scikit-image 0.21.0 (2023-06-02)#

我们很高兴地宣布 scikit-image 0.21.0 的发布!scikit-image 是 SciPy 的一个图像处理工具箱,包括用于分割、几何变换、颜色空间操作、分析、过滤、形态学、特征检测等的算法。

更多信息、示例和文档,请访问我们的网站:https://scikit-image.org

亮点#

  • 最后一个支持 Python 3.8 的版本

  • PRNGs 的统一 API

新功能#

  • 在 scikit-image 中实现 Fisher 向量 (#5349)。

  • 为 AffineTransform 添加对 y 维剪切的支持 (#6752)。

API 变更#

在此版本中,我们统一了为使用伪随机数的算法指定种子的方式。之前,不同的关键字参数(sample_seedseedrandom_seedrandom_state)在不同的地方服务于相同的目的。这些参数已被一个单一的 rng 参数所取代,该参数同时处理整数种子和 NumPy 生成器。请参阅相关的 SciPy 讨论,以及尝试总结该参数的 Scientific Python SPEC 7

  • 统一API在随机种子/生成器的种子关键词上 (#6258)。

  • 重构 _invariant_denoisedenoise_invariant (#6660).

  • 在公共API中公开 color.get_xyz_coords (#6696)。

  • 使 join_segmentations 返回从输出到输入标签的数组映射 (#6786)。

  • 统一伪随机种子接口 (#6922)。

  • 将几何变换逆改为属性 (#6926)。

增强功能#

  • 边界框裁剪 (#5499)。

  • 为 AffineTransform 添加对 y 维剪切的支持 (#6752)。

  • 使 join_segmentations 返回从输出到输入标签的数组映射 (#6786)。

  • 检查 regionprops 中的 spacing 参数是否为元组 (#6907)。

  • 启用 rescale_intensity 与 dask 数组的使用 (#6910)。

性能#

  • 为 skimage.color 子模块添加延迟加载 (#6967)。

  • 为 skimage.draw 子模块添加惰性加载 (#6971)。

  • 为 skimage.exposure 添加惰性加载器 (#6978)。

  • 为 skimage.future 模块添加延迟加载 (#6981)。

Bug 修复#

  • 修复并重构 deprecated 装饰器为 deprecate_func (#6594)。

  • 重构 _invariant_denoisedenoise_invariant (#6660).

  • 在公共API中公开 color.get_xyz_coords (#6696)。

  • 在拟合圆或椭圆之前进行数据平移和归一化 (#6703)。

  • 展示 pydata-sphinx-theme (#6714).

  • 修复 AffineTransform 中剪切角的矩阵计算 (#6717)。

  • 修复 threshold_li():防止在单值背景上出现 log(0)。(#6745)。

  • 修复 footprints.diamond 测试用例中的复制粘贴错误 (#6756)。

  • 更新 .devpy/cmds.py 以匹配最新的 devpy (#6789)。

  • 在安装指南中避免通过conda安装rtoml(#6792)。

  • 在骨架化中为方法参数的无效值引发错误 (#6805)。

  • 在 measure.regionprops 中修正 45 度方向的符号错误 (#6836)。

  • 修复了 segmentation.watershed 中的返回数据类型 (#6839)。

  • transform.resize 中处理 NaN 值 (#6852)。

  • 修复多通道属性的regionprop_table失败问题 (#6861)。

  • 不允许64位整数输入;添加测试以确保掩码模式和非掩码模式对齐 (#6875)。

  • 修复了在 #6876 中引入的 apply_parallel 中的拼写错误 (#6881)。

  • 修复偶数维度数据的LPI滤波器 (#6883)。

  • 使用旧版数据集而不创建 data_dir (#6886)。

  • 当 source_range 不正确时引发错误 (#6898)。

  • 在计算质心加权时应用间距重缩放 (#6900)。

  • 修正了 Chan Vese 中的能量计算 (#6902)。

  • area_opening 的文档字符串中为 DOI 角色添加缺失的反引号 (#6913)。

  • 修复了在HTML输出中包含 random.js 的问题 (#6935)。

  • 修复随机图库链接的URL (#6937)。

  • 使用上下文管理器以确保 urlopen 缓冲区被关闭 (#6942)。

  • 修复了 skimage.graph._ncut 中的稀疏索引类型转换 (#6975)。

维护#

  • 修复并重构 deprecated 装饰器为 deprecate_func (#6594)。

  • 允许简单的 ransac 调用 (#6755)。

  • 修复 footprints.diamond 测试用例中的复制粘贴错误 (#6756)。

  • 使用 imageio v3 API (#6764)。

  • 取消固定 scipy 依赖 (#6773)。

  • 更新 .devpy/cmds.py 以匹配最新的 devpy (#6789)。

  • 将CLAHE代码重新授权为BSD-3-Clause (#6795)。

  • 在错误问题模板中放松重现部分 (#6825)。

  • 将 devpy 重命名为 spin (#6842)。

  • 通过修复对 _supported_float_type 的调用来加速 threshold_local 函数 (#6847)。

  • 为 ipywidgets 指定内核 (#6849)。

  • data 中的 image_fetchercreate_image_fetcher 设为私有 (#6855)。

  • 更新对过时的 dev.py 的引用为 spin (#6856)。

  • 将 0.21 的移除项更新到 0.22 (#6868)。

  • 更新依赖项 (#6869)。

  • 更新预提交 (#6870)。

  • 为圆形幻影添加拉东变换测试 (#6873)。

  • 不允许64位整数输入;添加测试以确保掩码模式和非掩码模式对齐 (#6875)。

  • 不要使用可变类型作为参数的默认值 (#6876)。

  • version_switcher.json URL 指向开发文档 (#6882)。

  • 恢复作为Meson构建一部分而被移除的并行测试 (#6884)。

  • 使用旧版数据集而不创建 data_dir (#6886)。

  • 移除旧文档冗余内容 (#6901)。

  • 暂时将 imageio 固定在 <2.28 (#6909)。

  • 统一伪随机种子接口后续 (#6924)。

  • 使用 pytest.warn 而不是自定义上下文管理器 (#6931)。

  • 跟进迁移到 pydata-sphinx-theme 的讨论 (#6933)。

  • 将函数标记为 noexcept 以支持 Cython 3 (#6936)。

  • ransac 的文档字符串中跳过不稳定的测试 (#6938)。

  • 稳定椭圆模型拟合参数 (#6943)。

  • 在生成的HTML文档中将logo指向scikit-image.org (#6947)。

  • 如果用户提供了随机数生成器(RNG),在深度复制之前生成它 (#6948)。

  • 跳过 ransac 文档测试 (#6953)。

  • 在HTML文档中公开 GeometricTransform.residuals (#6968)。

  • 修复 NumPy 1.25 的弃用警告 (#6969)。

  • 恢复 jupyterlite (#6972).

  • 由于超越函数问题,不要测试 numpy 的夜间版本 (#6973)。

  • 忽略来自matplotlib预发布的紧凑布局警告 (#6976)。

  • 移除临时约束 <2.28 对于 imageio (#6980)。

文档#

  • draw.polygondraw.polygon2mask 的文档边界行为 (#6690).

  • 展示 pydata-sphinx-theme (#6714).

  • 合并设置构建环境的重叠指令。(#6770).

  • skimage.color 模块添加文档字符串 (#6777)。

  • DOC: 修复 docstring_add_deprecated 中的下划线长度 (#6778)。

  • 将完整许可证链接到README (#6779)。

  • 修复开发环境设置的conda指令。(#6781)。

  • 更新 skimage.future 模块中的文档字符串 (#6782)。

  • 从README中删除过时的构建说明 (#6788)。

  • transform 模块添加文档字符串 (#6797)。

  • 在使用 conda 时处理仅 pip 依赖项。(#6806)。

  • 为 EssentialMatrixTransform 类及其估计函数添加了示例 (#6832)。

  • 修复了 segmentation.watershed 中的返回数据类型 (#6839)。

  • 更新对过时的 dev.py 的引用为 spin (#6856)。

  • 为 AffineTransform 类添加了示例 (#6859)。

  • 更新 _warps_cy.pyx (#6867).

  • version_switcher.json URL 指向开发文档 (#6882)。

  • 修复文档字符串下划线长度 (#6895)。

  • ENH 在图库示例中添加 JupyterLite 按钮 (#6911)。

  • area_opening 的文档字符串中为 DOI 角色添加缺失的反引号 (#6913)。

  • 添加 0.21 版本发布说明 (#6925)。

  • 简化安装说明文档 (#6927)。

  • 跟进迁移到 pydata-sphinx-theme 的讨论 (#6933)。

  • 更新发布说明 (#6944)。

  • MNT 修复 JupyterLite 注释中的拼写错误 (#6945)。

  • 在生成的HTML文档中将logo指向scikit-image.org (#6947)。

  • 将缺失的PR添加到发布说明中 (#6949)。

  • 修复 CODE_OF_CONDUCT.md 中的坏链接 (#6952)。

  • 在HTML文档中公开 GeometricTransform.residuals (#6968)。

基础设施#

  • 展示 pydata-sphinx-theme (#6714).

  • 为合并队列准备CI配置 (#6771)。

  • 固定到 devpy 0.1 标签 (#6816)。

  • 在错误问题模板中放松重现部分 (#6825)。

  • 将 devpy 重命名为 spin (#6842)。

  • 使用懒加载器 0.2 (#6844)。

  • 清理工具中的冗余代码 (#6846)。

  • 更新预提交 (#6870)。

  • 移除从 PyPI 消失的 codecov 依赖 (#6887)。

  • 添加 CircleCI API 令牌;修复构建文档的状态链接 (#6894)。

  • 暂时将 imageio 固定在 <2.28 (#6909)。

  • 将PR链接添加到发布说明生成脚本 (#6917)。

  • 使用官方的 meson-python 发布 (#6928)。

  • 修复了在HTML输出中包含 random.js 的问题 (#6935)。

  • 修复随机图库链接的URL (#6937)。

  • 尊重 SPHINXOPTS 并在 spin docs 中添加 –install-deps 标志 (#6940)。

  • 在生成文档之前构建 skimage (#6946)。

  • 启用针对上游夜间轮子的测试 (#6956)。

  • 添加夜间轮构建器 (#6957)。

  • 每周在夜间轮子上运行测试 (#6959)。

  • CI: 确保每个PR上都有一个“type:”标签 (#6960)。

  • 添加 PR 里程碑标签器 (#6977)。

33 位作者添加到此版本(按字母顺序)#

27 位评审者添加到此版本(按字母顺序)#