scikit-image 0.16.2 (2019-10-22)#

我们很高兴地宣布 scikit-image v0.16.2 的发布！

scikit-image 是 SciPy 的一个图像处理工具箱，包含用于分割、几何变换、颜色空间操作、分析、过滤、形态学、特征检测等的算法。

这是一个修复错误的发布版本，解决了0.16.1中的几个关键问题。

错误修复#

  • 迁移到 networkx 2.x (#4236, #4237)

  • 将 numpy 和 dask 同步到运行时版本 (#4233, #4239)

  • 修复结构相似性中的错误参数解析（#4246，#4247）

  • 修复活动轮廓图库示例，以适应rc坐标的变化（#4257, #4262）

4 位作者添加到此版本 [按名字或登录名首字母排序]#

  • 弗朗索瓦·布洛涅

  • Jarrod Millman

  • 马克·哈福克

  • Ondrej Pesek

6 位评审者添加到此版本 [按名字或登录名首字母排序]#

  • 亚历山大·德·西奎拉

  • 叶戈尔·潘菲洛夫

  • 弗朗索瓦·布洛涅

  • Juan Nunez-Iglesias

  • 马克·哈福克

  • Nelle Varoquaux

scikit-image 0.16.1 (2019-10-11)#

我们很高兴地宣布 scikit-image v0.16.1 的发布！

scikit-image 是 SciPy 的一个图像处理工具箱，包含用于分割、几何变换、颜色空间操作、分析、过滤、形态学、特征检测等的算法。

更多信息、示例和文档，请访问我们的网站：

https://scikit-image.org

从本次发布开始，scikit-image 将遵循最近引入的 NumPy 弃用政策，NEP 29 <https://github.com/numpy/numpy/blob/master/doc/neps/nep-0029-deprecation_policy.rst>__。因此，scikit-image 0.16 放弃了对 Python 3.5 的支持。本次发布的 scikit-image 正式支持 Python 3.6 和 3.7。

特别感谢 Matthias Bussonnier 提供的 Frappuccino，它帮助我们捕捉到了所有的 API 变化，并确定了新功能的 API。

新功能#

改进#

API 变更#

错误修复#

  • 修复了ORB.detect_and_extract中的scales属性错误 (#2835) scales属性没有考虑掩码，因此使用了不正确的数组大小。

  • 修正 Inverse Randon Transform (skimage.transform.irandon) 中的偏差 (#3067) 通过使用空间域中的 Ramp 滤波器方程来解决，如参考文献所述

  • 修复了一个舍入问题，该问题导致旋转后的图像与输入图像大小不同 (skimage.transform.rotate) (#3173)

  • RANSAC 使用原始数据的随机子集，而不是引导样本。(#3901, #3915)

  • Canny 现在无论 dtype 如何都产生相同的输出 (#3919)

  • 几何变换：避免除以零和一些退化情况 (#3926)

  • 在 denoise_bilateral 和 denoise_tv_bregman 中修复了 float32 支持 (#3936)

  • 修复了Meijering滤波器的计算并避免了ZeroDivisionError (#3957)

  • 修复了 skimage.filters.threshold_li 以防止卡在静止点，从而避免局部最小值或最大值的问题 (#3966)

  • 编辑了 skimage.exposure.rescale_intensity ，当所有值为0时返回输入图像而不是nans (#4015)

  • 修复了 skimage.morphology.medial_axis。Cython 中的错误缩进导致函数未能按预期运行。(#4060)

  • 修复了 skimage.restoration.denoise_bilateral ，通过修正高斯滤波器中的填充（#4080）

  • 修复了当输入图像包含 NaN 时 skimage.measure.find_contours 的问题。包含 NaN 的轮廓将被保持开放 (#4150)

  • 修复了 skimage.feature.blob_log 和 skimage.feature.blob_dog 对 3D 图像和各向异性数据的支持 (#4162)

  • 修复了 skimage.exposure.adjust_gamma、skimage.exposure.adjust_log 和 skimage.exposure.adjust_sigmoid，使得当提供一个 1 乘 1 的 ndarray 时，它返回 1 乘 1 的 ndarray 而不是单个数字的浮点数 (#4169)

弃用#

  • 在 skimage.measure.convex_hull_object 中的参数 neighbors 已被弃用，取而代之的是 connectivity，并将在版本 0.18.0 中移除。

  • 以下函数已被弃用，取而代之的是 skimage.metrics 模块（#4025）：

    • skimage.measure.compare_mse

    • skimage.measure.compare_nrmse

    • skimage.measure.compare_psnr

    • skimage.measure.compare_ssim

  • 函数 skimage.color.guess_spatial_dimensions 已被弃用，并将在 0.18 版本中移除 (#4031)

  • skimage.segmentation.active_contour 中的参数 bc 已被弃用。

  • 函数 skimage.data.load 已被弃用，并将在 0.18 版本中移除 (#4061)

  • 函数 skimage.transform.match_histogram 已被弃用，取而代之的是 skimage.exposure.match_histogram (#4107)

  • skimage.morphology.convex_hull_object 的参数 neighbors 已被弃用。

  • skimage.transform.randon_tranform 函数在 0.18 版本中默认会将输入的整数类型图像转换为浮点数。为了保持当前的行为，请将新的参数 preserve_range 设置为 True。(#4131)

文档改进#

  • 文档：改进关于 anti_aliasing_sigma 参数的 transform.resize 文档 (#3911)

  • 修复污渍解卷积参考的URL（#3862）

  • 修复去噪高斯函数的文档 (#3869)

  • 文档：各种增强功能（交叉链接、图库、引用…），主要用于角点检测（#3996）

  • [DOC] 澄清文档中 inertia_tensor 可能是 nD 的情况 (#4013)

  • [DOC] 如何测试和编写基准测试 (#4016)

  • 拼写检查 @CONTRIBUTING.txt (#4008)

  • 拼写检查 @doc/examples/segmentation/plot_watershed.py (#4009)

  • 拼写检查 @doc/examples/segmentation/plot_thresholding.py (#4010)

  • 拼写检查 @skimage/morphology/binary.py (#4011)

  • 拼写检查 @skimage/morphology/extrema.py (#4012)

  • docs 更新为 downscale_local_mean 和 N 维图像 (#4079)

  • 从0.15版本发布说明中移除花哨的语言 (#3827)

  • 文档格式化 / 编译修复 (#3838)

  • 删除 INSTALL.txt 中的重复部分。（#3876）

  • 增强: 岭函数文档 (#3933)

  • 修复Threshold Niblack的文档字符串 (#3917)

  • 将文档添加到 circle_perimeter_aa (#4155)

  • 在贡献指南中更新NumPy文档字符串标准的链接（替换#4191）（#4192）

  • DOC: 改进 downscale_local_mean() 文档字符串 (#4180)

  • DOC: 增强ransac画廊示例中的结果显示 (#4109)

  • 画廊：使用 f 字符串以提高可读性 (#4110)

  • MNT: 在贡献指南中记录 stacklevel 参数 (#4066)

  • 修复小错误 (#3988)

  • MIN: canny 函数中的文档字符串改进 (#3920)

  • 对 #4150 的文档字符串进行了小修复 (#4184)

  • 修复 full 参数在 compare_ssim 中的描述 (#3860)

  • 在Niblack文档字符串中声明Bradley阈值等价性 (#3891)

  • 为保持一致性，在示例代码中添加 plt.show()。(#3908)

  • CC0 不等同于公共领域。修复马图片的注释（#3931）

  • 更新 tutorial_parallelization.rst 中的 joblib 链接 (#3943)

  • 修复 plot_edge_filter.py 引用 (#3946)

  • 向 PaintTool 的文档字符串添加缺失的参数 (#3970)

  • 改进方向滤波器的文档和测试 (#3956)

  • 在 skimage.filters.threshold_li 的内部工作原理上添加了新的详尽示例 (#3966)

  • matplotlib: 在我们的示例中移除 interpolation=nearest, none (#4002)

  • 修复了filters.rank.entropy和filters.rank.shannon_entropy文档字符串中维基百科引用的URL编码问题 (#4007)

  • 修复示例中的整数除法问题 (#4032)

  • 更新安装指南中的链接 (#4118)

  • 画廊 Hough 直线变换 (#4124)

  • 函数文档之间的交叉链接现在应该有了很大的改进！（#4188）

  • 对 skimage.feature.corner_peaks 的 num_peaks 进行更好的文档说明 (#4195)

其他拉取请求#

  • 为曝光模块添加基准测试套件 (#3312)

  • 从 skimage.util.img_as_ 中移除精度和符号丢失警告 (#3575)

  • 提议 SKIPs 并添加使命/愿景/价值观，治理 (#3585)

  • 如果可用，使用用户安装的 tifffile (#3650)

  • 简化基准测试的固定设置 (#3711)

  • 为 PyPI 和其他服务在 setup 中添加 project_urls (#3834)

  • 为 0.16 版本解决弃用问题 (#3841)

  • 0.16 版本的后续弃用 (#3851)

  • 在 Azure 中构建和测试文档 (#3873)

  • 将 numpydoc 固定在 0.8 之前的版本以修复开发文档格式 (#3893)

  • 将所有HTTP链接更改为HTTPS (#3896)

  • 跳过OSX上的额外依赖项 (#3898)

  • 为 Sphinx 2.0.1 搜索结果添加位置；清理模板 (#3899)

  • 修复 Sphinx 2.0.1 + numpydoc 0.9 渲染文档的 CSS 样式 (#3900)

  • Travis CI: sudo: 标签在 Travis 中已被弃用 (#4164)

  • MNT 准备 0.16 版本 (#4204)

  • 修复当 contributor_set 包含 None 时 generate_release_note 的问题 (#4205)

  • 指定 Travis 应使用 Ubuntu xenial (14.04) 而不是 trusty (16.04) (#4082)

  • MNT: 在 lab2xyz 中相应地设置堆栈级别 (#4067)

  • MNT: 修复过滤器山脊的堆栈级别 (#4068)

  • MNT: 从 filters.thresholding 中移除未使用的导入 deprecated (#4069)

  • MNT: 在 io matplotlib 插件中正确设置 stacklevel (#4070)

  • MNT: 在 felzenszwalb_cython 中相应地设置 stacklevel (#4071)

  • MNT: 在 img_as_* (convert) 中相应地设置 stacklevel (#4072)

  • MNT: 在 util.shape 中相应地设置 stacklevel (#4073)

  • MNT: 移除多余的 matplotlib 警告 (#4074)

  • 在测试中抑制查看器的警告 (#4017)

  • 在测试套件中抑制关于measure.label的警告 (#4018)

  • 在test_rank中抑制由于类型转换引起的警告（#4019）

  • 为 imread 插件测试添加待办事项 (#3907)

  • 在使用sphinx gallery时移除matplotlib agg警告。(#3897)

  • 0.14.4 版本发布说明 (#4137)

  • 在 threshold_li 中为病态数组添加测试 (#4143)

  • setup.py: 当未安装 NumPy 时优雅地失败 (#4181)

  • 放弃对 Python 3.5 的支持 (#4102)

  • 强制 imageio 读取器返回 NumPy 数组 (#3837)

  • 修复使用SSH信息连接到GitHub的问题。(#3875)

  • 修复 skimage.measure.regionprops 的错误信息 (#3884)

  • 统一 skeletonize 和 skeletonize 3D API (#3904)

  • 为Sphinx 2.0.1搜索结果添加位置；清理模板 (#3910)

  • 固定numpy版本向前 (#3925)

  • 用 Astropy 替换 pyfits 以读取 FITS (#3930)

  • 为未来的 dtype 关键字参数移除添加警告 (#3932)

  • MAINT: 清理 regionprop 添加 PYTHONOPTIMIZE=2 到 travis 数组 (#3934)

  • 为 filters.threshold_multiotsu 添加复杂性和新测试 (#3935)

  • 修复某些图像插件中的 dtype 关键字参数警告 (#3948)

  • 在使用 numpy logspace 时，不要在将其作为整数使用之前将整数转换为浮点数 (#3949)

  • 避免在doctest中保存低对比度图像。（#3953）

  • MAINT: 从 filters._gaussian 中移除未使用的 _convert_input (#4001)

  • 设置 imread 的最低版本，以便在测试构建中从源代码编译于 Linux 上 (#3960)

  • 在 data.load 和 testsuite 中清理插件的使用 (#3961)

  • 选择最低版本的 imageio，使其与 pathlib 兼容（#3969）

  • 从测试依赖中移除 pytest-faulthandler (#3987)

  • 修复我们在CI中的tifffile和__array_function__失败问题 (#3992)

  • MAINT: 不要在代码中使用 assert，请改为抛出异常。(#4006)

  • 允许打包者在警告上禁用失败。（#4021）

  • 修复 numpy 117 rc 和 dask 在阈值过滤器中的问题 (#4022)

  • 当属性不依赖于 r,c 时，静默 r,c 警告 (#4027)

  • 移除警告过滤器，修复关于 r,c 的文档 (#4028)

  • 从 collections.abc 导入 Iterable (#4033)

  • 在 vendored tifffile 代码中从 collections.abc 导入 Iterable (#4034)

  • 修正 #4025 之后的拼写错误 (#4036)

  • 将内部函数重命名为 assert_* -> check_* (#4037)

  • 改进导入时间 (#4039)

  • 删除 .meeseeksdev.yml (#4045)

  • 修复mpl在grid()上的弃用问题 (#4049)

  • 修复了从 #4025 开始的弃用问题后的图库 (#4050)

  • 修复 mpl 未来弃用规范 -> 密度 (#4053)

  • 在hough_circle示例中添加shape=到圆周长(#4047)

  • 重要：解决测试套件中与指标4025相关的内部警告 (#4063)

  • 使用 functools 代替实际函数作为内部 warn 函数（#4062）

  • 在多线程安全的方式下捕获测试排名警告 (#4064)

  • 在整个库中更一致地使用FFT（#4084）

  • 修复区域属性测试 (#4099)

  • 在过滤器中将单反引号转换为双反引号 (#4127)

  • 重构 radon 变换模块 (#4136)

  • 修复基准测试套件中 rgb2gray 的导入错误 (#4176)

  • 修复与 SKIPs 相关的文档构建问题 (#4182)

  • 移除多个 __future__ 导入 (#4198)

  • 恢复已弃用的坐标参数到 regionprops (#4144)

  • 重构/优化 threshold_multiotsu (#4167)

  • 移除特定于Python2的代码 (#4170)

  • view_as_windows 错误地假设需要一个连续的数组 (#4171)

  • 处理 NamedTemporaryFile 失败的情况 (#4172)

  • 修复 SKIP1 上错误的解决日期 (#4183)

  • 0.16 版本之前的 API 更新 (#4187)

  • 修复转换为 float32 数据类型的问题 (#4193)

此版本的贡献者#

  • Abhishek Arya

  • 亚历山大·德·西奎拉

  • 亚历克西斯·米农

  • 安东尼·卡拉佩蒂斯

  • 巴斯蒂安·艾森伯格

  • 巴拉特·拉古纳坦

  • 克里斯蒂安·克劳斯

  • Clement Ng

  • 大卫·布劳尔

  • 大卫·哈本特尔

  • 多米尼克·库特拉

  • 多米尼克·斯特劳布

  • 叶戈尔·潘菲洛夫

  • 伊曼纽尔·古利亚特

  • 埃蒂安·兰杜雷

  • 弗朗索瓦·布洛涅

  • Genevieve Buckley

  • 格雷戈里·R·李

  • 哈德里安·玛丽

  • Hamdi Sahloul

  • 霍莉·吉布斯

  • 黄伟昌

  • i3v (i3v)

  • Jarrod Millman

  • Jirka Borovec

  • Johan Jeppsson

  • Johannes Schönberger

  • 乔恩·克劳尔

  • 乔什·华纳

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Kaligule (Kaligule)

  • kczimm (kczimm)

  • Lars Grueter

  • 沙哈尔·本·哈里姆

  • 路易斯·F·德菲格雷多

  • 马克·哈福克

  • Mars Huang

  • 戴夫·梅勒特

  • Nelle Varoquaux

  • Ollin Boer Bohan

  • 帕特里克·J·扎格

  • Riadh Fezzani

  • 瑞安·艾弗里

  • 斯里纳特·凯拉萨

  • 斯蒂芬·范·德·瓦特

  • 斯图尔特·伯格

  • 乌韦·施密特

此版本的评审人员#

  • 亚历山大·德·西奎拉

  • 安东尼·卡拉佩蒂斯

  • 巴斯蒂安·艾森伯格

  • Clement Ng

  • 大卫·布劳尔

  • 叶戈尔·潘菲洛夫

  • 伊曼纽尔·古利亚特

  • 埃蒂安·兰杜雷

  • 弗朗索瓦·布洛涅

  • Genevieve Buckley

  • 格雷戈里·R·李

  • 哈德里安·玛丽

  • Hamdi Sahloul

  • 霍莉·吉布斯

  • Jarrod Millman

  • Jirka Borovec

  • Johan Jeppsson

  • Johannes Schönberger

  • 乔恩·克劳尔

  • 乔什·华纳

  • jrmarsha

  • Juan Nunez-Iglesias

  • kczimm

  • Lars Grueter

  • leGIT-bot

  • 马克·哈福克

  • Mars Huang

  • 戴夫·梅勒特

  • 保罗·穆勒

  • 菲尔·斯塔基

  • Ralf Gommers

  • Riadh Fezzani

  • 瑞安·艾弗里

  • 塞巴斯蒂安·伯格

  • 斯蒂芬·范·德·瓦特

  • 乌韦·施密特

On this page
显示源代码