SciPy 1.4.0 发布说明#

SciPy 1.4.0 是6个月辛勤工作的结晶。它包含了许多新功能、大量的错误修复、改进的测试覆盖率和更好的文档。此版本中有一些弃用和API变更,如下文所述。我们鼓励所有用户升级到此版本,因为有许多错误修复和优化。在升级之前,我们建议用户检查自己的代码是否使用了已弃用的SciPy功能(为此,请使用 python -Wd 运行您的代码并检查 DeprecationWarning)。我们的开发重点现在将转移到1.4.x分支上的错误修复版本,以及在主分支上添加新功能。

此版本需要 Python 3.5+ 和 NumPy >=1.13.3(适用于 Python 3.5, 3.6),>=1.14.5(适用于 Python 3.7),>= 1.17.3(适用于 Python 3.8)

对于在 PyPy 上运行,需要 PyPy3 6.0+ 和 NumPy 1.15.0。

此版本的亮点#

新功能#

基础设施#

现在可以使用 runtests.py --doc 构建文档

现在 scipy/scipy-dev 仓库中提供了一个 Dockerfile,以便于开始 SciPy 开发。

scipy.constants 改进#

scipy.constants 已更新为包含CODATA 2018常数。

scipy.fft 已添加#

scipy.fft 是一个新的子模块,取代了 scipy.fftpack 子模块。在大多数情况下,这是 numpy.fftscipy.fftpack 的直接替代品。scipy.fft 有一些重要的区别:- 使用 NumPy 的实数变换(rfft)约定。这意味着返回值是一个复数数组,大小是完整 fft 输出的一半。这与 fftpack 的输出不同,后者返回一个表示复数组件打包在一起的实数数组。- 实数到实数的逆变换(idctidst)在 norm=None 时与 ifft 一样归一化。这意味着现在所有归一化模式下,恒等式 idct(dct(x)) == x 都是 True。- 不包括 fftpack 中的卷积或伪微分算子。

此子模块基于 pypocketfft 库,该库由 pocketfft 的作者开发,最近也被 NumPy 采用。pypocketfft 相比 fortran 的 FFTPACK 提供了多项优势:- 支持长双精度(np.longfloat)变换。- 使用向量化加速多维变换。- Bluestein 算法消除了 FFTPACK 最坏情况下的 O(n^2) 复杂度。- 变换期间释放全局解释器锁(GIL)。- 通过 workers 参数可选的多线程多维变换。

请注意,scipy.fftpack 并未被弃用,并将继续维护,但现被视为遗留代码。建议新代码尽可能使用 scipy.fft 代替。

scipy.fftpack 改进#

scipy.fftpack 现在使用 pypocketfft 来执行其 FFT,提供了与上述 scipy.fft 相同的速率和精度优势,但没有改进的 API。

scipy.integrate 改进#

函数 scipy.integrate.solve_ivp 现在有一个 args 参数。这允许传递给该函数的用户定义函数具有额外的参数,而无需为其创建包装函数或 lambda 表达式。

scipy.integrate.solve_ivp 现在可以返回一个 y_events 属性,表示在事件时间点的ODE解。

新的 OdeSolver 已实现 — DOP853。这是一种高阶显式龙格-库塔方法,最初在 Fortran 中实现。现在我们提供了一个纯 Python 实现,可以通过 solve_ivp 使用其所有功能。

scipy.integrate.quad 在指定带权重的被积函数时,提供了更好的用户反馈。

scipy.integrate.quad_vec 现在可用于向量值函数的一般积分

scipy.interpolate 改进#

scipy.interpolate.pade 现在能够优雅地处理复数输入数据

scipy.interpolate.Rbf 现在可以插值多维函数

scipy.io 改进#

scipy.io.wavfile.read 现在可以读取具有格式错误的头部的 WAV 文件的数据,类似于其他现代的 WAV 文件解析器。

scipy.io.FortranFile 现在有一组扩展的可用 Exception 类,用于处理格式不良的文件

scipy.linalg 改进#

函数 scipy.linalg.subspace_angles(A, B) 现在对复数值矩阵给出了正确的结果。在此之前,该函数仅对实数值矩阵返回正确的值。

新的布尔关键字参数 check_finite 用于 scipy.linalg.norm;是否检查输入矩阵仅包含有限数。禁用可能会提高性能,但如果输入包含无穷大或NaN,则可能会导致问题(崩溃、非终止)。

scipy.linalg.solve_triangular 对于C顺序的三角矩阵性能有所提升

已为 ?geequ?geequb?syequb?heequb 添加了 LAPACK 包装器

由于通过 _compute_lwork 进行的 LAPACK 例程操作中的内部优化,可能会观察到一些性能改进。这对于小数组的操作尤其如此。

QR 包装器现在可以在 scipy.linalg.lapack 中使用

scipy.ndimage 改进#

scipy.optimize 改进#

现在可以使用线性和非线性约束与 scipy.optimize.differential_evolution

scipy.optimize.linear_sum_assignment 已被用C++重写以提高性能,现在允许输入成本为无穷大。

添加了 ScalarFunction.fun_and_grad 方法,以便于同时获取函数和梯度评估。

scipy.optimize.minimize BFGS 方法通过避免在某些情况下重复评估来提高了性能

当目标函数返回一个数组而不是标量时,会提供更好的用户反馈。

scipy.signal 改进#

添加了一个新的函数,用于使用重叠相加法计算卷积,命名为 scipy.signal.oaconvolve。与 scipy.signal.fftconvolve 类似,该函数支持指定沿哪些维度进行卷积。

scipy.signal.cwt 现在支持复数小波。

choose_conv_method 的实现已经更新,以反映新的 FFT 实现。此外,性能得到了显著提升(特别是在边缘情况下有相当大的改进)。

函数 upfirdn 现在有一个 mode 关键字参数,可以用来选择信号边界处的信号扩展模式。这些模式也可以通过新添加的 padtype 参数在 resample_poly 中使用。

scipy.signal.sosfilt 现在受益于 Cython 代码,以提高性能

scipy.signal.resample 应该通过在可能的情况下利用 rfft 来提高效率

scipy.sparse 改进#

现在可以在 scipy.sparse.linalg.svds 中使用 LOBPCG 方法。

scipy.sparse.linalg.LinearOperator 现在除了 rmatvec 之外,还支持用于伴随矩阵乘法的操作 rmatmat

多个稳定性更新使得 scipy.sparse.linalg.lobpcg 中的 LOBPCG 特征值求解器支持对称和厄米特特征值问题的 float32 类型。

已添加一个用于解决最大流问题的求解器,作为 scipy.sparse.csgraph.maximum_flow

scipy.sparse.csgraph.maximum_bipartite_matching 现在允许非方阵输入,不再要求存在完美匹配,并且性能有所提升。

scipy.sparse.lil_matrix 转换在某些场景下现在表现更好

scipy.sparse.linalg 中提供了对 pydata/sparse 数组的基本支持。

scipy.sparse.linalg.spsolve_triangular 现在支持 unit_diagonal 参数,以提高与其密集对应物 scipy.linalg.solve_triangular 的调用签名相似性。

assertAlmostEqual 现在可以与稀疏矩阵一起使用,这些矩阵增加了对 __round__ 的支持。

scipy.spatial 改进#

捆绑的 Qhull 库已升级到 2019.1 版本,修复了若干问题。不再对其应用 Scipy 特定的补丁。

scipy.spatial.SphericalVoronoi 现在具有线性内存复杂度,性能提升,并支持单半球生成器。还增加了对位于大圆弧(测地线输入)上的生成器以及 n 维空间中的生成器的处理支持。

scipy.spatial.transform.Rotation 现在包含了计算平均旋转、生成3D旋转群以及减少具有旋转对称性的旋转的函数。

scipy.spatial.transform.Slerp 现在可以接受标量参数调用

scipy.spatial.voronoi_plot_2d 现在支持最远点Voronoi图

scipy.spatial.Delaunayscipy.spatial.Voronoi 现在具有用于跟踪它们是否为最远站点图的属性

scipy.special 改进#

Voigt 轮廓已被添加为 scipy.special.voigt_profile

已为Wright Omega函数(scipy.special.wrightomega)添加了实际的调度。

黎曼zeta函数的解析延拓已被添加。(黎曼zeta函数是 scipy.special.zeta 的单参数变体。)

第一类完全椭圆积分 (scipy.special.ellipk) 现在可以在 scipy.special.cython_special 中使用。

scipy.special.hyp1f1 对于实数参数的精度已得到提升。

许多函数的文档已经得到改进。

scipy.stats 改进#

scipy.stats.multiscale_graphcorr 作为一个独立性测试被添加,该测试适用于高维和非线性数据集。它在统计能力上高于其他 scipy.stats 测试,同时是唯一一个适用于多元数据的测试。

广义逆高斯分布 (scipy.stats.geninvgauss) 已添加。

现在可以通过提供之前调用该函数的结果,高效地复用 scipy.stats.binned_statistic_dd 处理新值。

scipy.stats.hmean 现在更优雅地处理包含零的输入。

贝塔-二项分布现在可以在 scipy.stats.betabinom 中使用。

scipy.stats.zscore, scipy.stats.circmean, scipy.stats.circstd, 和 scipy.stats.circvar 现在支持 nan_policy 参数,以增强对 NaN 值的处理

scipy.stats.entropy 现在接受一个 axis 参数

scipy.stats.gaussian_kde.resample 现在接受一个 seed 参数以增强可重复性

scipy.stats.kendalltau 的性能有所提升,特别是在处理大输入时,这得益于缓存使用的改进。

scipy.stats.truncnorm 分布已被重写,以支持更宽的尾部

已弃用的功能#

scipy 弃用#

通过根 SciPy 命名空间暴露的 NumPy 函数的支持已被弃用,并将在 2.0.0 版本中移除。例如,如果您使用 scipy.randscipy.diag,您应该将代码更改为直接使用 numpy.random.default_rngnumpy.diag。它们在当前继续的 Scipy 1.x 发布系列中仍然可用。

这个规则的例外是使用 scipy.fft 作为函数 – scipy.fft 现在仅作为模块使用,因此调用 scipy.fft(...) 的功能将在 SciPy 1.5.0 中移除。

scipy.spatial.Rotation 方法中,from_dcmas_dcm 分别被重命名为 from_matrixas_matrix。旧名称将在 SciPy 1.6.0 中移除。

方法 Rotation.match_vectors 已被弃用,取而代之的是 Rotation.align_vectors,它为相同功能提供了一个更逻辑化和更通用的API。旧方法将在 SciPy 1.6.0 中被移除。

向后不兼容的更改#

scipy.special 变化#

已弃用的函数 hyp2f0hyp1f2hyp3f0 已被移除。

已弃用的函数 bessel_diff_formula 已被移除。

函数 i0 不再注册于 numpy.dual,因此 numpy.dual.i0 将无条件引用 NumPy 版本,无论是否导入了 scipy.special

函数 expn 已被修改,在其定义域外(x, n < 0)返回 nan 而不是 inf

scipy.sparse 变化#

如果形状不是二维的,稀疏矩阵重塑现在会引发错误,而不是猜测其含义。现在的行为与 SciPy 1.1.0 之前相同。

CSRCSC 稀疏矩阵类现在在索引越界时应该返回相同类型的空矩阵。以前,在某些版本的 SciPy 中,这会引发 IndexError。这一改变主要是为了与 ndarraynumpy.matrix 的语义保持更大的一致性。

scipy.signal 变化#

scipy.signal.resample 对于长度为1的信号输入的行为已修复,输出一个恒定(DC)值而不是脉冲,这与FFT方法中信号周期性的假设一致。

scipy.signal.cwt 现在执行小波数据的复共轭和时间反转,这是对时间不对称小波的一个向后不兼容的错误修复。

scipy.stats 更改#

scipy.stats.loguniform 添加了更好的文档(作为 scipy.stats.reciprocal 的别名)。loguniform 生成在日志空间中概率相等的随机变量;例如,如果使用 loguniform(10 ** 0, 10 ** 2).rvs(),则 110100 的概率是相等的。

其他更改#

scipy.integrate.solve_ivpLSODA 方法现在能够正确检测刚性问题。

scipy.spatial.cKDTree 现在接受并正确处理空输入数据

scipy.stats.binned_statistic_dd 现在以数值稳定的方式计算标准差统计量。

scipy.stats.binned_statistic_dd 现在如果输入数据包含 np.nannp.inf,则会抛出错误。同样地,在 scipy.stats 中,现在所有连续分布的 .fit() 方法如果输入数据包含 np.nannp.inf 的任何实例,也会抛出错误。

作者#

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  • 安妮·阿奇博尔德

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  • 乔什·威尔逊

  • 山本健太郎 +

  • Dave Zbarsky +

共有 142 人参与了此次发布。名字旁边有“+”的人首次贡献了补丁。此名单是自动生成的,可能不完全完整。

1.4.0 版本关闭的问题#

  • #1255: Scipy.sparse.linalg gmres 的 maxiter 损坏,此外还有…

  • #1301: 整合来自插值和积分包的multipack.h…

  • #1739: 单精度 FFT 精度不足。(Trac #1212)

  • #1795: stats test_distributions.py: 替换旧的模糊测试 (Trac #1269)

  • #2233: 大数组下的 fftpack 段错误 (Trac #1714)

  • #2434: rmatmat 和线性算子对象的复杂性

  • #2477: stats.truncnorm.rvs() 对于负数… 不给出对称结果

  • #2629: FFTpack 在非2的幂次上速度慢得令人无法接受

  • #2883: scipy.interpolate.splrep 中的 UnboundLocalError

  • #2956: 功能请求:stats.entropy 函数的 axis 参数

  • #3528: 在 test_djbfft 上发生段错误(可能与 MKL 相关?)

  • #3793: cwt 也应该返回复数数组

  • #4464: TST: residue/residuez/invres/invresz 没有任何测试

  • #4561: BUG: tf 滤波器在 residuez 中去除前导和尾随零

  • #4669: 重写 sosfilt 以使输入仅循环一次?

  • #5040: BUG: (c)KDTrees 的空数据处理

  • #5112: boxcox 变换的边缘情况可以更加细致处理

  • #5441: scipy.stats.ncx2 在 nc=0 时失败

  • #5502: 在 optimize.curve_fit 中未处理 args 关键字

  • #6484: Qhull 段错误

  • #6900: 具有无限权重的线性求和分配

  • #6966: 超几何函数文档不足

  • #6999: 在压缩的 loadmat() 中可能存在误报的损坏检查

  • #7018: 需要广播的 ydata 导致 curve_fit 无法计算…

  • #7140: 关于Windows文档的问题

  • #7327: interpolate.ndgriddata.griddata 导致 Python 崩溃…

  • #7396: MatrixLinearOperator 实现了 _adjoint(),但没有实现 _transpose()

  • #7400: BUG(?): special: factorial 和 factorial2 返回一个 0 维的…

  • #7434: 对 scipy.stats 连续分布的测试遗漏了 25 个分布

  • #7491: 几个 scipy.stats 分布(fisk, burr, burr12, f)返回…

  • #7759: stats.kruskal 在大样本情况下溢出

  • #7906: scipy.interpolate.UnivariateSpline.integral 的结果错误…

  • #8165: ENH: 匹配 R 的 hmean 功能

  • #8417: optimimze.minimize(method=’L-BFGS-B’, options={‘disp’: True})…

  • #8535: UnivariateSpline 中的严格递增要求

  • #8815: [BUG] GMRES: 迭代次数仅在回调…时增加

  • #9207: scipy.linalg.solve_triangular 在 scipy.linalg.lu_factor 之后的速度

  • #9275: 新功能:在 svds 中添加 LOBPCG 求解器,除了 ARPACK

  • #9403: truncnorm.logpdf 的范围可以扩展

  • #9429: gaussian_kde 不适用于 numpy 矩阵

  • #9515: ndimage 实现依赖于未定义的行为

  • #9643: arpack 返回按升序排列的奇异值

  • #9669: DOC: matthew-brett/build-openblas 已被退役

  • #9852: scipy.spatial.ConvexHull 以代码 134 退出,free(): 无效…

  • #9902: scipy.stats.truncnorm 的二阶矩可能不正确

  • #9943: shgo 中的自定义采样方法不起作用

  • #9947: DOC: 关于 `nan_policy=’propagate` 的文档不正确…

  • #9994: BUG: 稀疏矩阵: reshape 方法允许形状包含任意…

  • #10036: 官方Nelder Mead教程使用了xtol而不是xatol,这…

  • #10078: 当目标函数…时,能否获得更好的错误信息

  • #10092: truncnorm.rvs 中的溢出

  • #10121: 一个小拼写错误

  • #10126: binned_statistic 中的 std 实现不准确

  • #10161: scipy.special.modstruve 文档中的错误

  • #10195: 带有 ‘const’ 外推的样条的导数也被外推…

  • #10206: 使用 scipy 1.3 进行稀疏矩阵索引

  • #10236: scipy.optimize 函数类型不匹配时出现非描述性错误…

  • #10258: 如果提供了猜测,LOBPCG 收敛失败

  • #10262: 距离矩阵缺少 dtype 检查 / 警告

  • #10271: BUG: 在轮子上优化失败

  • #10277: scipy.special.zeta(0) = NAN

  • #10292: DOC/REL: 发布说明的某些部分没有正确嵌套。

  • #10300: scipy.stats.rv_continuous.fit 在…时抛出空的 RuntimeError

  • #10319: scipy.integrate.solve_ivp 中的事件:如何设置一个事件…

  • #10323: 添加更多低级 LAPACK 包装器

  • #10360: firwin2 无意中修改了输入,可能会导致未定义的结果…

  • #10388: BLD: TestHerd::test_hetrd 在 Python-dbg 下核心转储

  • #10395: 移除关于缩放输出形状的警告

  • #10403: DOC: scipy.signal.resample 忽略 t 参数

  • #10421: Yeo-Johnson 幂变换在输入数据为整数时失败

  • #10422: BUG: scipy.fft 不支持多进程

  • #10427: ENH: 卷积数字应更新

  • #10444: BUG: scipy.spatial.transform.Rotation.match_vectors 返回不正确…

  • #10488: ENH: 为 scipy.fft 添加 DCTs/DSTs

  • #10501: BUG: scipy.spatial.HalfspaceIntersection 工作不正确

  • #10514: BUG: cKDTree GIL 处理不正确

  • #10535: TST: 主分支 CI 失败

  • #10588: 当 axes=None 和 shape… 时,scipy.fft 和 numpy.fft 的不一致性

  • #10628: Scipy python>3.6 Windows 轮子未包含 msvcp*.dll

  • #10733: 文档/错误: min_only 结果与文档不符

  • #10774: min_only=true 时 Djikstra 算法在重复索引情况下无限循环

  • #10775: 在给定NaN时,Radau中出现UnboundLocalError

  • #10835: io.wavfile.read 对错误的 wav 头文件不必要地引发错误

  • #10838: scipy.linalg.lu_factor 文档中的错误

  • #10875: DOC: 图形指南(使用 TikZ)

  • #10880: 在使用 trust-constr 方法的 minimize 中设置 verbose > 2 会导致…

  • #10887: scipy.signal.signaltools._fftconv_faster 的估计不正确

  • #10948: gammainc(0,x) = nan 但应为 1, gammaincc(0,x) = nan 但…

  • #10952: TestQRdelete_F.test_delete_last_p_col 测试失败

  • #10968: API: 将 normalized=False 更改为 normalize=True 在 Rotation

  • #10987: shgo 三角剖分中的内存泄漏

  • #10991: 运行 openBlas 时出错,可能缺少一个步骤

  • #11033: 在 Python 3.8 的 OSX 上出现死锁

  • #11041: 在TestTf2zpk.test_simple的轮子构建中测试失败

  • #11089: scipy.stats 中的回归问题,分布不再接受 loc 和 scale 参数

  • #11100: BUG: 多尺度图相关随机状态种子和并行使用

  • #11121: 调用 scipy.interpolate.splprep 会增加 RAM 使用量。

  • #11125: BUG: 当使用切片起始索引 > 终止索引对CSR或CSC稀疏矩阵进行切片时,会发生段错误

  • #11198: BUG: 稀疏 eigs (arpack) 移位-反转在某些 k 值下会丢失最小的特征值

1.4.0 的拉取请求#

  • #4591: BUG, TST: scipy.signal.residue 的几个问题

  • #6629: ENH: sparse: 在初始化时规范化

  • #7076: ENH: 为 scipy.signal.cwt 添加复数小波支持。

  • #8681: ENH 在 scipy.stats 中添加广义逆高斯分布

  • #9064: BUG/ENH: 在 LinearOperator 中添加了默认的 _transpose。修复了…

  • #9215: ENH: 对大型多维数据的Rbf插值

  • #9311: ENH: 在 scipy.special 中添加了 voigt。

  • #9642: ENH: integrate: 为向量值函数添加 quad() 方法

  • #9679: DOC: 扩展 exponweib 分布的文档字符串

  • #9684: TST: 添加 ppc64le ci 测试

  • #9800: WIP : ENH: 重构了 _hungarian.py 以提高速度并添加了 minimize/maximize…

  • #9847: DOC: 将积分教程改为使用 solve_ivp 而不是 odeint

  • #9876: ENH: 在可能的情况下使用 rfft 进行重采样

  • #9998: BUG: 在调用稀疏矩阵的 reshape 方法时不要移除 1 #9994

  • #10002: ENH: 为差分进化添加约束

  • #10098: ENH: integrate: 为 solve_ivp 添加 args 参数。

  • #10099: DOC: 为 linprog 添加缺失的 unknown_options 文档

  • #10104: BUG: 重写 stats.truncnorm 分布。

  • #10105: MAINT 提高 scipy.stats 中 rvs_ratio_uniforms 的效率

  • #10107: TST: 双退火设置种子

  • #10108: ENH: stats: 改进 kendall_tau 缓存使用

  • #10110: MAINT: _lib: 修复一个构建警告。

  • #10114: 修复:仅在最小化器(shgo)支持时打印边界

  • #10115: TST: 为 lsq_linear 添加一个设计矩阵几乎奇异的测试

  • #10118: MAINT: 修复 scipy.stats 中的 rdist 方法

  • #10119: MAINT: 改进 scipy.stats 中 randint 的 rvs

  • #10127: 修复记录数组字段名称中的拼写错误 (spatial-ckdtree-sparse_distance…)

  • #10130: MAINT: ndimage: 修复一些编译器警告。

  • #10131: DOC: 在1.4.0版本中记录solve_ivp参数的增强功能…

  • #10133: MAINT: 在 scipy.stats 中添加半圆分布的 rvs 方法

  • #10138: BUG: special: 无效参数传递给 ellip_harm 可能导致 Python 崩溃。

  • #10139: MAINT: spatial: 修复文件 distance_wrap.c 中的一些编译器警告。

  • #10140: ENH: 在 RuntimeWarning 的 except 子句中添加对 NaN 的处理

  • #10142: DOC: scipy.special.comb 的返回值

  • #10143: MAINT: 放宽 linprog 的 tol

  • #10152: BUG: 修复 shgo 的自定义采样输入,添加单元测试

  • #10154: MAINT: 添加矩并改进 scipy.stats 中 mielke 的文档

  • #10158: 问题 #6999: 在检查读取的字节之前读取 zlib 校验和。

  • #10166: BUG: 在 curve_fit pcov 计算中正确处理广播的 ydata。

  • #10167: DOC: special: 在 `modstruve` 文档字符串中添加缺失的 `i` 因子

  • #10168: MAINT: stats: 修复一个不正确的注释。

  • #10169: ENH: optimize: 当目标函数返回…时,澄清错误

  • #10172: DEV: 当传递 –parallel 标志时,并行运行测试…

  • #10173: ENH: 实现 DOP853 ODE 积分器

  • #10176: 修正了拼写错误

  • #10182: TST: 修复 stats.pearsonr 的测试问题

  • #10184: MAINT: stats: 简化 zmap 和 zscore(我们现在可以使用 keepdims)。

  • #10191: DOC: 修复 scipy.spatial 模块文档字符串中的格式问题。

  • #10193: DOC: 更新了 optimize.nnls 的文档字符串

  • #10198: DOC, ENH: special: 使 `hyp2f1` 参考更具体

  • #10202: DOC: 将 DST 和 DCT 定义格式化为 latex 方程

  • #10207: BUG: 压缩矩阵索引应返回标量

  • #10210: DOC: 更新 connected_components 中 connection=’weak’ 的文档

  • #10225: DOC: 澄清 ‘optimize’ 中旧函数的新的接口

  • #10231: DOC, MAINT: 更新发布文档 / pavement 的 gpg2

  • #10235: LICENSE: 将许可证文件拆分为标准的BSD 3条款和捆绑的。

  • #10238: ENH: 使用 pocketfft 添加新的 scipy.fft 模块

  • #10243: BUG: 修复 ARFF 读取器在引用值中的回归问题。

  • #10248: DOC: 更新 README 文件

  • #10255: CI: 将 OpenBLAS 升级以匹配轮子

  • #10264: TST: 为 stats.tvar 添加未展平数组的测试

  • #10280: MAINT: stats: 使用常数值表示 sqrt(2/PI)。

  • #10286: 开发文档大修

  • #10290: MAINT: 在 SciPy 根目录中弃用 NumPy 函数

  • #10291: 修复: 在检查可用性时避免导入 xdist

  • #10295: 在 __odrpack.c 中禁用已弃用的 Numpy API

  • #10296: ENH: 线性分配问题的C++扩展

  • #10298: ENH: 使 pade 函数支持复数输入

  • #10301: DOC: 修正 stats.anderson_ksamp 中的临界值显著性水平

  • #10307: 闵可夫斯基距离类型修复 (问题 #10262)

  • #10309: BUG: 直接传递 jac=None 给 lsoda

  • #10310: BUG: 插值: UnivariateSpline.derivative.ext 是 ‘zeros’…

  • #10312: FIX: 修复注释中的一个拼写错误

  • #10314: scipy.spatial 增强请求

  • #10315: DOC: 更新积分教程以使用solve_ivp

  • #10318: DOC: 更新 PPoly.solve 的示例

  • #10333: TST: 为 stats.tvar 添加未展平数组的测试

  • #10334: MAINT: special: 移除已弃用的 `hyp2f0`, `hyp1f2`, 和…

  • #10336: BUG: linalg/interpolative: 修复 interp_decomp 修改输入

  • #10341: BUG: sparse.linalg/gmres: 弃用回调对语义的影响…

  • #10344: DOC: 改进数学公式的措辞

  • #10345: ENH: 为 scipy.linalg.lapack 添加了 Tiled QR 包装器

  • #10350: MAINT: linalg: 在 linalg.dft 测试中使用新的 fft 子包…

  • #10351: BUG: 修复直方图中不稳定的标准差计算

  • #10353: 错误: interpolate.NearestNDInterpolator (问题 #10352)

  • #10357: DOC: linalg: 在dft…中引用scipy.fft.fft(而非fftpack)

  • #10359: DOC: 更新路线图,现在 scipy.fft 已被合并

  • #10361: ENH: 在 scipy.signal 中优先使用 scipy.fft 而不是 scipy.fftpack

  • #10371: DOC: 对 fft 文档的微调

  • #10372: DOC: 修正拼写错误

  • #10377: TST, MAINT: 对 pytest 5.0 的调整

  • #10378: ENH: _lib: 允许在 check_random_state 中使用新的 np.random.Generator

  • #10379: BUG: 稀疏: 设置写入能力以与 numpy>=1.17 向前兼容

  • #10381: BUG: 修复 gh-7491,fisk/burr/burr12/f 分布在 x=0 处的 pdf。

  • #10387: ENH: optimize/bfgs: 在初始点不要进行两次评估…

  • #10392: [DOC] 为 _binned_statistic_dd 添加一个示例

  • #10396: 移除关于缩放输出形状的警告

  • #10397: ENH: 为 sp.linalg.norm 添加 check_finite

  • #10399: ENH: 为稀疏矩阵添加 __round__ 方法

  • #10407: MAINT: 从 install_requires 中移除 pybind11,它仅用于构建时…

  • #10408: TST: 使用 pytest.raises,而不是 numpy assert_raises

  • #10409: CI: 在 Travis 上卸载 nose

  • #10410: [ENH] 当 nc=0 时,ncx2 分派到 chi2

  • #10411: TST: optimize: 测试应使用 assert_allclose 进行浮点比较

  • #10414: DOC: 在快速入门指南的其他部分添加 pybind11

  • #10417: DOC: special: 不要用 `[+]` 标记非ufuncs

  • #10423: 修复: 使用 pybind11::isinstace 检查数组 dtypes

  • #10424: DOC: 为 ttest_ind_from_stats 添加二进制数据的 doctest 示例

  • #10425: ENH: 添加缺失的 Hermitian 变换到 scipy.fft

  • #10426: MAINT: 修复文档构建错误

  • #10431: 更新 AIX 的 numpy 版本

  • #10433: MAINT: 对stats的小修复

  • #10434: BUG: special: 使 `ndtri` 在定义域外返回 NaN

  • #10435: BUG: 允许在 scipy.stats.yeojohnson 中使用整数输入数据

  • #10438: [DOC] 为峰度添加示例

  • #10440: ENH: special: 将 `ellipk` 设为 ufunc

  • #10443: MAINT: ndimage: malloc 失败检查

  • #10447: BLD: 将测试编译的输出重定向到一个临时目录

  • #10451: MAINT: signal: malloc 失败检查

  • #10455: 错误修复: 特殊函数: 修复`hyperu`在负`x`值时的结果

  • #10456: DOC: 添加了注释以澄清在 lbfgsb.f 中对 dcsrch.f 的调用

  • #10457: BUG: 允许 ckdtree 接受空数据输入

  • #10459: BUG:TST: 安全地计算 lwork

  • #10460: [DOC] 添加熵的示例

  • #10461: DOC: 快速入门指南更新

  • #10462: TST: 特殊: 仅显示测试点失败的 max atol/rtol

  • #10465: BUG: 正确对齐 fft 输入

  • #10467: ENH: 在 spatial.SphericalVoronoi 中降低内存的重复生成器检查

  • #10470: ENH: 在 scipy.fft 中规范化逆 DCT/DST

  • #10472: BENCH: 调整慢速 setup_cache 的超时时间

  • #10475: CI: 为 Travis-ci 包含 python 调试

  • #10476: TST: special: 使用 `__tracebackhide__` 以获得更好的错误信息

  • #10477: ENH: 在 spatial.SphericalVoronoi 中更快的区域构建

  • #10479: BUG: stats: 修复分布的 fit 方法的一些问题。

  • #10480: 在 _distn_infrastructure.py 的 fit() 方法中添加 RuntimeError

  • #10481: BENCH, MAINT: wheel_cache_size 已重命名为 build_cache_size

  • #10494: ENH: 在 spatial.SphericalVoronoi 中加快了外心计算

  • #10500: Splrep _curfit_cache 全局变量错误修复

  • #10503: BUG: spatial/qhull: 从…获取 HalfspaceIntersection.dual_points

  • #10506: DOC: interp2d, 注意最近邻外推

  • #10507: MAINT: 移除 fortran fftpack 库,改为使用 pypocketfft

  • #10508: TST: 修复循环导入测试中的一个错误。

  • #10509: MAINT: 设置 _build_utils 为子包

  • #10516: BUG: 在 cKDTree 中使用 nogil 上下文

  • #10517: ENH: fftconvolve 不应对可广播轴进行 FFT

  • #10518: ENH: 加速 fftconvolve

  • #10520: DOC: 为已弃用功能和向后兼容性提供正确的 .rst 格式…

  • #10523: DOC: 改进 scipy.signal.resample 文档

  • #10524: ENH: 添加 MGC 到 scipy.stats

  • #10525: [ENH] 当 nc=0 时,ncx2.ppf 分派到 chi2

  • #10526: DOC: 澄清拉普拉斯归一化

  • #10528: API: 将 scipy.fft 中的 DCT/DST 形状参数重命名为 s

  • #10531: BUG: 修复了 spatial.transform.rotation.match_vectors 中的不正确旋转

  • #10533: [DOC] 为 winsorize 函数添加示例

  • #10539: MAINT: special: 不要在`numpy.dual`中注册`i0`

  • #10540: MAINT: 修复 Travis 和 Circle

  • #10542: MAINT: interpolate: 使用 cython_lapack

  • #10547: 功能请求。将最远点Voronoi图添加到scipy.spatial.plotutils。

  • #10549: [BUG] 修复当 inclusive=False 时 trimr 中的错误

  • #10552: 添加 scipy.signal.upfirdn 信号扩展模式

  • #10555: MAINT: special: 将 `c_misc` 移入 Cephes

  • #10556: [DOC] 为 trima 添加示例

  • #10562: [DOC] 修复了修剪后的三重字符串,以便 __doc__ 可以显示…

  • #10563: 改进 least_squares 错误信息以处理形状不匹配的情况

  • #10564: ENH: linalg: 缓存 get_lapack/blas_funcs 以加速

  • #10566: ENH: 添加最大流问题求解器的实现

  • #10567: BUG: 空间: 使用 c++11 构造获取向量的起始位置…

  • #10568: DOC: special: 对 `zetac` 文档字符串的小调整

  • #10571: [ENH] Gaussian_kde 可以接受矩阵数据集

  • #10574: ENH: linalg: 通过避免使用 numpy 结构来加速 _compute_lwork

  • #10582: 修复了捆绑库中因拼写错误而恢复的拼写错误

  • #10583: ENH: special: 添加黎曼zeta函数的解析延拓

  • #10584: 维护: 特殊: 清理 `special.__all__`

  • #10586: BUG: 多维 scipy.fft 函数应接受 ‘s’ 而不是…

  • #10587: BUG: 积分/lsoda: 永不中止运行,改为设置错误 istate

  • #10594: API: 当给定 s 但未给定…时,复制 numpy 的 fftn 行为

  • #10599: DOC: dev: 更新文档与 GitHub 拉取请求工作流程…

  • #10603: MAINT: 安装脚本已移除

  • #10604: MAINT: 在许多地方将 c*np.ones(…) 改为 np.full(…, c, …)…

  • #10608: 单变量样条应要求 x 严格递增…

  • #10613: ENH: 为 gaussian_kde.resample 添加 seed 选项

  • #10614: ENH: 为 scipy.fft 添加并行计算

  • #10615: MAINT: 插值: 移除未使用的头文件

  • #10616: MAINT: 清理32位平台的xfail标记

  • #10618: BENCH: 在最小化基准测试中添加了 ‘trust-constr’

  • #10621: [MRG] lobpcg 中的多项稳定性更新

  • #10622: MAINT: 前向移植 1.3.1 版本发布说明

  • #10624: DOC: stats: 修正 ‘support’ 的拼写。

  • #10627: DOC: stats: 为 alpha 分布添加参考文献。

  • #10629: MAINT: special: 在负数情况下,避免`zeta`函数溢出…

  • #10630: TST: GH10271, 放宽测试断言, 修复 #10271

  • #10631: DOC: nelder-mean 使用 xatol 修复 #10036

  • #10633: BUG: 插值: 当两个极限…时,integral(a, b) 应为零

  • #10635: DOC: special: 完成超几何函数文档

  • #10636: BUG: special: 当 `hyp1f1` 收敛迅速时,使用级数

  • #10641: ENH: 允许匹配一般二分图

  • #10643: ENH: scipy.sparse.linalg.spsolve 三角单位对角线

  • #10650: ENH: 使用Cython优化sosfilt

  • #10654: 文档: 表格条目的垂直对齐

  • #10655: ENH: 用于 scipy 开发的 Dockerfile

  • #10660: TST: 清理 scipy.stats 中 rvs 的测试

  • #10664: 对于 binned_statistic_dd() 的非有限输入抛出错误

  • #10665: DOC: special: 改进了`gamma`和`gammasgn`的文档字符串

  • #10669: TST: 更新 scipy.fft 实数变换测试

  • #10670: DOC: 澄清 scipy.signal.butter 的文档和错误信息

  • #10672: ENH: 在使用 solve_ivp 时,当使用事件时返回解属性

  • #10675: MAINT: special: 为 `iv` 参数添加显式的 NaN 检查

  • #10679: DOC: special: 为 `beta` 函数添加文档

  • #10681: TST: sparse.linalg: 修复 arnoldi 测试种子

  • #10682: DOC: special: 为 `betainc` 函数添加文档

  • #10684: TST: special: 需要 Mpmath 1.1.0 以运行 `test_hyperu_around_0`

  • #10686: 修复:sphinx 的 isattributedescriptor 在 sphinx… 中不可用

  • #10687: DOC: 由 @andyfaff 添加了 Docker 快速启动指南

  • #10689: DOC: special: 澄清…的参数/返回部分的格式

  • #10690: DOC: special: 改进了不完全伽马函数的文档字符串

  • #10692: 增强:在 `spatial.SphericalVoronoi` 中支持更高维输入

  • #10694: ENH: ScalarFunction.fun_and_grad

  • #10698: DOC: special: 为 `betaincinv` 添加文档

  • #10699: MAINT: 移除时间打印 lbfgsb 修复 #8417

  • #10701: TST, MAINT: 将 OpenBLAS 升级到 0.3.7 稳定版

  • #10702: DOC: 澄清迭代会消耗多次函数调用

  • #10703: DOC: iprint doc lbfgsb 关闭 #5482

  • #10708: TST: 在 gh1758 中建议的测试

  • #10710: ENH: 在 `stats` 中的 circ 函数中添加了 nan_policy

  • #10712: ENH: 在 stats.entropy 中添加 axis 参数

  • #10714: DOC: 格式修复 rv_continuous.expect 文档

  • #10715: DOC: BLD: 更新文档 Makefile 以适应 Python 版本;添加 scipy 版本…

  • #10717: MAINT: 现代化 doc/Makefile

  • #10719: 启用设置 minres 初始向量

  • #10720: DOC: 在文档构建中为 `stats.binned_statistic_dd` 静默随机警告

  • #10724: DEV: 在 runtests.py 中添加文档选项

  • #10728: MAINT: 移除 lobpcg 测试留下的 gramA, gramB 文本文件…

  • #10732: DOC: 在Dijkstra算法的docstring中添加min_only

  • #10734: DOC: 在最短…中明确源和目标之间的区别

  • #10735: 修复 Python 4 的问题

  • #10739: BUG: optimize/slsqp: 处理奇异BFGS更新

  • #10741: ENH: 为 ?geequ, ?geequb, ?syequb, ?heequb 添加 LAPACK 包装器

  • #10742: DOC: special: 在 `gammaln` 的文档字符串中添加内容

  • #10743: ENH: special: 为 `wrightomega` 添加实数调度

  • #10746: MAINT: 修复注释、文档和测试名称中的拼写错误

  • #10747: 移除多余的引号

  • #10750: MAINT: 使cython代码更加精确

  • #10751: MAINT: 检查 scipy.linalg.lapack 函数的文档

  • #10752: MAINT: special: 在Cephes中使用`sf_error`

  • #10755: DOC: cluster: 为 kmeans2 添加 ‘参见’ 和 ‘示例’。

  • #10763: MAINT: 最小化方法列表

  • #10768: BUG: 修复 sos2zpk 的边缘情况

  • #10773: 修复scipy.fftpack.rfft和irfft对复数输入的错误类型

  • #10776: 增强:在 `spatial.SphericalVoronoi` 中处理测地线输入

  • #10777: MAINT: 最小化器–>自定义应处理各种边界/约束……

  • #10781: ENH: solve_triangular C 顺序改进

  • #10787: 修复`exp1`在分支切割上的行为并添加文档字符串

  • #10789: DOC: special: 为 erfc/erfcx/erfi 添加参数/返回值文档部分

  • #10790: Travis CI: sudo 已被弃用,Xenial 是默认的发行版

  • #10792: DOC: special: 为 `expi` 添加完整文档字符串

  • #10799: DOC: special: 为 `expn` 添加完整的文档字符串

  • #10800: 文档编辑 (GSoD)

  • #10802: BUG: 修复 Radau 中的 UnboundLocalError (scipy#10775)

  • #10804: ENH: 使用LRU缓存加速next_fast_len

  • #10805: DOC: 修复 signal.place_poles 中的不平衡引号

  • #10809: ENH: 加速 next_fast_len

  • #10810: ENH: 对错误的Fortran文件引发可捕获的异常

  • #10811: MAINT: 优化: 从 _remove_redundancy_dense 中移除多余变量

  • #10813: MAINT: special: 从 _kolmogi 和 _smirnovi 中移除未使用的变量

  • #10815: DOC, API: scipy.stats.reciprocal 是“对数均匀”

  • #10816: MAINT: special: 移除已弃用的 `bessel_diff_formula`

  • #10817: DOC: special: 完成 `fresnel` 的文档字符串

  • #10820: 修复了 compiler_helper.py 以允许在 Linux 上使用 ICC 进行编译

  • #10823: DOC: 更新了参考指南文本以保持写作一致性…

  • #10825: MAINT: special: 更改 Voigt 函数的一些特性

  • #10828: MAINT: integrate: 从 init_callback 中移除未使用的变量

  • #10830: 在 svds 中添加 LOBPCG 求解器,除了 ARPACK

  • #10837: WIP: ENH: 为 `spatial.tranform.Rotation` 添加简化函数…

  • #10843: ENH: 为 stats.zscores 添加可选参数以允许…

  • #10845: 重新基于 kruskal 修复

  • #10847: 从 scipy.sparse.lil 中移除冗余的 __getitem__

  • #10848: 更好地处理空(非缺失)文档字符串

  • #10849: ENH: 为 LinearOperator 实现 rmatmat

  • #10850: MAINT : 重构 lil 列表

  • #10851: DOC: 在 scipy.spatial 教程中添加一个生成艺术示例。

  • #10852: DOC: linalg: 修复了 gh-10838 示例中未使用的导入已删除

  • #10854: DOC: special: 为 `pdtr` 添加完整的文档字符串

  • #10861: ENH: 在 stats.binned_statistic_dd 中重用 binnumbers 的选项

  • #10863: DOC: 对 scipy.stats 参考文献的部分标准化和验证…

  • #10865: BUG: special: 修复无限 `a` 时伽马函数不完整的问题

  • #10866: ENH: 在 spatial.transform.Rotation 中计算均值

  • #10867: MAINT: 同时存储latex目录

  • #10869: ENH: 实现重叠-相加卷积

  • #10870: ENH: 如果读取的 wavfile 数据没有引发 EOF 错误

  • #10876: ENH: 在 scipy.stats 中添加 beta-binomial 分布

  • #10878: MAINT: 更新 R 项目 URL

  • #10883: MAINT: (ndimage) 更健壮的检查输出是否为 numpy 数据类型

  • #10884: DOC: 添加了关于如何向 scipy.stats 添加新分布的说明。

  • #10885: [BUG] 修复 lobpcg 在 maxiter=None 时导致异常的问题

  • #10899: ENH: 匹配 R 功能的 hmean

  • #10900: MAINT: stats: 使用 keepdims 简化 power_divergence 中的几行代码。

  • #10901: ENH: sparse/linalg: 支持 pydata/sparse 矩阵

  • #10907: 检查`maxiter`是否为整数

  • #10912: ENH: 当`weight=…`时,警告用户quad()忽略`points=…`…

  • #10918: CI: 修复 Travis CI py3.8 构建

  • #10920: MAINT: 更新常量至codata 2018值(第二次尝试)

  • #10921: ENH: scipy.sparse.lil: tocsr 加速

  • #10924: BUG: 禁止在 scipy.optimize.curve_fit 中将 ‘args’ 作为关键字参数传递

  • #10928: DOC: 在 io.wavfile 文档字符串中添加示例

  • #10934: 拼写错误修复

  • #10935: BUG: 避免浮点数转换为无符号整数时的未定义行为

  • #10936: DOC: 为 stats.mstats.variation 添加了缺失的示例

  • #10939: ENH: scipy.sparse.lil: 根据密度加速 tocsr

  • #10946: BUG: 在使用 trust-constr 方法的 minimize 中设置 verbose > 2 …

  • #10947: DOC: special: 对 `poch` 文档字符串的小改进

  • #10949: BUG: 修复 erlang_gen._argcheck 的返回类型

  • #10951: DOC: 修复了Ricker小波公式

  • #10954: BUG: special: 修复 `factorial` 对 0-d 输入的返回类型

  • #10955: MAINT: 放宽 assert_unitary 的 atol 值

  • #10956: WIP: 使 pdtr(int, double) 变为 pdtr(double, double)

  • #10957: BUG: 确保长双精度测试数据的全二进制兼容性

  • #10964: ENH: 使 Slerp 可调用标量参数

  • #10972: BUG: 处理zpk2sos中的复数增益

  • #10975: TST: 跳过 test_kendalltau ppc64le

  • #10978: BUG: boxcox 数据维度和常数检查 #5112

  • #10979: API: 在 Rotation 类中将 dcm 重命名为 (rotation) matrix

  • #10981: MAINT: 为 igam 和 igamc 添加 a==0 且 x>0 边缘情况的支持

  • #10986: MAINT: 从 signaltools.py 中移除对 numpy 的直接导入

  • #10988: BUG: signal: 修复了 #10360 问题

  • #10989: 修复 binned_statistic_dd Mac 轮测试失败

  • #10990: BUG: 修复shgo三角剖分中的内存泄漏

  • #10992: TST: 放宽upfirdn test_modes中的容差

  • #10993: TST: 在优化测试中提高容差

  • #10997: MAINT: 重构 residue 和 residuez

  • #11001: DOC: 更新了Windows构建教程

  • #11004: BUG: integrate/quad_vec: 修复了 quad_vec 中的几个错误

  • #11005: TST: 添加 Python 3.8 Win CI

  • #11006: DOC: special: 为 `kl_div` 添加参考文献

  • #11012: MAINT: 重构 invres 和 invresz

  • #11015: DOC: special: 为 `rel_entr` 添加参考文献

  • #11017: DOC: 对 morestats.py 进行 numpydoc 验证

  • #11018: MAINT: 过滤不相关的警告

  • #11031: MAINT: 更新 choose_conv_method 以适应 pocketfft 实现

  • #11034: MAINT: TST: 跳过多进程使用“spawn”的测试…

  • #11036: DOC: 更新 doc/README 文件,添加更多有用内容。

  • #11037: DOC: special: 为 `rgamma` 添加完整的文档字符串

  • #11038: DOC: special: 为 polygamma 函数添加参考

  • #11042: TST: 修复由于复数排序错误导致的tf2zpk测试失败。

  • #11044: MAINT: choose_conv_method 可以选择 fftconvolution 用于 longcomplex

  • #11046: TST: 减少对 ppc64le 的容差与参考 lapack

  • #11048: DOC: special: 为正交多项式函数添加参考

  • #11049: MAINT: 正确的随机数初始化和可读性修复

  • #11051: MAINT: pep8 清理

  • #11054: TST: 提高 dual_annealing SLSQP 测试的精度

  • #11055: DOC: special: 为 `zeta` 添加参考文献

  • #11056: API: 弃用了 Rotation 中的 normalized 关键字

  • #11065: DOC: Ubuntu 开发环境快速入门不应修改…

  • #11066: BUG: 跳过对 numpy 顶级类型的弃用

  • #11067: DOC: 更新了文档以保持写作风格的一致性

  • #11070: DOC: 对Ubuntu开发环境快速启动的修订应…

  • #11073: DOC: 修复 1.4.0 版本发布说明

  • #11081: API: 用 align_vectors 替换 Rotation.match_vectors

  • #11083: DOC: 更多 1.4.0 发布说明修复

  • #11092: BUG: stats: 修复某些分布的冻结问题

  • #11096: BUG: scipy.sparse.csgraph: 修复了 #10774 问题

  • #11124: 修复与 _stats.pyx 相关的 Cython 警告

  • #11126: BUG: interpolate/fitpack: 修复 splprep 中的内存泄漏

  • #11127: 避免CSR和CSC矩阵索引中的潜在段错误

  • #11152: BUG: 修复多尺度图相关随机状态错误

  • #11166: BUG: 空稀疏切片形状

  • #11167: BUG: 信号重采样中的冗余 fft

  • #11181: TST: 修复 aarch64 测试的容差

  • #11182: TST: 提高 test_maxiter_worsening 的容差

  • #11199: BUG: sparse.linalg: 非对称实数移位-反转 ARPACK 特征值选择中的错误