中 connectivity 参数的文档字符串 (#7360)。

基础设施#

  • 忽略关于不可序列化缓存的Sphinx警告（#7400）。

  • 简化PR模板中的changelist指令 (#7401)。

维护#

  • 使用 numpy.inf 代替已弃用的 numpy.infty (#7386)。

  • 更新 Ruff 配置 (#7387)。

  • 更新 Azure 管道配置的矩阵和名称 (#7390)。

  • 使用上传和下载工件 v4 (#7389)。

  • 忽略测试中来自 astype 的架构特定类型转换警告 (#7393)。

  • 更新链接至 numpydoc example.py (#7395)。

贡献者#

4 位作者添加到此版本（按字母顺序）：

4 位审阅者已添加到此版本（按字母顺序）：

_这些列表是自动生成的，可能不完整或包含重复项。_

scikit-image 0.23.1 (2024-04-10)#

我们很高兴地宣布 scikit-image 0.23.1 版本的发布！

备注

由于CI系统的问题，scikit-image 0.23.0 从未发布。此版本与0.23.0本应是相同的，除了CI修复和版本号。

亮点#

  • 确保 skimage.morphology.closing 和 skimage.morphology.opening 分别是扩展和反扩展的，如果footprint不是镜像对称的 (#6695)。

  • 在 skimage.morphology 中的 erosion、dilation、opening、closing、white_tophat 和 black_tophat 中添加参数 mode 和 cval。这些新参数决定了如何处理数组边界 (#6695)。

  • 在 skimage.morphology 中的 binary_erosion、binary_dilation、binary_opening 和 binary_closing 方法中添加参数 mode。这些新参数决定了如何处理数组边界 (#6695)。

  • 通过使用 Cython 的 prange 并行化 skimage.util.map_array 来加速 (#7266)。

新功能#

  • 在 skimage.measure.regionprops 中添加新的 intensity_std 属性，该属性计算区域中强度的标准差 (#6712)。

  • 在 skimage.morphology 中的 erosion、dilation、opening、closing、white_tophat 和 black_tophat 中添加参数 mode 和 cval。这些新参数决定了如何处理数组边界 (#6695)。

  • 在 skimage.morphology 中的 binary_erosion、binary_dilation、binary_opening 和 binary_closing 方法中添加参数 mode。这些新参数决定了如何处理数组边界 (#6695)。

  • 向 skimage.morphology 添加 mirror_footprint 和 pad_footprint 函数 (#6695)。

  • 向 segmentation.expand_labels 添加新参数 spacing 以支持各向异性图像 (#7080)。

API 变更#

  • 放弃对 Python 3.9 的支持 (#7217)。

  • skimage.morphology.erosion 和 skimage.morphology.dilation 中的参数 shift_x 和 shift_y 已被弃用。请改用 pad_footprint 或手动修改 footprint (#6695)。

  • 移除 skimage.morphology.skeletonize_3d 中非二值输入图像的意外值缩放。skeletonize_3d 现在总是返回一个二值数组，类似于类似函数 (#7095)。

  • 弃用函数 skimage.feature.plot_matches，改为使用 skimage.feature.plot_matched_features (#7255)。

  • 弃用 skimage.morphology.skeletonize_3d ，改为使用 skimage.morphology.skeletonize (#7094)。

  • 在 skimage.filters.gaussian 中弃用参数 output；请改用 out (#7225)。

  • 在 skimage.filters.rank 函数中，将参数 shift_x、shift_y 和 shift_z 的默认值从 False 改为 0。这不会影响结果。从现在开始，如果提供了布尔值的偏移量，将发出警告 (#7320)。

性能#

  • 为 skimage.metrics 模块添加延迟加载 (#7211)。

  • 通过使用 Cython 的 prange 并行化 skimage.util.map_array 来加速 (#7266)。

Bug 修复#

  • 添加异常以避免在 skimage.feature.hog 中图像对于给定参数太小而导致的意外结果 (#7153)。

  • 确保 skimage.morphology.closing 和 skimage.morphology.opening 分别是扩展和反扩展的，如果footprint不是镜像对称的 (#6695)。

  • 当实时偏移无法确定时（disambiguate=True），避免在 skimage.registration.phase_cross_correlation 中出现 TypeError。改为显示警告（#7259）。

  • 修复了 skimage.graph.pixel_graph 中的逻辑，当提供了 edge_function 参数而没有提供 mask 参数时会引发 TypeError 错误 (#7310)。

  • 确保当 cache=False 传递给 skimage.measure.regionprops 时缓存保持为空 (#7333)。

文档#

  • 更新开发环境更新说明 (#7160)。

  • 使RAG画廊示例中的标题更加明确 (#7202)。

  • 为 skimage.graph 模块添加文档字符串 (#7192)。

  • 在文档字符串中使用一致的数组维度表示法 (#3031)。

  • 在 watershed 文档字符串中指定默认标记 (#7154)。

  • 阻止HTML文档拦截左右箭头键以提高键盘可访问性 (#7226)。

  • 修复nitpicky sphinx的引用格式 (#7228)。

  • 在图像的NumPy速成课程中，如何处理其他类似数组的对象，如 xarray.DataArray 和 pandas.DataFrame （#7159）。

  • 修复用户指南中的函数调用和语法问题 (#7234)。

  • 在 skimage.transform.swirl 的文档字符串中使用正确的默认模式 (#7241)。

  • 在 moments_normalized 中添加关于间距参数的缺失文档 (#7248)。

  • 更新 hough_ellipse 变换中的文档字符串和示例 (#6893)。

  • 将 binder 标签/分支指向与文档/发布相对应的提交 (#7252)。

  • 为 FundamentalMatrixTransform 类添加示例 (#6863)。

  • 添加了对 Matplotlib 可选依赖项在安装指令中提供的解释 (#7286)。

  • 在 skimage.registration.optical_flow_tvl1 的文档字符串中使用正确的符号 θ 表示紧密度 (#7314)。

  • 参数 cval 的描述在“int 或 float”中进行了修改。cval 是一个数值，而不是字符串 (#7319)。

  • 移除关于记录更改的过时说明 (#7321)。

  • 添加了注释以澄清 dt 对应于 tau，即时间步长。在整个注册模块中更改了灰度比例 (#7324)。

  • 创建 SECURITY.md (#7230).

  • 从 skimage.segmentation.active_contour 的文档字符串示例中移除已弃用的参数 coordinates (#7329)。

  • 在发布说明标题中包含日期 (#7269)。

  • 更新如何记录拉取请求以包含在发布说明中的描述 (#7267)。

  • 澄清 skimage.metrics.structural_similarity 中 data_range 参数的描述 (#7345)。

  • 在较长的图库示例和演示中使用面向对象的 Matplotlib 风格（doc/examples/applications）(#7346）。

  • 在分割人类细胞（有丝分裂）的图库示例中，生成分水岭的流域标记时包含边界 (#7362)。

  • 在 skimage.transform.EuclideanTransform 的文档字符串中添加缺失的减号 (#7097)。

基础设施#

  • 更新陈旧机器人上的措辞，假设核心团队遗漏了 (#7196)。

  • 更新 Azure 作业名称以适应 Python 3.9 的删除 (#7218)。

  • 在不常见的时间安排夜间轮构建 (#7254)。

  • 使用 nightly NumPy 2.0 构建 nightly wheels (#7251)。

  • 使用 pytest-doctestplus 代替经典的 pytest-doctest (#7289)。

  • 将 scientific-python/upload-nightly-action 更新到 v0.5.0 以提高依赖稳定性，并利用 Anaconda Cloud 上传错误修复 (#7325)。

  • 添加 assert_stacklevel 辅助函数以检查捕获警告的堆栈级别 (#7294)。

  • 从变更列表的贡献者列表中排除 pre-commit[bot] (#7358)。

维护#

  • 删除 version_switcher.json 中过时且重复的“preferred”字段 (#7184)。

  • 升级到 spin 0.7 (#7168).

  • 不要比较类型，使用 isinstance (#7186)。

  • [pre-commit.ci] pre-commit 自动更新 (#7181).

  • 增加32位浮点数时刻测试的容差 (#7188)。

  • 暂时将 Cython 固定在 <3.0.3 版本，直到 CI 修复 (#7189)。

  • 移除过时的 meson 指令 (#7193)。

  • 暂时将 Cython 固定在 <3.0.3 版本，直到 CI 修复，第二次尝试 (#7201)。

  • 修复 chocolatey (#7200).

  • 在修复与 imageio 的不兼容问题之前，将 Pillow 固定在 <10.1.0 版本 (#7208)。

  • 使用 Black (#7197)。

  • 在之前的合并缺少black处理后，对 _hog.py 应用black (#7215)。

  • 在发布 Cython 3.0.4 后取消固定 Cython (#7214)。

  • [pre-commit.ci] pre-commit 自动更新 (#7236).

  • Python 3.12 的清理工作 (#7173)。

  • 将 Python 3.12 设为默认 CI Python (#7244)。

  • 添加显式 noexcept 以解决 Cython 3.0 警告 (#7250)。

  • 更新 imageio 以修复 Pillow 不兼容问题 (#7245)。

  • 将 docker/setup-qemu-action 升级到 v3 (#7134)。

  • 修复 SciPy 1.12.0rc1 中弃用的 warningfilter (#7275)。

  • 根据 SPEC 0 更新至 numpy>=1.23 和 matplotlib>=3.6 (#7284)。

  • 添加新的 deprecate_parameter 辅助函数 (#7256)。

  • 更新 meson 和 Cython (#7283)。

  • 处理 skimage.registration.phase_cross_correlation 中空图像的浮点警告 (#7287)。

  • 更新 spin (0.8) (#7285)。

  • 完成原计划在我们0.23版本中进行的弃用。移除现已不再使用的 deprecate_kwarg 和 remove_arg；它们已完全被 deprecate_parameter 取代 (#7290)。

  • 为了安全最佳实践，请使用来自已知提交SHA的科学Python/upload-nightly-action GitHub Action，这些SHA对应于标记的发布版本。这些可以通过Dependabot自动更新（#7306）。

  • 更新预提交仓库 (#7303)。

  • 现在可以在没有安装 numpydoc 的情况下运行测试套件 (#7307)。

  • 处理来自Pydata主题的并行写警告 (#7311)。

  • 使用 NumPy 2.0 测试夜间轮构建 (#7288)。

  • 明确指出 _optical_flow_utils 中的函数是私有的 (#7328)。

  • 更新依赖项（规范 0）(#7335)。

  • 后续清理与修复以兼容 NumPy 1 和 2 (#7326)。

  • 在 test_fits.py 中用 autouse fixture 替换忽略的 teardown (#7340)。

  • 在 NumPy 2 中解决 np.solve 中的新复制语义和广播问题 (#7341)。

  • 忽略Sphinx gallery的执行时间表 (#7327)。

  • 允许对皮尔逊测试使用非常小的浮点容差 (#7356)。

  • 更新 numpydoc 到版本 1.7 (#7355)。

  • [pre-commit.ci] pre-commit 自动更新 (#7365).

  • 简化测试套件中的警告过滤器 (#7349)。

  • 针对 NumPy >=2.0.0rc1 构建 (#7367)。

  • 移除 ensure_python_version 函数 (#7370)。

  • 更新 GitHub actions 为 setup-python@v5, cache@v4, upload-artifact@v4, 和 download-artifact@v4 (#7368).

  • 将 lazyloader 更新至 v0.4 (#7373)。

贡献者#

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_这些列表是自动生成的，可能不完整或包含重复项。_

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