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BioGPT

BioGPT

概述

BioGPT模型由Renqian Luo、Liai Sun、Yingce Xia、Tao Qin、Sheng Zhang、Hoifung Poon和Tie-Yan Liu在BioGPT: generative pre-trained transformer for biomedical text generation and mining中提出。BioGPT是一个特定领域的生成式预训练Transformer语言模型,用于生物医学文本生成和挖掘。BioGPT遵循Transformer语言模型的主干结构,并从15M的PubMed摘要中从头开始进行预训练。

论文的摘要如下:

预训练语言模型在生物医学领域引起了越来越多的关注,这得益于它们在通用自然语言领域的巨大成功。在通用语言领域的两个主要预训练语言模型分支中,即BERT(及其变体)和GPT(及其变体),前者已在生物医学领域得到了广泛研究,例如BioBERT和PubMedBERT。尽管它们在各种判别性下游生物医学任务中取得了巨大成功,但生成能力的缺乏限制了它们的应用范围。在本文中,我们提出了BioGPT,这是一个在大规模生物医学文献上预训练的领域特定生成Transformer语言模型。我们在六个生物医学自然语言处理任务上评估了BioGPT,并证明我们的模型在大多数任务上优于之前的模型。特别是在BC5CDR、KD-DTI和DDI端到端关系抽取任务上,我们分别获得了44.98%、38.42%和40.76%的F1分数,并在PubMedQA上获得了78.2%的准确率,创造了新的记录。我们对文本生成的案例研究进一步证明了BioGPT在生物医学文献上生成流畅的生物医学术语描述的优势。

该模型由kamalkraj贡献。原始代码可以在这里找到。

使用提示

  • BioGPT 是一个具有绝对位置嵌入的模型,因此通常建议在右侧而不是左侧填充输入。
  • BioGPT 使用因果语言建模(CLM)目标进行训练,因此在预测序列中的下一个标记方面非常强大。利用这一特性,BioGPT 可以生成语法连贯的文本,正如在 run_generation.py 示例脚本中所观察到的那样。
  • 模型可以接受past_key_values(对于PyTorch)作为输入,这是先前计算的键/值注意力对。使用这个(past_key_values或past)值可以防止模型在文本生成上下文中重新计算预先计算的值。对于PyTorch,请参阅BioGptForCausalLM.forward()方法的past_key_values参数以获取更多关于其使用的信息。

使用缩放点积注意力 (SDPA)

PyTorch 包含一个原生的缩放点积注意力(SDPA)操作符,作为 torch.nn.functional 的一部分。这个函数 包含了几种实现,可以根据输入和使用的硬件进行应用。更多信息请参阅 官方文档GPU 推理 页面。

默认情况下,当有可用实现时,SDPA 用于 torch>=2.1.1,但你也可以在 from_pretrained() 中设置 attn_implementation="sdpa" 来明确请求使用 SDPA。

from transformers import BioGptForCausalLM
model = BioGptForCausalLM.from_pretrained("microsoft/biogpt", attn_implementation="sdpa", torch_dtype=torch.float16)

在本地基准测试(NVIDIA GeForce RTX 2060-8GB,PyTorch 2.3.1,操作系统 Ubuntu 20.04)中,使用float16microsoft/biogpt模型以及CausalLM头,我们在训练期间看到了以下加速效果。

为了获得最佳加速效果,我们建议以半精度加载模型(例如 torch.float16torch.bfloat16)。

训练步数 批量大小 序列长度 是否使用cuda 每批次时间(eager - 秒) 每批次时间(sdpa - 秒) 加速百分比 Eager峰值内存(MB) sdpa峰值内存(MB) 内存节省百分比
100 1 128 False 0.038 0.031 21.301 1601.862 1601.497 0.023
100 1 256 False 0.039 0.034 15.084 1624.944 1625.296 -0.022
100 2 128 False 0.039 0.033 16.820 1624.567 1625.296 -0.045
100 2 256 False 0.065 0.059 10.255 1672.164 1672.164 0.000
100 4 128 False 0.062 0.058 6.998 1671.435 1672.164 -0.044
100 4 256 False 0.113 0.100 13.316 2350.179 1848.435 27.144
100 8 128 False 0.107 0.098 9.883 2098.521 1848.435 13.530
100 8 256 False 0.222 0.196 13.413 3989.980 2986.492 33.601

在本地基准测试(NVIDIA GeForce RTX 2060-8GB,PyTorch 2.3.1,操作系统 Ubuntu 20.04)中,使用float16microsoft/biogpt模型以及一个简单的AutoModel头,我们在推理过程中看到了以下加速效果。

num_batches batch_size seq_len 是否使用CUDA 是否使用半精度 使用掩码 每个令牌的延迟(eager模式,毫秒) 每个令牌的延迟(SDPA模式,毫秒) 加速百分比 内存使用(eager模式,MB) 内存使用(BT模式,MB) 内存节省百分比
50 1 64 True True True 0.115 0.098 17.392 716.998 716.998 0.000
50 1 128 True True True 0.115 0.093 24.640 730.916 730.916 0.000
50 2 64 True True True 0.114 0.096 19.204 730.900 730.900 0.000
50 2 128 True True True 0.117 0.095 23.529 759.262 759.262 0.000
50 4 64 True True True 0.113 0.096 18.325 759.229 759.229 0.000
50 4 128 True True True 0.186 0.178 4.289 816.478 816.478 0.000

资源

BioGptConfig

transformers.BioGptConfig

< >

( vocab_size = 42384 hidden_size = 1024 num_hidden_layers = 24 num_attention_heads = 16 intermediate_size = 4096 hidden_act = 'gelu' hidden_dropout_prob = 0.1 attention_probs_dropout_prob = 0.1 max_position_embeddings = 1024 initializer_range = 0.02 layer_norm_eps = 1e-12 scale_embedding = True use_cache = True layerdrop = 0.0 activation_dropout = 0.0 pad_token_id = 1 bos_token_id = 0 eos_token_id = 2 **kwargs )

参数

  • vocab_size (int, 可选, 默认为 42384) — BioGPT 模型的词汇量大小。定义了调用 BioGptModel 时传递的 inputs_ids 可以表示的不同标记的数量。
  • hidden_size (int, optional, defaults to 1024) — 编码器层和池化层的维度。
  • num_hidden_layers (int, optional, 默认为 24) — Transformer 编码器中的隐藏层数量。
  • num_attention_heads (int, optional, 默认为 16) — Transformer 编码器中每个注意力层的注意力头数。
  • intermediate_size (int, optional, 默认为 4096) — Transformer 编码器中“中间”(即前馈)层的维度。
  • hidden_act (strfunction, 可选, 默认为 "gelu") — 编码器和池化器中的非线性激活函数(函数或字符串)。如果是字符串,支持 "gelu""relu""selu""gelu_new"
  • hidden_dropout_prob (float, optional, 默认为 0.1) — 嵌入层、编码器和池化器中所有全连接层的 dropout 概率。
  • attention_probs_dropout_prob (float, optional, 默认为 0.1) — 注意力概率的丢弃比例。
  • max_position_embeddings (int, optional, 默认为 1024) — 此模型可能使用的最大序列长度。通常将其设置为较大的值以防万一(例如,512 或 1024 或 2048)。
  • initializer_range (float, optional, 默认为 0.02) — 用于初始化所有权重矩阵的 truncated_normal_initializer 的标准差。
  • layer_norm_eps (float, optional, 默认为 1e-12) — 层归一化层使用的 epsilon 值。
  • scale_embedding (bool, optional, defaults to True) — 通过除以 sqrt(d_model) 来缩放嵌入。
  • use_cache (bool, 可选, 默认为 True) — 模型是否应返回最后的键/值注意力(并非所有模型都使用)。仅在 config.is_decoder=True 时相关。
  • layerdrop (float, optional, 默认为 0.0) — 请参考关于 LayerDrop 的论文:https://arxiv.org/abs/1909.11556 以获取更多详细信息
  • activation_dropout (float, optional, defaults to 0.0) — 全连接层内部激活的dropout比率。
  • pad_token_id (int, optional, 默认为 1) — 填充标记的ID.
  • bos_token_id (int, optional, 默认为 0) — 流的开始标记 id.
  • eos_token_id (int, optional, 默认为 2) — 流结束标记的ID.

这是用于存储BioGptModel配置的配置类。它用于根据指定的参数实例化一个BioGPT模型,定义模型架构。使用默认值实例化配置将产生与BioGPT microsoft/biogpt架构类似的配置。

配置对象继承自PretrainedConfig,可用于控制模型输出。阅读PretrainedConfig的文档以获取更多信息。

示例:

>>> from transformers import BioGptModel, BioGptConfig

>>> # Initializing a BioGPT microsoft/biogpt style configuration
>>> configuration = BioGptConfig()

>>> # Initializing a model from the microsoft/biogpt style configuration
>>> model = BioGptModel(configuration)

>>> # Accessing the model configuration
>>> configuration = model.config

BioGptTokenizer

transformers.BioGptTokenizer

< >

( vocab_file merges_file unk_token = '' bos_token = '' eos_token = '' sep_token = '' pad_token = '' **kwargs )

参数

  • vocab_file (str) — 词汇表文件的路径。
  • merges_file (str) — 合并文件.
  • unk_token (str, optional, defaults to "") — 未知标记。不在词汇表中的标记无法转换为ID,而是设置为该标记。
  • bos_token (str, optional, defaults to "<s>") — The beginning of sequence token that was used during pretraining. Can be used a sequence classifier token.

    在使用特殊标记构建序列时,这不是用于序列开头的标记。使用的标记是cls_token

  • eos_token (str, optional, defaults to "</s>") — The end of sequence token.

    在使用特殊标记构建序列时,这不是用于序列结束的标记。 使用的标记是sep_token

  • sep_token (str, 可选, 默认为 "") — 分隔符标记,用于从多个序列构建序列时,例如用于序列分类的两个序列或用于问答的文本和问题。它也用作使用特殊标记构建的序列的最后一个标记。
  • pad_token (str, optional, defaults to "") — 用于填充的标记,例如在批处理不同长度的序列时使用。

构建一个FAIRSEQ Transformer分词器。使用Moses分词后接Byte-Pair编码。

此分词器继承自PreTrainedTokenizer,其中包含了大部分主要方法。用户应参考此超类以获取有关这些方法的更多信息。

保存词汇表

< >

( 保存目录: str 文件名前缀: typing.Optional[str] = None )

BioGptModel

transformers.BioGptModel

< >

( config: BioGptConfig )

参数

  • config (~BioGptConfig) — 包含模型所有参数的模型配置类。 使用配置文件初始化不会加载与模型相关的权重,只会加载配置。查看 from_pretrained() 方法以加载模型权重。

裸的BioGPT模型转换器,输出原始隐藏状态,没有任何特定的头部。 该模型是PyTorch torch.nn.Module 的子类。将其用作常规的PyTorch模块,并参考PyTorch文档以获取与一般使用和行为相关的所有信息。

前进

< >

( input_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = None attention_mask: typing.Optional[torch.FloatTensor] = None head_mask: typing.Optional[torch.FloatTensor] = None inputs_embeds: typing.Optional[torch.FloatTensor] = None past_key_values: typing.Optional[typing.Tuple[typing.Tuple[torch.Tensor]]] = None use_cache: typing.Optional[bool] = None output_attentions: typing.Optional[bool] = None output_hidden_states: typing.Optional[bool] = None return_dict: typing.Optional[bool] = None ) transformers.modeling_outputs.BaseModelOutputWithPastAndCrossAttentionstuple(torch.FloatTensor)

参数

  • input_ids (torch.LongTensor of shape (batch_size, sequence_length)) — Indices of input sequence tokens in the vocabulary.

    可以使用AutoTokenizer获取索引。详情请参见PreTrainedTokenizer.encode()PreTrainedTokenizer.call()

    什么是输入ID?

  • attention_mask (torch.FloatTensor of shape (batch_size, sequence_length), optional) — Mask to avoid performing attention on padding token indices. Mask values selected in [0, 1]:
    • 1 for tokens that are not masked,
    • 0 for tokens that are masked.

    什么是注意力掩码?

  • head_mask (torch.FloatTensor 形状为 (num_heads,)(num_layers, num_heads), 可选) — 用于屏蔽自注意力模块中选定的头部的掩码。掩码值在 [0, 1] 中选择:
    • 1 表示头部 未被屏蔽,
    • 0 表示头部 被屏蔽.
  • inputs_embeds (torch.FloatTensor 形状为 (batch_size, sequence_length, hidden_size), 可选) — 可选地,您可以选择直接传递嵌入表示,而不是传递 input_ids。如果您希望对如何将 input_ids 索引转换为相关向量有更多控制,而不是使用模型的内部嵌入查找矩阵,这将非常有用。
  • past_key_values (tuple(tuple(torch.FloatTensor)), optional, returned when use_cache=True is passed or when config.use_cache=True) — Tuple of tuple(torch.FloatTensor) of length config.n_layers, with each tuple having 2 tensors of shape (batch_size, num_heads, sequence_length, embed_size_per_head)) and 2 additional tensors of shape (batch_size, num_heads, encoder_sequence_length, embed_size_per_head).

    包含预先计算的隐藏状态(自注意力块和交叉注意力块中的键和值),这些状态可用于(参见past_key_values输入)以加速顺序解码。

    如果使用了past_key_values,用户可以选择只输入形状为(batch_size, 1)的最后一个decoder_input_ids(那些没有将其过去键值状态提供给此模型的),而不是形状为(batch_size, sequence_length)的所有decoder_input_ids

  • inputs_embeds (torch.FloatTensor of shape (batch_size, sequence_length, hidden_size), optional) — 可选地,您可以选择直接传递嵌入表示,而不是传递input_ids。 如果您希望对如何将input_ids索引转换为相关向量有更多控制,而不是使用模型的内部嵌入查找矩阵,这将非常有用。
  • use_cache (bool, 可选) — 如果设置为 Truepast_key_values 键值状态将被返回,并可用于加速解码(参见 past_key_values)。
  • output_attentions (bool, 可选) — 是否返回所有注意力层的注意力张量。有关更多详细信息,请参见返回张量中的attentions
  • output_hidden_states (bool, 可选) — 是否返回所有层的隐藏状态。有关更多详细信息,请参见返回张量下的hidden_states
  • return_dict (bool, 可选) — 是否返回一个ModelOutput而不是一个普通的元组。

返回

transformers.modeling_outputs.BaseModelOutputWithPastAndCrossAttentionstuple(torch.FloatTensor)

一个 transformers.modeling_outputs.BaseModelOutputWithPastAndCrossAttentions 或一个由 torch.FloatTensor 组成的元组(如果传递了 return_dict=False 或当 config.return_dict=False 时),包含各种 元素,具体取决于配置(BioGptConfig)和输入。

  • last_hidden_state (torch.FloatTensor 形状为 (batch_size, sequence_length, hidden_size)) — 模型最后一层输出的隐藏状态序列。

    如果使用了 past_key_values,则只输出形状为 (batch_size, 1, hidden_size) 的序列的最后一个隐藏状态。

  • past_key_values (tuple(tuple(torch.FloatTensor)), 可选, 当传递了 use_cache=True 或当 config.use_cache=True 时返回) — 长度为 config.n_layerstuple(torch.FloatTensor) 元组,每个元组包含 2 个形状为 (batch_size, num_heads, sequence_length, embed_size_per_head) 的张量,并且如果 config.is_encoder_decoder=True,则还包含 2 个形状为 (batch_size, num_heads, encoder_sequence_length, embed_size_per_head) 的额外张量。

    包含预先计算的隐藏状态(自注意力块中的键和值,并且如果 config.is_encoder_decoder=True,则还包含交叉注意力块中的键和值),这些隐藏状态可以用于(参见 past_key_values 输入)加速顺序解码。

  • hidden_states (tuple(torch.FloatTensor), 可选, 当传递了 output_hidden_states=True 或当 config.output_hidden_states=True 时返回) — 由 torch.FloatTensor 组成的元组(一个用于嵌入层的输出,如果模型有嵌入层,+ 一个用于每一层的输出)形状为 (batch_size, sequence_length, hidden_size)

    模型在每一层输出处的隐藏状态加上可选的初始嵌入输出。

  • attentions (tuple(torch.FloatTensor), 可选, 当传递了 output_attentions=True 或当 config.output_attentions=True 时返回) — 由 torch.FloatTensor 组成的元组(每一层一个)形状为 (batch_size, num_heads, sequence_length, sequence_length)

    注意力 softmax 后的注意力权重,用于计算自注意力头中的加权平均值。

  • cross_attentions (tuple(torch.FloatTensor), 可选, 当传递了 output_attentions=Trueconfig.add_cross_attention=True 或当 config.output_attentions=True 时返回) — 由 torch.FloatTensor 组成的元组(每一层一个)形状为 (batch_size, num_heads, sequence_length, sequence_length)

    解码器的交叉注意力层的注意力权重,在注意力 softmax 后,用于计算交叉注意力头中的加权平均值。

BioGptModel 的 forward 方法,重写了 __call__ 特殊方法。

尽管前向传递的配方需要在此函数内定义,但之后应该调用Module实例而不是这个,因为前者负责运行预处理和后处理步骤,而后者会默默地忽略它们。

示例:

>>> from transformers import AutoTokenizer, BioGptModel
>>> import torch

>>> tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("microsoft/biogpt")
>>> model = BioGptModel.from_pretrained("microsoft/biogpt")

>>> inputs = tokenizer("Hello, my dog is cute", return_tensors="pt")
>>> outputs = model(**inputs)

>>> last_hidden_states = outputs.last_hidden_state

BioGptForCausalLM

transformers.BioGptForCausalLM

< >

( config )

参数

  • config (~BioGptConfig) — 包含模型所有参数的模型配置类。 使用配置文件初始化不会加载与模型相关的权重,只会加载配置。查看 from_pretrained() 方法以加载模型权重。

BioGPT模型顶部带有语言建模头,用于CLM微调。 该模型是PyTorch torch.nn.Module的子类。将其作为常规的PyTorch模块使用,并参考PyTorch文档以获取与一般使用和行为相关的所有信息。

前进

< >

( input_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = None attention_mask: typing.Optional[torch.FloatTensor] = None head_mask: typing.Optional[torch.FloatTensor] = None inputs_embeds: typing.Optional[torch.FloatTensor] = None past_key_values: typing.Optional[typing.Tuple[typing.Tuple[torch.Tensor]]] = None labels: typing.Optional[torch.LongTensor] = None use_cache: typing.Optional[bool] = None output_attentions: typing.Optional[bool] = None output_hidden_states: typing.Optional[bool] = None return_dict: typing.Optional[bool] = None ) transformers.modeling_outputs.CausalLMOutputWithCrossAttentionstuple(torch.FloatTensor)

参数

  • input_ids (torch.LongTensor of shape (batch_size, sequence_length)) — Indices of input sequence tokens in the vocabulary.

    可以使用AutoTokenizer获取索引。详情请参见PreTrainedTokenizer.encode()PreTrainedTokenizer.call()

    什么是输入ID?

  • attention_mask (torch.FloatTensor of shape (batch_size, sequence_length), optional) — Mask to avoid performing attention on padding token indices. Mask values selected in [0, 1]:
    • 1 for tokens that are not masked,
    • 0 for tokens that are masked.

    什么是注意力掩码?

  • head_mask (torch.FloatTensor 形状为 (num_heads,)(num_layers, num_heads), 可选) — 用于屏蔽自注意力模块中选定的头部的掩码。掩码值在 [0, 1] 中选择:
    • 1 表示头部 未被屏蔽,
    • 0 表示头部 被屏蔽.
  • inputs_embeds (torch.FloatTensor of shape (batch_size, sequence_length, hidden_size), optional) — 可选地,您可以选择直接传递嵌入表示,而不是传递 input_ids。如果您希望对如何将 input_ids 索引转换为相关向量有更多控制,而不是使用模型的内部嵌入查找矩阵,这将非常有用。
  • past_key_values (tuple(tuple(torch.FloatTensor)), optional, returned when use_cache=True is passed or when config.use_cache=True) — Tuple of tuple(torch.FloatTensor) of length config.n_layers, with each tuple having 2 tensors of shape (batch_size, num_heads, sequence_length, embed_size_per_head)) and 2 additional tensors of shape (batch_size, num_heads, encoder_sequence_length, embed_size_per_head).

    包含预先计算的隐藏状态(自注意力块和交叉注意力块中的键和值),这些状态可用于(参见past_key_values输入)以加速顺序解码。

    如果使用了past_key_values,用户可以选择只输入形状为(batch_size, 1)的最后一个decoder_input_ids(那些没有将其过去键值状态提供给此模型的),而不是形状为(batch_size, sequence_length)的所有decoder_input_ids

  • inputs_embeds (torch.FloatTensor of shape (batch_size, sequence_length, hidden_size), optional) — 可选地,您可以选择直接传递嵌入表示,而不是传递input_ids。 如果您希望对如何将input_ids索引转换为相关向量有更多控制,而不是使用模型的内部嵌入查找矩阵,这将非常有用。
  • use_cache (bool, 可选) — 如果设置为 Truepast_key_values 键值状态将被返回,并可用于加速解码(参见 past_key_values)。
  • output_attentions (bool, 可选) — 是否返回所有注意力层的注意力张量。有关更多详细信息,请参见返回张量下的attentions
  • output_hidden_states (bool, 可选) — 是否返回所有层的隐藏状态。有关更多详细信息,请参见返回张量下的hidden_states
  • return_dict (bool, 可选) — 是否返回一个 ModelOutput 而不是一个普通的元组。
  • labels (torch.LongTensor of shape (batch_size, sequence_length), optional) — 用于语言建模的标签。请注意,标签在模型内部被移位,即你可以设置 labels = input_ids 索引在 [-100, 0, ..., config.vocab_size] 中选择。所有设置为 -100 的标签 将被忽略(掩码),损失仅针对 [0, ..., config.vocab_size] 中的标签计算

返回

transformers.modeling_outputs.CausalLMOutputWithCrossAttentionstuple(torch.FloatTensor)

一个 transformers.modeling_outputs.CausalLMOutputWithCrossAttentions 或一个由 torch.FloatTensor 组成的元组(如果传递了 return_dict=False 或当 config.return_dict=False 时),包含各种 元素,具体取决于配置(BioGptConfig)和输入。

  • loss (torch.FloatTensor 形状为 (1,), 可选, 当提供 labels 时返回) — 语言建模损失(用于下一个令牌预测)。

  • logits (torch.FloatTensor 形状为 (batch_size, sequence_length, config.vocab_size)) — 语言建模头的预测分数(SoftMax 之前每个词汇令牌的分数)。

  • hidden_states (tuple(torch.FloatTensor), 可选, 当传递 output_hidden_states=True 或当 config.output_hidden_states=True 时返回) — 由 torch.FloatTensor 组成的元组(一个用于嵌入层的输出,如果模型有嵌入层,+ 一个用于每一层的输出)形状为 (batch_size, sequence_length, hidden_size)

    模型在每一层输出处的隐藏状态加上可选的初始嵌入输出。

  • attentions (tuple(torch.FloatTensor), 可选, 当传递 output_attentions=True 或当 config.output_attentions=True 时返回) — 由 torch.FloatTensor 组成的元组(每一层一个)形状为 (batch_size, num_heads, sequence_length, sequence_length)

    注意力 softmax 后的注意力权重,用于计算自注意力头中的加权平均值。

  • cross_attentions (tuple(torch.FloatTensor), 可选, 当传递 output_attentions=True 或当 config.output_attentions=True 时返回) — 由 torch.FloatTensor 组成的元组(每一层一个)形状为 (batch_size, num_heads, sequence_length, sequence_length)

    注意力 softmax 后的交叉注意力权重,用于计算交叉注意力头中的加权平均值。

  • past_key_values (tuple(tuple(torch.FloatTensor)), 可选, 当传递 use_cache=True 或当 config.use_cache=True 时返回) — 由长度为 config.n_layerstorch.FloatTensor 元组组成的元组,每个元组包含自注意力和交叉注意力层的缓存键, 值状态,如果模型用于编码器-解码器设置。仅在 config.is_decoder = True 时相关。

    包含预计算的隐藏状态(注意力块中的键和值),可用于(参见 past_key_values 输入)以加速顺序解码。

BioGptForCausalLM 的前向方法,重写了 __call__ 特殊方法。

尽管前向传递的配方需要在此函数内定义,但之后应该调用Module实例而不是这个,因为前者负责运行预处理和后处理步骤,而后者会默默地忽略它们。

示例:

>>> import torch
>>> from transformers import AutoTokenizer, BioGptForCausalLM

>>> tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("microsoft/biogpt")
>>> model = BioGptForCausalLM.from_pretrained("microsoft/biogpt")

>>> inputs = tokenizer("Hello, my dog is cute", return_tensors="pt")
>>> outputs = model(**inputs, labels=inputs["input_ids"])
>>> loss = outputs.loss
>>> logits = outputs.logits

BioGptForTokenClassification

transformers.BioGptForTokenClassification

< >

( config )

参数

  • config (~BioGptConfig) — 包含模型所有参数的模型配置类。 使用配置文件初始化不会加载与模型相关的权重,只会加载配置。查看 from_pretrained() 方法以加载模型权重。

BioGPT模型,顶部带有标记分类头(在隐藏状态输出之上的线性层),例如用于命名实体识别(NER)任务。

该模型是一个PyTorch torch.nn.Module 子类。将其作为常规的PyTorch模块使用,并参考PyTorch文档以获取与一般使用和行为相关的所有信息。

前进

< >

( input_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = None token_type_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = None attention_mask: typing.Optional[torch.FloatTensor] = None head_mask: typing.Optional[torch.FloatTensor] = None past_key_values: typing.Optional[typing.Tuple[typing.Tuple[torch.Tensor]]] = None inputs_embeds: typing.Optional[torch.FloatTensor] = None labels: typing.Optional[torch.LongTensor] = None use_cache: typing.Optional[bool] = None output_attentions: typing.Optional[bool] = None output_hidden_states: typing.Optional[bool] = None return_dict: typing.Optional[bool] = None ) transformers.modeling_outputs.TokenClassifierOutputtuple(torch.FloatTensor)

参数

  • input_ids (torch.LongTensor of shape ({0})) — Indices of input sequence tokens in the vocabulary.

    可以使用AutoTokenizer获取索引。详情请参见PreTrainedTokenizer.encode()PreTrainedTokenizer.call()

    什么是输入ID?

  • attention_mask (torch.FloatTensor of shape ({0}), optional) — Mask to avoid performing attention on padding token indices. Mask values selected in [0, 1]:
    • 1 for tokens that are not masked,
    • 0 for tokens that are masked.

    什么是注意力掩码?

  • head_mask (torch.FloatTensor 形状为 (num_heads,)(num_layers, num_heads), 可选) — 用于屏蔽自注意力模块中选定的头部的掩码。掩码值在 [0, 1] 中选择:
    • 1 表示头部 未被屏蔽,
    • 0 表示头部 被屏蔽.
  • inputs_embeds (torch.FloatTensor of shape ({0}, hidden_size), optional) — 可选地,您可以选择直接传递嵌入表示,而不是传递input_ids。如果您希望对如何将input_ids索引转换为相关向量有更多控制,而不是使用模型的内部嵌入查找矩阵,这将非常有用。
  • past_key_values (tuple(tuple(torch.FloatTensor)), optional, returned when use_cache=True is passed or when config.use_cache=True) — Tuple of tuple(torch.FloatTensor) of length config.n_layers, with each tuple having 2 tensors of shape (batch_size, num_heads, sequence_length, embed_size_per_head)) and 2 additional tensors of shape (batch_size, num_heads, encoder_sequence_length, embed_size_per_head).

    包含预先计算的隐藏状态(自注意力块和交叉注意力块中的键和值),这些状态可用于(参见past_key_values输入)以加速顺序解码。

    如果使用了past_key_values,用户可以选择只输入形状为(batch_size, 1)的最后一个decoder_input_ids(那些没有将其过去键值状态提供给此模型的),而不是形状为(batch_size, sequence_length)的所有decoder_input_ids

  • inputs_embeds (torch.FloatTensor of shape (batch_size, sequence_length, hidden_size), optional) — 可选地,您可以选择直接传递嵌入表示,而不是传递input_ids。 如果您希望对如何将input_ids索引转换为相关向量有更多控制,而不是使用模型的内部嵌入查找矩阵,这将非常有用。
  • use_cache (bool, 可选) — 如果设置为 Truepast_key_values 键值状态将被返回,并可用于加速解码(参见 past_key_values)。
  • output_attentions (bool, 可选) — 是否返回所有注意力层的注意力张量。有关更多详细信息,请参见返回张量中的attentions
  • output_hidden_states (bool, optional) — 是否返回所有层的隐藏状态。有关更多详细信息,请参见返回张量下的hidden_states
  • return_dict (bool, 可选) — 是否返回一个 ModelOutput 而不是一个普通的元组。
  • labels (torch.LongTensor 形状为 (batch_size,), 可选) — 用于计算序列分类/回归损失的标签。索引应在 [0, ..., config.num_labels - 1] 范围内。如果 config.num_labels == 1,则计算回归损失(均方损失),如果 config.num_labels > 1,则计算分类损失(交叉熵)。

返回

transformers.modeling_outputs.TokenClassifierOutputtuple(torch.FloatTensor)

一个 transformers.modeling_outputs.TokenClassifierOutput 或一个由 torch.FloatTensor 组成的元组(如果传递了 return_dict=False 或当 config.return_dict=False 时),包含各种 元素,具体取决于配置(BioGptConfig)和输入。

  • loss (torch.FloatTensor 形状为 (1,), 可选, 当提供 labels 时返回) — 分类损失。

  • logits (torch.FloatTensor 形状为 (batch_size, sequence_length, config.num_labels)) — 分类分数(在 SoftMax 之前)。

  • hidden_states (tuple(torch.FloatTensor), 可选, 当传递 output_hidden_states=True 或当 config.output_hidden_states=True 时返回) — 由 torch.FloatTensor 组成的元组(一个用于嵌入层的输出,如果模型有嵌入层,+ 一个用于每一层的输出)形状为 (batch_size, sequence_length, hidden_size)

    模型在每一层输出处的隐藏状态加上可选的初始嵌入输出。

  • attentions (tuple(torch.FloatTensor), 可选, 当传递 output_attentions=True 或当 config.output_attentions=True 时返回) — 由 torch.FloatTensor 组成的元组(每一层一个)形状为 (batch_size, num_heads, sequence_length, sequence_length)

    注意力 softmax 后的注意力权重,用于计算自注意力头中的加权平均值。

BioGptForTokenClassification 的前向方法,重写了 __call__ 特殊方法。

尽管前向传递的配方需要在此函数内定义,但之后应该调用Module实例而不是这个,因为前者负责运行预处理和后处理步骤,而后者会默默地忽略它们。

示例:

>>> from transformers import AutoTokenizer, BioGptForTokenClassification
>>> import torch

>>> tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("microsoft/biogpt")
>>> model = BioGptForTokenClassification.from_pretrained("microsoft/biogpt")

>>> inputs = tokenizer(
...     "HuggingFace is a company based in Paris and New York", add_special_tokens=False, return_tensors="pt"
... )

>>> with torch.no_grad():
...     logits = model(**inputs).logits

>>> predicted_token_class_ids = logits.argmax(-1)

>>> # Note that tokens are classified rather then input words which means that
>>> # there might be more predicted token classes than words.
>>> # Multiple token classes might account for the same word
>>> predicted_tokens_classes = [model.config.id2label[t.item()] for t in predicted_token_class_ids[0]]

>>> labels = predicted_token_class_ids
>>> loss = model(**inputs, labels=labels).loss

BioGptForSequenceClassification

transformers.BioGptForSequenceClassification

< >

( config: BioGptConfig )

参数

  • config (~BioGptConfig) — 包含模型所有参数的模型配置类。 使用配置文件初始化不会加载与模型相关的权重,只会加载配置。查看 from_pretrained() 方法以加载模型权重。

BioGpt模型变换器,顶部带有序列分类头(线性层)。

BioGptForSequenceClassification 使用最后一个标记进行分类,就像其他因果模型(例如 GPT-2)所做的那样。

由于它对最后一个标记进行分类,因此需要知道最后一个标记的位置。如果在配置中定义了pad_token_id,它会在每一行中找到不是填充标记的最后一个标记。如果没有定义pad_token_id,它只需取批次中每一行的最后一个值。由于在传递inputs_embeds而不是input_ids时无法猜测填充标记,它会执行相同的操作(取批次中每一行的最后一个值)。

该模型是一个PyTorch torch.nn.Module 子类。将其作为常规的PyTorch模块使用,并参考PyTorch文档以获取与一般使用和行为相关的所有信息。

前进

< >

( input_ids: typing.Optional[torch.LongTensor] = None attention_mask: typing.Optional[torch.FloatTensor] = None head_mask: typing.Optional[torch.FloatTensor] = None past_key_values: typing.Optional[typing.Tuple[typing.Tuple[torch.Tensor]]] = None inputs_embeds: typing.Optional[torch.FloatTensor] = None labels: typing.Optional[torch.LongTensor] = None use_cache: typing.Optional[bool] = None output_attentions: typing.Optional[bool] = None output_hidden_states: typing.Optional[bool] = None return_dict: typing.Optional[bool] = None ) transformers.modeling_outputs.SequenceClassifierOutputWithPasttuple(torch.FloatTensor)

参数

  • input_ids (torch.LongTensor of shape ({0})) — Indices of input sequence tokens in the vocabulary.

    可以使用AutoTokenizer获取索引。详情请参见PreTrainedTokenizer.encode()PreTrainedTokenizer.call()

    什么是输入ID?

  • attention_mask (torch.FloatTensor of shape ({0}), optional) — Mask to avoid performing attention on padding token indices. Mask values selected in [0, 1]:
    • 1 for tokens that are not masked,
    • 0 for tokens that are masked.

    什么是注意力掩码?

  • head_mask (torch.FloatTensor 形状为 (num_heads,)(num_layers, num_heads), 可选) — 用于屏蔽自注意力模块中选定的头部的掩码。掩码值在 [0, 1] 中选择:
    • 1 表示头部 未被屏蔽,
    • 0 表示头部 被屏蔽.
  • inputs_embeds (torch.FloatTensor of shape ({0}, hidden_size), 可选) — 可选地,您可以选择直接传递嵌入表示,而不是传递input_ids。如果您希望对如何将input_ids索引转换为相关向量有更多控制,而不是使用模型的内部嵌入查找矩阵,这将非常有用。
  • past_key_values (tuple(tuple(torch.FloatTensor)), optional, returned when use_cache=True is passed or when config.use_cache=True) — Tuple of tuple(torch.FloatTensor) of length config.n_layers, with each tuple having 2 tensors of shape (batch_size, num_heads, sequence_length, embed_size_per_head)) and 2 additional tensors of shape (batch_size, num_heads, encoder_sequence_length, embed_size_per_head).

    包含预先计算的隐藏状态(自注意力块和交叉注意力块中的键和值),这些状态可用于(参见past_key_values输入)以加速顺序解码。

    如果使用了past_key_values,用户可以选择只输入形状为(batch_size, 1)的最后一个decoder_input_ids(那些没有将其过去键值状态提供给此模型的),而不是形状为(batch_size, sequence_length)的所有decoder_input_ids

  • inputs_embeds (torch.FloatTensor of shape (batch_size, sequence_length, hidden_size), optional) — 可选地,您可以选择直接传递嵌入表示,而不是传递 input_ids。 如果您希望对如何将 input_ids 索引转换为相关向量有更多控制,而不是使用模型的内部嵌入查找矩阵,这将非常有用。
  • use_cache (bool, 可选) — 如果设置为 Truepast_key_values 键值状态将被返回,并可用于加速解码(参见 past_key_values)。
  • output_attentions (bool, 可选) — 是否返回所有注意力层的注意力张量。有关更多详细信息,请参见返回张量下的attentions
  • output_hidden_states (bool, 可选) — 是否返回所有层的隐藏状态。有关更多详细信息,请参见返回张量下的hidden_states
  • return_dict (bool, 可选) — 是否返回一个 ModelOutput 而不是一个普通的元组。
  • labels (torch.LongTensor of shape (batch_size,), optional) — 用于计算序列分类/回归损失的标签。索引应在 [0, ..., config.num_labels - 1] 范围内。如果 config.num_labels == 1,则计算回归损失(均方损失),如果 config.num_labels > 1,则计算分类损失(交叉熵)。

返回

transformers.modeling_outputs.SequenceClassifierOutputWithPasttuple(torch.FloatTensor)

一个 transformers.modeling_outputs.SequenceClassifierOutputWithPast 或一个由 torch.FloatTensor 组成的元组(如果传递了 return_dict=False 或当 config.return_dict=False 时),包含各种 元素,具体取决于配置(BioGptConfig)和输入。

  • loss (torch.FloatTensor 形状为 (1,)可选,当提供 labels 时返回) — 分类(或回归,如果 config.num_labels==1)损失。

  • logits (torch.FloatTensor 形状为 (batch_size, config.num_labels)) — 分类(或回归,如果 config.num_labels==1)得分(在 SoftMax 之前)。

  • past_key_values (tuple(tuple(torch.FloatTensor))可选,当传递 use_cache=True 或当 config.use_cache=True 时返回) — 长度为 config.n_layerstuple(torch.FloatTensor) 元组,每个元组包含 2 个形状为 (batch_size, num_heads, sequence_length, embed_size_per_head) 的张量)

    包含预先计算的隐藏状态(自注意力块中的键和值),可用于(参见 past_key_values 输入)加速顺序解码。

  • hidden_states (tuple(torch.FloatTensor)可选,当传递 output_hidden_states=True 或当 config.output_hidden_states=True 时返回) — torch.FloatTensor 元组(一个用于嵌入层的输出,如果模型有嵌入层,+ 一个用于每层的输出)形状为 (batch_size, sequence_length, hidden_size)

    模型在每层输出处的隐藏状态加上可选的初始嵌入输出。

  • attentions (tuple(torch.FloatTensor)可选,当传递 output_attentions=True 或当 config.output_attentions=True 时返回) — torch.FloatTensor 元组(每层一个)形状为 (batch_size, num_heads, sequence_length, sequence_length)

    注意力 softmax 后的注意力权重,用于计算自注意力头中的加权平均值。

BioGptForSequenceClassification 的前向方法,重写了 __call__ 特殊方法。

尽管前向传递的配方需要在此函数内定义,但之后应该调用Module实例而不是这个,因为前者负责运行预处理和后处理步骤,而后者会默默地忽略它们。

单标签分类示例:

>>> import torch
>>> from transformers import AutoTokenizer, BioGptForSequenceClassification

>>> tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("microsoft/biogpt")
>>> model = BioGptForSequenceClassification.from_pretrained("microsoft/biogpt")

>>> inputs = tokenizer("Hello, my dog is cute", return_tensors="pt")

>>> with torch.no_grad():
...     logits = model(**inputs).logits

>>> predicted_class_id = logits.argmax().item()

>>> # To train a model on `num_labels` classes, you can pass `num_labels=num_labels` to `.from_pretrained(...)`
>>> num_labels = len(model.config.id2label)
>>> model = BioGptForSequenceClassification.from_pretrained("microsoft/biogpt", num_labels=num_labels)

>>> labels = torch.tensor([1])
>>> loss = model(**inputs, labels=labels).loss

多标签分类示例:

>>> import torch
>>> from transformers import AutoTokenizer, BioGptForSequenceClassification

>>> tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("microsoft/biogpt")
>>> model = BioGptForSequenceClassification.from_pretrained("microsoft/biogpt", problem_type="multi_label_classification")

>>> inputs = tokenizer("Hello, my dog is cute", return_tensors="pt")

>>> with torch.no_grad():
...     logits = model(**inputs).logits

>>> predicted_class_ids = torch.arange(0, logits.shape[-1])[torch.sigmoid(logits).squeeze(dim=0) > 0.5]

>>> # To train a model on `num_labels` classes, you can pass `num_labels=num_labels` to `.from_pretrained(...)`
>>> num_labels = len(model.config.id2label)
>>> model = BioGptForSequenceClassification.from_pretrained(
...     "microsoft/biogpt", num_labels=num_labels, problem_type="multi_label_classification"
... )

>>> labels = torch.sum(
...     torch.nn.functional.one_hot(predicted_class_ids[None, :].clone(), num_classes=num_labels), dim=1
... ).to(torch.float)
>>> loss = model(**inputs, labels=labels).loss
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