多尺度图相关(MGC)#
使用 scipy.stats.multiscale_graphcorr
,我们可以对高维和非线性数据进行独立性检验。在开始之前,让我们导入一些有用的包:
>>> import numpy as np
>>> import matplotlib.pyplot as plt; plt.style.use('classic')
>>> from scipy.stats import multiscale_graphcorr
让我们使用一个自定义的绘图函数来绘制数据关系:
>>> def mgc_plot(x, y, sim_name, mgc_dict=None, only_viz=False,
... only_mgc=False):
... """绘制模拟和MGC图"""
... if not only_mgc:
... # 模拟
... plt.figure(figsize=(8, 8))
... ax = plt.gca()
... ax.set_title(sim_name + " 模拟", fontsize=20)
... ax.scatter(x, y)
... ax.set_xlabel('X', fontsize=15)
... ax.set_ylabel('Y', fontsize=15)
... ax.axis('equal')
... ax.tick_params(axis="x", labelsize=15)
... ax.tick_params(axis="y", labelsize=15)
... plt.show()
... if not only_viz:
... # 局部相关性图
... plt.figure(figsize=(8,8))
... ax = plt.gca()
... mgc_map = mgc_dict["mgc_map"]
... # 绘制热图
... ax.set_title("局部相关性图", fontsize=20)
... im = ax.imshow(mgc_map, cmap='YlGnBu')
... # 颜色条
... cbar = ax.figure.colorbar(im, ax=ax)
... cbar.ax.set_ylabel("", rotation=-90, va="bottom")
... ax.invert_yaxis()
... # 关闭边框并创建白色网格。
... for edge, spine in ax.spines.items():
... spine.set_visible(False)
... # 最优尺度
... opt_scale = mgc_dict["opt_scale"]
... ax.scatter(opt_scale[0], opt_scale[1],
... marker='X', s=200, color='red')
... # 其他格式设置
... ax.tick_params(bottom="off", left="off")
... ax.set_xlabel('#X的邻居数', fontsize=15)
... ax.set_ylabel('#Y的邻居数', fontsize=15)
... ax.tick_params(axis="x", labelsize=15)
... ax.tick_params(axis="y", labelsize=15)
... ax.set_xlim(0, 100)
... ax.set_ylim(0, 100)
... plt.show()
让我们先来看一些线性数据:
>>> rng = np.random.default_rng()
>>> x = np.linspace(-1, 1, num=100)
>>> y = x + 0.3 * rng.random(x.size)
模拟关系可以绘制如下:
>>> mgc_plot(x, y, "线性", only_viz=True)
现在,我们可以看到测试统计量、p值和MGC图的可视化结果。最佳尺度在图中以红色“x”标记:
>>> stat, pvalue, mgc_dict = multiscale_graphcorr(x, y)
>>> print("MGC测试统计量: ", round(stat, 1))
MGC测试统计量: 1.0
>>> print("P值: ", round(pvalue, 1))
P值: 0.0
>>> mgc_plot(x, y, "线性", mgc_dict, only_mgc=True)
从这里可以清楚地看出,MGC能够确定输入数据矩阵之间的关系,因为p值非常低,而MGC测试统计量相对较高。MGC图表明存在**强线性关系**。直觉上,这是因为拥有更多的邻居将有助于识别 \(x\) 和 \(y\) 之间的线性关系。在这种情况下,最佳尺度**等同于全局尺度**,在图中以红色标记。
同样的方法可以用于非线性数据集。以下 \(x\) 和 \(y\) 数组来自一个非线性模拟:
>>> unif = np.array(rng.uniform(0, 5, size=100))
>>> x = unif * np.cos(np.pi * unif)
>>> y = unif * np.sin(np.pi * unif) + 0.4 * rng.random(x.size)
模拟关系可以绘制如下:
>>> mgc_plot(x, y, "Spiral", only_viz=True)
现在,我们可以看到测试统计量、p值和MGC图的可视化结果。最佳尺度在图中以红色“x”标记:
>>> stat, pvalue, mgc_dict = multiscale_graphcorr(x, y)
>>> print("MGC测试统计量: ", round(stat, 1))
MGC测试统计量: 0.2 # 随机
>>> print("P值: ", round(pvalue, 1))
P值: 0.0
>>> mgc_plot(x, y, "Spiral", mgc_dict, only_mgc=True)
从这里可以清楚地看出,MGC再次能够确定关系,因为p值非常低,而MGC测试统计量相对较高。MGC图表明存在**强非线性关系**。在这种情况下,最佳尺度**等同于局部尺度**,在图中以红色标记。